R/NorgastPrepVar.R

Defines functions NorgastPrepVar

Documented in NorgastPrepVar

#' Preparer variabler for plotting
#'
#' Denne funksjonen grupperer og klargjør variabler for andelsplot
#'
#' Her kan detaljer skrives
#'
#' @inheritParams FigAndeler
#'
#' @return PrepData En liste med plotrelevante størrelser
#'
#' @export
#'
NorgastPrepVar <- function(RegData, valgtVar, enhetsUtvalg=1)
{
  stabel=FALSE; incl_N=FALSE; incl_pst=FALSE; retn= 'V'; tittel <- ''; inkl_konf=0;
  cexgr <- 1.0; grtxt <- ''; grtxt2 <- ''; subtxt <- ''; VarTxt <- '';


  RegData$Variabel <- NA
  if (valgtVar %in% c('Alder', 'Vektendring', 'MedDiabetes','WHOECOG', 'ASA',
                      'ModGlasgowScore', 'Forbehandling', 'BMI_kodet', 'Op_gr',
                      'Hastegrad_tid', 'Hastegrad', 'Tilgang', 'ThoraxTilgang',
                      'AccordionGrad', 'ReLapNarkose', 'AvlastendeStomiRektum',
                      'PermanentStomiColorektal', 'RegMnd', 'Robotassistanse',
                      'erMann', 'PRSScore', 'NyAnastomose','Anastomoselekkasje',
                      'Avdod', 'OpDoedTid', 'LapTilgang', 'LapTilgang2', 'KumAcc2',
                      'KumAcc', 'MissingVekt', 'Sykehusnavn', 'Malign',
                      'Saarruptur', 'Rekonstruksjon', 'NyStomi')) {
    RegData$Variabel <- RegData[ ,valgtVar]
  }

  if (valgtVar=='Sykehusnavn') {
    tittel <- 'Registrerende avdelinger i NORGAST'
    RegData$Variabel <- as.character(RegData$Variabel)
    aux <- sort(table(RegData$Variabel), decreasing = T)
    grtxt <- names(aux)
    for (p in 1:length(aux)) {
      RegData$Variabel[RegData$Variabel==grtxt[p]] <- p
    }
    RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels=1:length(aux), labels = grtxt)
    incl_N=T
    retn= 'H'
    cexgr<-0.8
  }

  if (valgtVar=='mortalitet90') {
    tittel <- 'Avdød innen 90 dager etter operasjon'
    # RegData <- RegData[order(RegData$OperasjonsDato, decreasing = F), ]   # Sorter slik at man velger eldste operasjon når flere
    # RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
    RegData$Variabel <- 0
    RegData$Variabel[which(RegData$OpDoedTid <= 90 & RegData$OpDoedTid >= 0)] <- 1
    grtxt <- c('Nei', 'Ja')
    RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels=0:1, labels = grtxt)
    retn <- 'V'
    VarTxt <- 'avdøde innen 90 dager etter operasjon'
    # incl_pst <- T
    if (enhetsUtvalg==1) {stabel=T}
  }

  if (valgtVar=='Mort90') {
    tittel <- 'Avdød innen 90 dager etter operasjon'
    RegData$Variabel <- RegData$Mort90
    RegData <- RegData[!is.na(RegData$Mort90), ]
    grtxt <- c('Nei', 'Ja')
    RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels=0:1, labels = grtxt)
    retn <- 'V'
    VarTxt <- 'avdøde innen 90 dager etter operasjon'

    if (enhetsUtvalg==1) {stabel=T}
  }

  if (valgtVar=='laerebok') {
    tittel <- c('Lærebokforløp')
    # Referansepasient:
    RegData <- RegData[RegData$Hastegrad_hybrid %in% 1, ]
    RegData <- RegData[RegData$Malign %in% 1, ]
    RegData <- RegData[RegData$WHOECOG %in% c(0,1), ]
    # Lærebok:
    RegData <- RegData[order(RegData$OperasjonsDato, decreasing = F), ]   # Sorter slik at man velger eldste operasjon når flere
    RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
    RegData$mortalitet90 <- 0
    RegData$mortalitet90[which(RegData$OpDoedTid <= 90 & RegData$OpDoedTid >= 0)] <- 1
    RegData$Variabel <- 0
    RegData$Variabel[RegData$mortalitet90 == 0 & RegData$ReLapNarkose == 0 & RegData$KumAcc == 0] <- 1

