CampR-master/R/dtall.camp.r
In fvgls/CampR: Libreria de funciones en R para el programa CAMP
#' Crea un histograma distribución de tallas estratificada especie y campañas
#'
#' Histograma de la distribución de tallas media estratificada por sexos a partir de ficheros del camp
#' @param gr Grupo de la especie: 1 peces, 2 crustáceos 3 moluscos 4 equinodermos 5 invertebrados
#' @param esp Código de la especie numérico o carácter con tres espacios. 999 para todas las especies del grupo
#' @param camp Campaña a representar en el mapa de un año comcreto (XX): Demersales "NXX", Porcupine "PXX", Arsa primavera "1XX" y Arsa otoño "2XX"
#' @param dns Elige el origen de las bases de datos: Porcupine "Pnew", Cantábrico "Cant", Golfo de Cádiz "Arsa" (proporciona los datos para Medits pero no saca mapas)
#' @param cor.time Si T corrige las abundancias en función de la duración del lance
#' @param ti Si T añade título al gráfico, el nombre de la especie en latín
#' @param sub Si caracter lo añade como subtítulo en el gráfico
#' @param leg Si T añade leyenda
#' @param cexleg Varía el tamaño de letra de los ejes y del número de la leyenda
#' @param bw Gráfico en blanco en negro si T o en color si F
#' @param es Si T gráfico en castellano, si F gráfico en inglés
#' @param sex Sacar la distribución de tallas por sexos si existen (T), o conjunta (F)
#' @param plot Saca el gráfico (T) o lo guarda como objeto para componer con otros gráficos (F)
#' @param idi Nombre científico de la especie ("l") o nombre común ("e")
#' @param clms Número de columnas para ordenar la serie histórica
#' @param layout Organización de gráficos en filas ó columnas c(r,c)
#' @param excl.sect Sectores a excluir como carácter, se pueden elegir tanto los sectores como estratos
#' @param ymax Valor máximo del eje y
#' @param out.dat Si T el resultado final de la función es la figura en pantalla, pero los datos en objeto
#' @param years Si T saca los años como nombre de campaña en los paneles lattice de campañas
#' @param verbose Si T saca avisos de consistencia en tallas, sino los omite
#' @return Si plot=T saca el gráfico, pero si out.dat=T puede exportar una matriz talla(filas)xCampañas(columnas)
#' @seealso {\link{dtallbarplot}} {\link{dtall.lan}}
#' @examples dtall.camp(1,63,Psh,"Porc",es=F,sex=F,ti=T,years=T)
#' @examples dtall.camp(1,50,Psh,"Porc",es=F,ti=T,years=T,out.dat=T)
#' @export
dtall.camp<- function(gr,esp,camp,dns,cor.time=TRUE,ti=FALSE,sub=NA,leg=TRUE,cexleg=1,bw=TRUE,es=TRUE,sex=TRUE,plot=T,idi="l",clms=2,
layout=NA,excl.sect=NA,ymax=NA,out.dat=FALSE,years=TRUE,verbose=TRUE) {
library(lattice)
options(scipen=2)
esp<-format(esp,width=3,justify="r")
if (length(esp)>1 | any(esp=="999")) {
if (verbose) print("Distintas especies pueden estar medidas en distintas unidades (mm y cm o .5 cm) o a la aleta anal")
increm<-unid.camp(gr,esp)[2]
medida<-ifelse(unid.camp(gr,esp)[1]==1,"cm",ifelse(increm==5,"x5 mm","mm")) }
else {
increm<-unid.camp(gr,esp)[2]
medida<-ifelse(unid.camp(gr,esp)[1]==1,"cm",ifelse(increm==5,"x5 mm","mm"))
