qrqc.R
In qrqc: Quick Read Quality Control

### R code from vignette source 'qrqc.Rnw'

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### code chunk number 1: qrqc.Rnw:50-52
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library(qrqc)
s.fastq <- readSeqFile(system.file('extdata', 'test.fastq', package='qrqc'))


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### code chunk number 2: qrqc.Rnw:54-55
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s.fastq@filename <- 'test.fastq' # otherwise a long temp dir will be here


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### code chunk number 3: qrqc.Rnw:69-70
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s.fastq


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### code chunk number 4: figQualPlot
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qualPlot(s.fastq)


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### code chunk number 5: figQualPlot-list
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s.trimmed.fastq <- readSeqFile(system.file('extdata', 'test-trimmed.fastq', package='qrqc'))
qualPlot(list("trimmed"=s.trimmed.fastq, "untrimmed"=s.fastq))


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### code chunk number 6: figBasePlot-freqs
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basePlot(s.fastq)


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### code chunk number 7: figBasePlot-prop
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basePlot(s.fastq, bases=c("G", "C"), geom="bar", type="proportion")


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### code chunk number 8: figSeqlenPlot
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seqlenPlot(s.trimmed.fastq)


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### code chunk number 9: figGcPlot
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gcPlot(s.fastq) + geom_hline(yintercept=0.5, color="purple")


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### code chunk number 10: figEntropy
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s.rand <- readSeqFile(system.file('extdata', 'random.fasta', package='qrqc'), type="fasta")
kmerEntropyPlot(list("contaminated"=s.fastq, "random"=s.rand))


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### code chunk number 11: figKmerKL
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kmerKLPlot(s.fastq)


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### code chunk number 12: figKmerKLRand
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contam.file <- system.file('extdata', 'test-contam.fastq', package='qrqc')
s.contam <- readSeqFile(contam.file, kmer=TRUE, k=5)

kmerKLPlot(list("contaminated"=s.fastq, "random"=s.rand,
  "highly contaminated"=s.contam))


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### code chunk number 13: figCoord
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basePlot(s.fastq, geom="bar") + coord_flip()


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### code chunk number 14: figZoom
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qualPlot(s.fastq) + scale_x_continuous(limits=c(60, 85)) + theme_bw()


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### code chunk number 15: figAltqual
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ggplot(getQual(s.fastq)) + geom_linerange(aes(x=position, ymin=lower,
      ymax=upper, color=mean)) + scale_color_gradient("mean quality",
      low="red", high="green") + scale_y_continuous("quality")


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### code chunk number 16: qrqc.Rnw:404-405
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sessionInfo()