    grtxt <- c('Nei', 'Ja')
    RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels=0:1, labels = grtxt)
    retn <- 'V'
    VarTxt <- 'pasienter med lærebokfoløp'
    # incl_pst <- T
    if (enhetsUtvalg==1) {stabel=T}
  }

  if (valgtVar=='konv_rate') {
    tittel <- 'Andel laparoskopiske inngrep konvertert til åpen kirurgi'
    RegData <- RegData[which(RegData$Tilgang %in% 2:3), ]
    RegData$Variabel <- RegData$Tilgang
    RegData$Variabel[RegData$Variabel==2] <- 0
    RegData$Variabel[RegData$Variabel==3] <- 1
    grtxt <- c('Laparoskopisk', 'Konvertert')
    RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels=0:1, labels = grtxt)
    retn <- 'V'
    VarTxt <- 'laparoskopiske inngrep konv. til åpen kirurgi'
    # incl_pst <- T
    if (enhetsUtvalg==1) {stabel=T}
  }

  if (valgtVar=='Avdod') {
    tittel <- c('Andel avdøde uansett årsak', '(Egenregistrerte og fra folkeregister)')
    VarTxt <- 'avdøde'
    grtxt <- c('I live', 'Avdød')
    RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% c(0,1)), ]
    RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels=c(0,1), labels = grtxt)
    if (enhetsUtvalg==1) {stabel=T}
  }

  if (valgtVar=='Rekonstruksjon') {
    tittel <- c('Andel med vene- eller arterierekonstruksjon')
    VarTxt <- 'med vene- eller arterierekonstruksjon'
    grtxt <- c('Nei', 'Ja')
    RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% c(0,1)), ]
    RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels=c(0,1), labels = grtxt)
    if (enhetsUtvalg==1) {stabel=T}
  }

  if (valgtVar=='CR_POPF') {
    tittel <- c('Klinisk relevant postoperativ pankreasfistel')
    VarTxt <- 'med klinisk relevant postoperativ pankreasfistel'
    grtxt <- c('Nei', 'Ja')
    RegData$Variabel <- 0
    RegData$Variabel[which((RegData$ReLapNarkose==1 & RegData$ViktigsteFunn %in% 1:2) |
                       (RegData$ReLapNarkose==1 & (RegData$EndoInterBlod | RegData$EndoInterLekkasje)) |
                       (RegData$PerkDrenasje==1 & RegData$HoyAmylaseKons==1))] <- 1
    RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% c(0,1)), ]
    RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels=c(0,1), labels = grtxt)
    if (enhetsUtvalg==1) {stabel=T}
  }

  if (valgtVar=='straaling') {
    tittel <- c('Andel bestrålte pasienter')
    VarTxt <- 'bestrålte pasienter'
    grtxt <- c('Nei', 'Ja')
    RegData$Variabel <- 0
    RegData$Variabel[which(RegData$KunStraaleterapi==1 | RegData$KjemoRadioKombo==1)] <- 1
    RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% c(0,1)), ]
    RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels=c(0,1), labels = grtxt)
    if (enhetsUtvalg==1) {stabel=T}
  }

  if (valgtVar=='AktivKontroll') {
    tittel <- c('Aktiv kontroll')
    VarTxt <- 'med aktiv kontroll'
    grtxt <- c('Nei', 'Ja')
    RegData$Variabel <- 0
    RegData$Variabel[which(RegData$TelefonKontroll==1 | RegData$FysiskKontroll==1)] <- 1
    RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% c(0,1)), ]
    RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels=c(0,1), labels = grtxt)
    if (enhetsUtvalg==1) {stabel=T}
  }

  if (valgtVar=='AktivKontroll_v2') {
    tittel <- c('Aktiv kontroll')
    VarTxt <- 'med aktiv kontroll'
    grtxt <- c('Nei', 'Ja')
    RegData$Variabel <- NA
    RegData$Variabel[which(RegData$TelefonKontroll==1 | RegData$FysiskKontroll==1)] <- 1
    RegData$Variabel[which(RegData$TelefonKontroll==0 & RegData$FysiskKontroll==0)] <- 0
    RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% c(0,1)), ]
    RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels=c(0,1), labels = grtxt)
    if (enhetsUtvalg==1) {stabel=T}
  }


  if (valgtVar=='Saarruptur') {
    tittel <- c('Andel med sårruptur')
    VarTxt <- 'med sårruptur'
    grtxt <- c('Nei', 'Ja')
    RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% c(0,1)), ]
    RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels=c(0,1), labels = grtxt)
    if (enhetsUtvalg==1) {stabel=T}
  }