}
if (bw) {
colbars<-c(gray(.2),gray(.6),"white")
}
else {
colbars<-c("lightyellow","steelblue","yellow1")
}
if (es) {sxn<-c("Indet","Machos","Hembras")
ax<-c(paste("Talla (",medida,")",sep=""),expression("Ind"%*%"lan"^-1))}
else {sxn<-c("Undet","Male","Female")
ax<-c(paste("Length (",medida,")",sep=""),expression("Ind"%*%"haul"^-1))}
sexn<-c("2","3","1")
sixn<-c("1","2","3")
dtalln<-c("machos","hembras","indet")
if (is.logical(ti)) {
if (ti) {tit<-list(label=buscaesp(gr,esp,id=idi),font=ifelse(idi=="l",4,2),cex=1*cexleg)}
else {tit<-NULL}
}
else {
if(is.list(ti)) tit<-ti
else tit<-list(label=ti)
}
# if (!plot & !is.na(titlab)) tit<-list(label=titlab,font=2,cex=.9)
ndat<-length(camp)
for (i in 1:ndat) {
#browser()
dtall<-dattal.camp(gr,esp,camp[i],dns,cor.time=cor.time,excl.sect=excl.sect,sex=sex,verbose=verbose)
names(dtall)<-c("talla",sexn[which(!is.na(match(dtalln,names(dtall)[2:ncol(dtall)])))])
sxs<- match(sixn,names(dtall)[2:length(names(dtall))])
if (sex) {
ard<-c(NULL,NULL,NULL,NULL)
if (!is.na(sxs[2])) a1<-cbind(dtall[,1],rep(camp[i],nrow(dtall)),dtall[,match("2",names(dtall))],rep(2,nrow(dtall)))
else a1<-cbind(dtall[,1],rep(camp[i],nrow(dtall)),rep(0,nrow(dtall)),rep(2,nrow(dtall)))
ard<-rbind(ard,a1)
if (!is.na(sxs[3])) a1<-cbind(dtall[,1],rep(camp[i],nrow(dtall)),dtall[,match("3",names(dtall))],rep(3,nrow(dtall)))
else a1<-cbind(dtall[,1],rep(camp[i],nrow(dtall)),rep(0,nrow(dtall)),rep(3,nrow(dtall)))
ard<-rbind(ard,a1)
if (!is.na(sxs[1])) a1<-cbind(dtall[,1],rep(camp[i],nrow(dtall)),dtall[,match("1",names(dtall))],rep(1,nrow(dtall)))
else a1<-cbind(dtall[,1],rep(camp[i],nrow(dtall)),rep(0,nrow(dtall)),rep(1,nrow(dtall)))
ard<-rbind(ard,a1)
}
else {
if (ncol(dtall)>2) {
ard<-as.data.frame(cbind(dtall[,1],rep(camp[i],nrow(dtall)),rowSums(dtall[,c(2:ncol(dtall))]),rep(1,nrow(dtall))))
}
else ard<-as.data.frame(cbind(dtall[,1],rep(camp[i],nrow(dtall)),dtall[,2],rep(1,nrow(dtall))))
}
if (i==1) a<-ard
else a<-rbind(a,ard)
}
a<-as.data.frame(a)
names(a)<-c("talla","camp","n","sex")
if (years) {
acamp<-a
acamps<-camp
camp<-camptoyear(camp)
a$camp<-camptoyear(a$camp)
}
a$camp<-factor(as.character(a$camp),levels=camp)
a$talla<-as.numeric(as.character(a$talla))
a$n<-as.numeric(as.character(a$n))
if (sum(a$n)==0) stop(paste0(ifelse(es,"No hay capturas de la especie ","No catches of species "),buscaesp(gr,esp),ifelse(es," en las campañas seleccionadas"," in surveys selected")))
a$sex<-factor(as.character(a$sex),levels=c(1:3))
maxy<-tapply(a$n,a[,c(1,2)],sum)
maxy[which(is.na(maxy))]<-0
ylim<-c(0,ifelse(is.na(ymax),max(maxy)*1.05,ymax))
haysex<-sum(tapply(a$n,a$sex,sum)[c(2,3)])
if (sex & (haysex != 0)) {
# if (length(camp)==1) {
sxn<-sxn[(sxs)] # sxn<-sxn[which(!is.na(sxs))]
colbars<-colbars[which(!is.na(sxs))]
a$sex<-factor((a$sex),exclude=sixn[which(is.na(sxs))]) # a$sex<-factor((a$sex),exclude=sixn[which(is.na(sxs))])
# }
}
else {
if (bw) colbars<-gray(.3)
else colbars<-"olivedrab1"
leg=F
}
#browser()
if (leg & (haysex != 0)) {
