Nothing
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# https://github.com/hadley/testthat/issues/567
Sys.unsetenv("R_TESTS")
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library(testthat)
library(bigstatsr)
library(bigparallelr)
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opt.save <- options(bigstatsr.downcast.warning = FALSE,
bigstatsr.block.sizeGB = 1e-5,
bigstatsr.check.parallel.blas = FALSE)
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not_cran <- identical(Sys.getenv("BIGSTATSR_CRAN"), "false")
test_cores <- function() {
`if`(not_cran && (parallel::detectCores() > 2) &&
identical(Sys.getenv("_R_CHECK_LIMIT_CORES_"), "false"),
sample(2, size = 1), 1)
}
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TEST.TYPES <- c("raw", "unsigned short", "integer", "float", "double")
asFBMcode <- function(x, same_code = FALSE) {
x <- round(x)
if (same_code) {
tmp <- unique(as.vector(x))
code <- rep(NA_real_, 256)
code[tmp + 1] <- tmp
} else {
code <- rnorm(256)
}
storage.mode(x) <- "raw"
add_code256(big_copy(x, type = "raw"), code)
}
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# function for comparing PCs
diffPCs <- function(test, rot) {
k <- ncol(test)
diff1 <- 2 * abs(test - rot[, 1:k]) / (abs(test) + abs(rot[, 1:k]))
diff2 <- 2 * abs(test + rot[, 1:k]) / (abs(test) + abs(rot[, 1:k]))
diff <- pmin(diff1, diff2)
mean(diff)
}
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set.seed(NULL)
if (not_cran) {
# Seeds that won't work (because of bad luck)
# 3544 -> spLinReg & spLogReg
# 4475, 6649 -> spLinReg
do_not_use <- c(3544, 4475, 6649)
while ((SEED <- round(runif(1, 1, 9999))) %in% do_not_use) NULL
} else {
SEED <- 1
}
cat("========== SEED:", SEED, "==========\n")
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