  if (valgtVar=='KumAcc') {
    # tittel <- c('Accordion score \u2265 3')
    tittel <- c('Accordion score \u2265 3')
    VarTxt <- 'med accordion score \u2265 3'
    grtxt <- c('Nei', 'Ja')
    RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% c(0,1)), ]
    RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels=c(0,1), labels = grtxt)
    if (enhetsUtvalg==1) {stabel=T}
  }

  if (valgtVar=='KumAcc2') {
    # tittel <- c('Accordion score \u2265 3')
    tittel <- c('Accordion score \u2265 4')
    VarTxt <- 'med accordion score \u2265 4'
    grtxt <- c('Nei', 'Ja')
    RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% c(0,1)), ]
    RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels=c(0,1), labels = grtxt)
    if (enhetsUtvalg==1) {stabel=T}
  }


  if (valgtVar=='Malign') {
    tittel <- c('Andel med malign diagnose')
    # VarTxt <- 'med accordion score \u2265 3'
    grtxt <- c('Benign', 'Malign')
    RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% c(0,1)), ]
    RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels=c(0,1), labels = grtxt)
    if (enhetsUtvalg==1) {stabel=T}
  }



  if (valgtVar=='OpDoedTid') {
    RegData <- RegData[!is.na(RegData$Variabel), ]
    tittel <- c('Tid fra operasjon til død', '(Fordeling av de med registrert dødsdato)')
    RegData$Variabel <- as.numeric(RegData$Variabel)
    gr <- c(0, 10, 20, 30, 40, 100, 10000)
    RegData$VariabelGr <- cut(RegData$Variabel, breaks=gr, include.lowest=TRUE, right=FALSE)
    grtxt <- levels(RegData$VariabelGr)
    grtxt[length(grtxt)] <- paste0('>0', as.character(gr[length(gr)-1])) # Større eller lik unicode symbol
    subtxt <- 'Tid i dager'
  }

  if (valgtVar=='Vektendring') {  # NA fikset
    RegData <- RegData[!is.na(RegData$Variabel), ]
    tittel <- 'Fra premorbid til preoperativ vektendring'
    RegData$Variabel <- as.numeric(RegData$Variabel)
    gr <- c(-100, -10, -5, -2, 2, 5, 10, 200)
    RegData$VariabelGr <- cut(RegData$Variabel, breaks=gr, include.lowest=TRUE, right=FALSE)
    grtxt <- c('<-10','[-10,-5)', '[-5,-2)', '[-2,2)', '[2,5)', '[5,10)','\u2265 10')
    subtxt <- 'Vektendring %'
  }

  if (valgtVar=='Vekttap_registrert') {  # NA fikset
    RegData$Variabel <- 0
    RegData$Variabel[!is.na(RegData$VekttapProsent)] <- 1
    tittel <- 'Premorbid vekttap registrert'
    VarTxt <- 'med premorbid vekttap registrert'
    grtxt <- c('Nei', 'Ja')
    RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels=c(0,1), labels = grtxt)
    if (enhetsUtvalg==1) {stabel=T}
  }

  if (valgtVar=='Op_gr') {
    tittel <- 'Operasjonsgrupper'
    gr <- c(1:13,99)
    grtxt <- c('Kolonreseksjoner','Rektumreseksjoner','Øsofagusreseksjoner','Ventrikkelreseksjoner',
               'Leverreseksjoner',"Whipples operasjon", "Distale pankreasreseksjoner", "Andre pankreasreseksjoner", 'Cholecystektomi', 'Appendektomi', 'Tynntarmsreseksjon',
               'Gastric bypass', 'Gastric sleeve', 'Annet')
    RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels=gr, labels = grtxt)
    subtxt <- 'Operasjonsgrupper'
    incl_N <- T
    retn <- 'H'
  }

  if (valgtVar=='Alder') {
    # RegData$Variabel <- as.numeric(RegData$Variabel)
    tittel <- c('Aldersfordeling', paste0('Median: ', round(median(RegData$Variabel, na.rm = T), 1),
                                          ' Gj.snitt: ', round(mean(RegData$Variabel, na.rm = T), 1)))
    gr <- c(0, seq(45, 85, 10), 120)  #c(0,16,31,46,61,76,200)
    RegData$VariabelGr <- cut(RegData$Variabel, breaks=gr, include.lowest=TRUE, right=FALSE)
    grtxt <- c('<45','45-54','55-64','65-74','75-84','85+')
    subtxt <- 'Aldersgrupper'
  }