ddd<-tapply(a$n,a$sex,sum)
leg<-list(columns=3,space="top",rectangles=list(T,size=5),
col=colbars[c(2,3,1)],text=list(labels=sxn[c(3,1,2)],col="black",cex=cexleg*ifelse(!plot,.7,.9)))} #,col=colbars
else {leg<-NULL}
xlimi<-c(min(a$talla)*(.95-1),max(a$talla)*1.05)
if (is.character(sub)) sub=list(label=sub,font=2,cex=cexleg*.9)
if (length(camp)==1) {
foo<-lattice::barchart(n~talla,a,groups=a$sex,subscripts=T,key=leg,box.ratio=1000,box.width=increm,ylim=ylim,xlim=xlimi,
scales=list(alternating=F,tck=c(1,1),
x=list(at= a$talla[abs(round(a$talla/10,1)-round(a$talla/10))==.5 | abs(round(a$talla/10,1)-round(a$talla/10))==0],
rot=45)),
stack=T,h=F,main=tit,par.strip.text=list(cex=cexleg*.8,font=2),
xlab=list(label=ax[1],cex=cexleg*1.2),ylab=list(label=ax[2],cex=cexleg*1.2),sub=sub,strip=TRUE,
panel=function(x,y,...) {lattice::panel.fill(col="white")
# media=sum((x)*y*100)/sum(y*100)
lattice::panel.grid(-1,0,lty=3,col=gray(.2))
# lattice::panel.abline(v=media,lty=1)
lattice::panel.barchart(x,y,col=colbars,...)
#lattice::panel.axis(side="bottom",
# at= a$talla[abs(round(a$talla/10,1)-round(a$talla/10))==.5 | abs(round(a$talla/10,1)-round(a$talla/10))==0],
# labels=round(a$talla/10,1),
# outside=T,
# draw.labels = T)
# lattice::ltext(60,3.5,paste("avg=",round(media,1)),cex=.6)
}
)
names(dtall)<-c("talla",dtalln[which(!is.na(match(sexn,names(dtall)[2:ncol(dtall)])))])
#print(dtall)
}
else {
orden=NULL
if (any(is.na(layout))) {
if (ndat>3) layout<-c(clms,ceiling(ndat/clms))
else {layout<-c(1,ndat)}
}
#*browser()
foo<-lattice::barchart(n~talla|camp,a,groups=a$sex,subscripts=T,key=leg,box.ratio=1000,box.width=increm,ylim=ylim,xlim=xlimi,col=colbars,drop.unused.levels=FALSE,
scales=list(alternating=F,tck=c(1,0),cex=cexleg*.7,x=list(at=a$talla[abs(round(a$talla/10,1)-round(a$talla/10))==.5 | abs(round(a$talla/10,1)-round(a$talla/10))==0],
rot=45)),stack=T,h=F,main=tit,xlab=list(label=ax[1],cex=cexleg*.9),
ylab=list(label=ax[2],cex=cexleg*.9),layout=layout,par.strip.text=list(cex=cexleg*.8,font=2),as.table=ifelse(!is.null(orden),F,T),sub=sub,
panel=function(x,y,...) {
lattice::panel.fill(col="white")
# media=sum((x)*y*100)/sum(y*100)
lattice::panel.grid(-1,0,lty=3,col="gray60")
lattice::panel.barchart(x,y,...)
# lattice::ltext(60,3.5,paste("avg=",round(media,1)),cex=.6)
},
strip = function(...) lattice::strip.default(style=1,...))
}
#browser()
if (plot) {
if (bw) {
colbars<-c(gray(.2),gray(.5),"white")
lattice::trellis.par.set("strip.background",list(col=c(gray(.80))))
}
else {
colbars<-c("lightyellow", "steelblue", "yellow1")
lattice::trellis.par.set(lattice::col.whitebg())
}
print(foo)
}
if (out.dat) {
if (years) {
a<-acamp
a$n<-as.numeric(as.character(a$n))
a$talla<-as.numeric(as.character(a$talla))
camp<-acamps
}
# browser()
tapply0<-tapply(a$n,a[,1:2],sum,na.rm=T)
tapply0[is.na(tapply0)]<-0
print(tapply0)
# print(tapply(a$n,a[,1:2],sum,na.rm=T)[which(rowSums(tapply(a$n,a[,1:2],sum),na.rm=T)>0),camp])
}
else {
if (!plot) foo
}
}
fvgls/CampR documentation built on April 5, 2024, 2:56 p.m.
