KCS.R
In KCsmart: Multi sample aCGH analysis package using kernel convolution

### R code from vignette source 'KCS.Rnw'

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### code chunk number 1: KCS.Rnw:22-23
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library(KCsmart)


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### code chunk number 2: KCS.Rnw:26-27
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data(hsSampleData)


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### code chunk number 3: KCS.Rnw:30-31
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str(hsSampleData)


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### code chunk number 4: KCS.Rnw:38-39
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data(hsMirrorLocs)


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### code chunk number 5: KCS.Rnw:42-44
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spm1mb <- calcSpm(hsSampleData, hsMirrorLocs)
spm4mb <- calcSpm(hsSampleData, hsMirrorLocs, sigma=4000000)


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### code chunk number 6: KCS.Rnw:49-50
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plot(spm1mb)


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### code chunk number 7: KCS.Rnw:56-57
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plot(spm1mb, chromosomes=c(1, 12, "X"), type="g")


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### code chunk number 8: KCS.Rnw:63-64
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sigLevel4mb <- findSigLevelTrad(hsSampleData, spm4mb, n=10, p=0.05)


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### code chunk number 9: KCS.Rnw:70-71
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plot(spm4mb, sigLevels=sigLevel4mb, type=1)


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### code chunk number 10: KCS.Rnw:78-79
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plot(spm4mb, chromosomes=c(1, 12, "X"), type="g", sigLevels=sigLevel4mb)


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### code chunk number 11: KCS.Rnw:87-88
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sigRegions4mb <- getSigSegments(spm4mb,sigLevel4mb)


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### code chunk number 12: KCS.Rnw:93-94
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sigRegions4mb


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### code chunk number 13: KCS.Rnw:99-100
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sigRegions4mb@gains[[1]]$probes


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### code chunk number 14: KCS.Rnw:109-110
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sigLevel1mb <- findSigLevelTrad(hsSampleData, spm1mb, n=10)


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### code chunk number 15: KCS.Rnw:116-117
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plotScaleSpace(list(spm1mb, spm4mb), list(sigLevel1mb, sigLevel4mb), type='g')


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### code chunk number 16: KCS.Rnw:131-132
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spmc1mb <- calcSpmCollection(hsSampleData, hsMirrorLocs, cl=c(rep(0,10),rep(1,10)), sigma=1000000)


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### code chunk number 17: KCS.Rnw:137-139
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spmc1mb.sig <- compareSpmCollection(spmc1mb, nperms=3, method=c("siggenes"))
spmc1mb.sig


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### code chunk number 18: KCS.Rnw:144-146
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spmc1mb.sig.regions <- getSigRegionsCompKC(spmc1mb.sig)
spmc1mb.sig.regions


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### code chunk number 19: KCS.Rnw:152-153
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plot(spmc1mb.sig, sigRegions=spmc1mb.sig.regions)