  if (valgtVar=='ViktigsteFunn') {
    RegData$Variabel <- RegData$ViktigsteFunn
    tittel <- c('Fordeling av årsaker til reoperasjon blant de',
                'reopererte. Reoperasjonsrate totalt for ', paste0(length(RegData$ReLapNarkose), ' pasienter i utvalget: ',
                                                                   round(sum(RegData$ReLapNarkose)/length(RegData$ReLapNarkose)*100,1), ' %'))
    gr <- 1:6
    grtxt <-  c('Anastomoselekkasje', 'Dyp infeksjon uten lekkasje', 'Blødning', 'Sårruptur', 'Annet', 'Ingen')
    RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% gr), ]
    RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels=gr, labels = grtxt)
    retn <- 'H'
    incl_pst <- T
  }


  if (valgtVar=='PRSScore') {
    RegData <- RegData[!is.na(RegData$Variabel), ]
    tittel <- 'mE-PASS'
    gr <- seq(0, 2, .4)
    RegData$VariabelGr <- cut(RegData$Variabel, breaks=gr, include.lowest=TRUE, right=FALSE)
    grtxt <- levels(RegData$VariabelGr)
    subtxt <- 'PRS-score'
  }


  if (valgtVar=='WHOECOG') {
    tittel <- 'WHO-ECOG FUNKSJONSSCORE'
    grtxt <- c('0: Fullt aktiv', '1: Lett husarbeid og\n sittende arbeid', '2: Oppe > 50% av\n dagen, selvstelt',
               '3: Oppe < 50% av\n dagen, delvis selvstelt', '4: Kun i stol/seng,\n hjelp til alt stell', 'Ukjent')
    RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% c(0:4,9)), ]
    RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels=c(0:4,9), labels = grtxt)
    retn <- 'H'
  }

  if (valgtVar=='BMI_kodet') {
    tittel <- c('BMI', paste0('Median: ', median(RegData$BMI, na.rm = T), ' Gj.snitt: ', round(mean(RegData$BMI, na.rm = T), 1)))
    subtxt <- expression(BMI (kg/m^2))
    grtxt <- c('Alvorlig undervekt\n (<16)','Undervekt\n (16-17)','Mild undervekt\n (17-17.5)','Normal\n (18.5-25)','Overvekt\n (25-30)',
               'Moderat fedme,\n klasse I (30-35)','Fedme, klasse II\n (35-40)','Fedme, klasse III\n (40-50)')
    RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% c(1:8)), ]
    RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels=c(1:8), labels = grtxt)
    retn <- 'H'
  }

  if (valgtVar=='ASA') {
    tittel <- 'ASA-score'
    subtxt <- 'ASA-score gruppe'
    grtxt <- c('1', '2', '3', '4', '5')
    RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% c(1:5)), ]
    RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels=c(1:5), labels = grtxt)
  }

  if (valgtVar=='erMann') {
    tittel <- 'Kjønn'
    grtxt <- c('Kvinne', 'Mann')
    RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% c(0,1)), ]
    RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels=c(0,1), labels = grtxt)
    if (enhetsUtvalg==1) {stabel=T}
  }

  if (valgtVar=='ModGlasgowScore') {
    tittel <- 'Modified Glasgow Prognostic Score'
    grtxt <- c('0', '1', '2')
    # grtxt <- c('0', '1', '2', 'Ukjent')
    # RegData$Variabel[is.na(RegData$Variabel)] <- 99
    RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% c(0:2)), ]
    RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels=c(0:2), labels = grtxt)
    if (enhetsUtvalg==1) {stabel=T}
  }

  if (valgtVar=='Forbehandling') {
    tittel <- 'Neoadjuvant behandling siste 3 mnd.'
    grtxt <- c('Cytostatika', 'Stråleterapi', 'Komb. kjemo/radioterapi', 'Ingen')
    RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% 1:4), ]
    RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels=1:4, labels = grtxt)
    retn <- 'H'
    incl_pst <- T
  }

  if (valgtVar=='Hastegrad_tid') {
    tittel <- 'Operert i normalarbeidstid'
    grtxt <- c('Utenfor normalarbeidstid', 'Innenfor normalarbeidstid')
    VarTxt <- 'operert i normalarbeidstid'
    RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% 0:1), ]
    RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels=0:1, labels = grtxt)
    if (enhetsUtvalg==1) {stabel=T}
  }