R Package Documentation
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#' Crea un histograma distribución de tallas estratificada especie y campañas
#'
#' Histograma de la distribución de tallas media estratificada por sexos a partir de ficheros del camp
#' @param gr Grupo de la especie: 1 peces, 2 crustáceos 3 moluscos 4 equinodermos 5 invertebrados
#' @param esp Código de la especie numérico o carácter con tres espacios. 999 para todas las especies del grupo
#' @param camp Campaña a representar en el mapa de un año comcreto (XX): Demersales "NXX", Porcupine "PXX", Arsa primavera "1XX" y Arsa otoño "2XX"
#' @param dns Elige el origen de las bases de datos: Porcupine "Pnew", Cantábrico "Cant", Golfo de Cádiz "Arsa" (proporciona los datos para Medits pero no saca mapas)
#' @param cor.time Si T corrige las abundancias en función de la duración del lance
#' @param ti Si T añade título al gráfico, el nombre de la especie en latín
#' @param sub Si caracter lo añade como subtítulo en el gráfico
#' @param leg Si T añade leyenda
#' @param cexleg Varía el tamaño de letra de los ejes y del número de la leyenda
#' @param bw Gráfico en blanco en negro si T o en color si F
#' @param es Si T gráfico en castellano, si F gráfico en inglés
#' @param sex Sacar la distribución de tallas por sexos si existen (T), o conjunta (F)
#' @param plot Saca el gráfico (T) o lo guarda como objeto para componer con otros gráficos (F)
#' @param idi Nombre científico de la especie ("l") o nombre común ("e")
#' @param clms Número de columnas para ordenar la serie histórica
#' @param layout Organización de gráficos en filas ó columnas c(r,c)
#' @param excl.sect Sectores a excluir como carácter, se pueden elegir tanto los sectores como estratos
#' @param ymax Valor máximo del eje y
#' @param out.dat Si T el resultado final de la función es la figura en pantalla, pero los datos en objeto
#' @param years Si T saca los años como nombre de campaña en los paneles lattice de campañas
#' @param verbose Si T saca avisos de consistencia en tallas, sino los omite
#' @return Si plot=T saca el gráfico, pero si out.dat=T puede exportar una matriz talla(filas)xCampañas(columnas)
#' @seealso {\link{dtallbarplot}} {\link{dtall.lan}}
#' @examples dtall.camp(1,63,Psh,"Porc",es=F,sex=F,ti=T,years=T)
#' @examples dtall.camp(1,50,Psh,"Porc",es=F,ti=T,years=T,out.dat=T)
#' @export
dtall.camp<- function(gr,esp,camp,dns,cor.time=TRUE,ti=FALSE,sub=NA,leg=TRUE,cexleg=1,bw=TRUE,es=TRUE,sex=TRUE,plot=T,idi="l",clms=2,
layout=NA,excl.sect=NA,ymax=NA,out.dat=FALSE,years=TRUE,verbose=TRUE) {
library(lattice)
options(scipen=2)
esp<-format(esp,width=3,justify="r")
if (length(esp)>1 | any(esp=="999")) {
if (verbose) print("Distintas especies pueden estar medidas en distintas unidades (mm y cm o .5 cm) o a la aleta anal")
increm<-unid.camp(gr,esp)[2]
medida<-ifelse(unid.camp(gr,esp)[1]==1,"cm",ifelse(increm==5,"x5 mm","mm")) }
else {
increm<-unid.camp(gr,esp)[2]
medida<-ifelse(unid.camp(gr,esp)[1]==1,"cm",ifelse(increm==5,"x5 mm","mm"))
}
if (bw) {
colbars<-c(gray(.2),gray(.6),"white")
}
else {
colbars<-c("lightyellow","steelblue","yellow1")
}
if (es) {sxn<-c("Indet","Machos","Hembras")
ax<-c(paste("Talla (",medida,")",sep=""),expression("Ind"%*%"lan"^-1))}
else {sxn<-c("Undet","Male","Female")
ax<-c(paste("Length (",medida,")",sep=""),expression("Ind"%*%"haul"^-1))}
sexn<-c("2","3","1")
sixn<-c("1","2","3")
dtalln<-c("machos","hembras","indet")
if (is.logical(ti)) {
if (ti) {tit<-list(label=buscaesp(gr,esp,id=idi),font=ifelse(idi=="l",4,2),cex=1*cexleg)}
else {tit<-NULL}
}
else {
if(is.list(ti)) tit<-ti
else tit<-list(label=ti)
}
# if (!plot & !is.na(titlab)) tit<-list(label=titlab,font=2,cex=.9)
ndat<-length(camp)
for (i in 1:ndat) {
#browser()
dtall<-dattal.camp(gr,esp,camp[i],dns,cor.time=cor.time,excl.sect=excl.sect,sex=sex,verbose=verbose)
names(dtall)<-c("talla",sexn[which(!is.na(match(dtalln,names(dtall)[2:ncol(dtall)])))])
sxs<- match(sixn,names(dtall)[2:length(names(dtall))])
if (sex) {
ard<-c(NULL,NULL,NULL,NULL)
if (!is.na(sxs[2])) a1<-cbind(dtall[,1],rep(camp[i],nrow(dtall)),dtall[,match("2",names(dtall))],rep(2,nrow(dtall)))
else a1<-cbind(dtall[,1],rep(camp[i],nrow(dtall)),rep(0,nrow(dtall)),rep(2,nrow(dtall)))
ard<-rbind(ard,a1)
if (!is.na(sxs[3])) a1<-cbind(dtall[,1],rep(camp[i],nrow(dtall)),dtall[,match("3",names(dtall))],rep(3,nrow(dtall)))
else a1<-cbind(dtall[,1],rep(camp[i],nrow(dtall)),rep(0,nrow(dtall)),rep(3,nrow(dtall)))
ard<-rbind(ard,a1)
if (!is.na(sxs[1])) a1<-cbind(dtall[,1],rep(camp[i],nrow(dtall)),dtall[,match("1",names(dtall))],rep(1,nrow(dtall)))
else a1<-cbind(dtall[,1],rep(camp[i],nrow(dtall)),rep(0,nrow(dtall)),rep(1,nrow(dtall)))
ard<-rbind(ard,a1)
}
else {
if (ncol(dtall)>2) {
ard<-as.data.frame(cbind(dtall[,1],rep(camp[i],nrow(dtall)),rowSums(dtall[,c(2:ncol(dtall))]),rep(1,nrow(dtall))))
}
else ard<-as.data.frame(cbind(dtall[,1],rep(camp[i],nrow(dtall)),dtall[,2],rep(1,nrow(dtall))))
}
if (i==1) a<-ard
else a<-rbind(a,ard)
}
a<-as.data.frame(a)
names(a)<-c("talla","camp","n","sex")
if (years) {
acamp<-a
acamps<-camp
camp<-camptoyear(camp)
a$camp<-camptoyear(a$camp)
}
a$camp<-factor(as.character(a$camp),levels=camp)
a$talla<-as.numeric(as.character(a$talla))
a$n<-as.numeric(as.character(a$n))
if (sum(a$n)==0) stop(paste0(ifelse(es,"No hay capturas de la especie ","No catches of species "),buscaesp(gr,esp),ifelse(es," en las campañas seleccionadas"," in surveys selected")))
a$sex<-factor(as.character(a$sex),levels=c(1:3))
maxy<-tapply(a$n,a[,c(1,2)],sum)
maxy[which(is.na(maxy))]<-0
ylim<-c(0,ifelse(is.na(ymax),max(maxy)*1.05,ymax))
haysex<-sum(tapply(a$n,a$sex,sum)[c(2,3)])
if (sex & (haysex != 0)) {
# if (length(camp)==1) {
sxn<-sxn[(sxs)] # sxn<-sxn[which(!is.na(sxs))]
colbars<-colbars[which(!is.na(sxs))]
a$sex<-factor((a$sex),exclude=sixn[which(is.na(sxs))]) # a$sex<-factor((a$sex),exclude=sixn[which(is.na(sxs))])
# }
}
else {
if (bw) colbars<-gray(.3)
else colbars<-"olivedrab1"
leg=F
}
#browser()
if (leg & (haysex != 0)) {
ddd<-tapply(a$n,a$sex,sum)
leg<-list(columns=3,space="top",rectangles=list(T,size=5),
col=colbars[c(2,3,1)],text=list(labels=sxn[c(3,1,2)],col="black",cex=cexleg*ifelse(!plot,.7,.9)))} #,col=colbars
else {leg<-NULL}
xlimi<-c(min(a$talla)*(.95-1),max(a$talla)*1.05)
if (is.character(sub)) sub=list(label=sub,font=2,cex=cexleg*.9)
if (length(camp)==1) {
foo<-lattice::barchart(n~talla,a,groups=a$sex,subscripts=T,key=leg,box.ratio=1000,box.width=increm,ylim=ylim,xlim=xlimi,
scales=list(alternating=F,tck=c(1,1),
x=list(at= a$talla[abs(round(a$talla/10,1)-round(a$talla/10))==.5 | abs(round(a$talla/10,1)-round(a$talla/10))==0],
rot=45)),
stack=T,h=F,main=tit,par.strip.text=list(cex=cexleg*.8,font=2),
xlab=list(label=ax[1],cex=cexleg*1.2),ylab=list(label=ax[2],cex=cexleg*1.2),sub=sub,strip=TRUE,
panel=function(x,y,...) {lattice::panel.fill(col="white")
# media=sum((x)*y*100)/sum(y*100)
lattice::panel.grid(-1,0,lty=3,col=gray(.2))
# lattice::panel.abline(v=media,lty=1)
lattice::panel.barchart(x,y,col=colbars,...)
#lattice::panel.axis(side="bottom",
# at= a$talla[abs(round(a$talla/10,1)-round(a$talla/10))==.5 | abs(round(a$talla/10,1)-round(a$talla/10))==0],
# labels=round(a$talla/10,1),
# outside=T,
# draw.labels = T)
# lattice::ltext(60,3.5,paste("avg=",round(media,1)),cex=.6)
}
)
names(dtall)<-c("talla",dtalln[which(!is.na(match(sexn,names(dtall)[2:ncol(dtall)])))])
#print(dtall)
}
else {
orden=NULL
if (any(is.na(layout))) {
if (ndat>3) layout<-c(clms,ceiling(ndat/clms))
else {layout<-c(1,ndat)}
}
#*browser()
foo<-lattice::barchart(n~talla|camp,a,groups=a$sex,subscripts=T,key=leg,box.ratio=1000,box.width=increm,ylim=ylim,xlim=xlimi,col=colbars,drop.unused.levels=FALSE,
scales=list(alternating=F,tck=c(1,0),cex=cexleg*.7,x=list(at=a$talla[abs(round(a$talla/10,1)-round(a$talla/10))==.5 | abs(round(a$talla/10,1)-round(a$talla/10))==0],
rot=45)),stack=T,h=F,main=tit,xlab=list(label=ax[1],cex=cexleg*.9),
ylab=list(label=ax[2],cex=cexleg*.9),layout=layout,par.strip.text=list(cex=cexleg*.8,font=2),as.table=ifelse(!is.null(orden),F,T),sub=sub,
panel=function(x,y,...) {
lattice::panel.fill(col="white")
# media=sum((x)*y*100)/sum(y*100)
lattice::panel.grid(-1,0,lty=3,col="gray60")
lattice::panel.barchart(x,y,...)
# lattice::ltext(60,3.5,paste("avg=",round(media,1)),cex=.6)
},
strip = function(...) lattice::strip.default(style=1,...))
}
#browser()
if (plot) {
if (bw) {
colbars<-c(gray(.2),gray(.5),"white")
lattice::trellis.par.set("strip.background",list(col=c(gray(.80))))
}
else {
colbars<-c("lightyellow", "steelblue", "yellow1")
lattice::trellis.par.set(lattice::col.whitebg())
}
print(foo)
}
if (out.dat) {
if (years) {
a<-acamp
a$n<-as.numeric(as.character(a$n))
a$talla<-as.numeric(as.character(a$talla))
camp<-acamps
}
# browser()
tapply0<-tapply(a$n,a[,1:2],sum,na.rm=T)
tapply0[is.na(tapply0)]<-0
print(tapply0)
# print(tapply(a$n,a[,1:2],sum,na.rm=T)[which(rowSums(tapply(a$n,a[,1:2],sum),na.rm=T)>0),camp])
}
else {
if (!plot) foo
}
}
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