  if (valgtVar=='Hastegrad') {
    tittel <- 'Andel akuttkirurgi'
    grtxt <- c('Elektiv', 'Akutt')
    VarTxt <- 'akuttkirurgi'
    RegData$Variabel <- RegData$Variabel - 1
    RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% 0:1), ]
    RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels=0:1, labels = grtxt)
    if (enhetsUtvalg==1) {stabel=T}
  }

  if (valgtVar=='ohjelp_kveld') {
    tittel <- 'Kirurgi med anestesistart kl. 16:00-07:00'
    grtxt <- c('Nei', 'Ja')
    VarTxt <- 'kirurgi med anestesistart kl. 16:00-07:00'
    # RegData <- RegData[!is.na(RegData$Hastegrad), ]
    RegData$Variabel <- 0
    RegData$Variabel[RegData$Dagtid==0] <- 1
    RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels=0:1, labels = grtxt)
    if (enhetsUtvalg==1) {stabel=T}
  }

  if (valgtVar=='AvstandAnalVerge_kat') {
    tittel <- 'Avstand tumors nedre margin til analkanten'
    RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% 1:3), ]
    RegData$VariabelGr <- RegData$AvstandAnalVerge_kat
    RegData<- RegData[!is.na(RegData$VariabelGr), ]
    grtxt <- levels(RegData$VariabelGr)
    retn <- 'H'
    incl_pst <- T
    if (enhetsUtvalg==1) {stabel=T}
  }

  if (valgtVar=='Tilgang') {
    tittel <- 'Tilgang i abdomen'
    grtxt <- c('Åpen', 'Laparoskopisk', 'Konvertert')
    RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% 1:3), ]
    RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels=1:3, labels = grtxt)
    retn <- 'H'
    incl_pst <- T
    if (enhetsUtvalg==1) {stabel=T}
  }

  if (valgtVar=='ThoraxTilgang') {
    tittel <- 'Tilgang i thorax v/ øsofaguskirurgi'
    grtxt <- c('Thoracotomi', 'Thorakoskopi', 'Ingen (transhiatal)')
    RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% 4:6), ]
    RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels=4:6, labels = grtxt)
    if (enhetsUtvalg==1) {stabel=T}
  }

  if (valgtVar=='Anastomoselekk_osofagus') {
    # RegData <- RegData[which(RegData$Op_gr==3), ]
    tittel <- c('Anastomoselekkasje eller dyp infeksjon, eller endoskopisk', ' intervensjon for lekkasje')
    RegData$Variabel <- 0
    RegData$Variabel[RegData$ViktigsteFunn %in% 1:2 | RegData$EndoInterLekkasje %in% 1] <- 1
    grtxt <- c('Nei', 'Ja')
    RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels=0:1, labels = grtxt)
    if (enhetsUtvalg==1) {stabel=T}
    VarTxt <- c('anastomoselekkasje eller dyp infeksjon, eller endoskopisk', ' intervensjon for lekkasje')
  }

  if (valgtVar=='AccordionGrad') {
    tittel <- 'Komplikasjoner (Accordion score)'
    grtxt <- c('<3', '3', '4', '5', '6')
    subtxt <- 'Accordion score'
    RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% c(1, 3:6)), ]
    RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels=c(1, 3:6), labels = grtxt)
  }

#   if (valgtVar=='KumAcc') {
#     tittel <- 'Accordion score 3-6'
#     VarTxt <- 'med accordion score 3-6'
# #     grtxt <- c('<3', '3', '4', '5', '6')
#     grtxt <- c('Nei','Ja')
#     RegData$Variabel <- RegData$AccordionGrad
#     RegData$Variabel[RegData$Variabel == 1] <- 0
#     RegData$Variabel[RegData$Variabel %in% 3:6] <- 1
#     RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% c(0, 1)), ]
#     RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels=c(0, 1), labels = grtxt)
#     if (enhetsUtvalg==1) {stabel=T}
#   }

  if (valgtVar=='MedDiabetes') {
    tittel <- 'Medisinert mot diabetes'
    VarTxt <- 'med diabetes'
    # grtxt <- c('Nei','Ja', 'Ikke registrert')
    grtxt <- c('Nei','Ja')
    RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% c(0, 1)), ]
    # RegData$Variabel[is.na(RegData$Variabel)] <- 99
    RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels=c(0, 1), labels = grtxt)
    if (enhetsUtvalg==1) {stabel=T}
  }

  if (valgtVar=='LapTilgang') {
    tittel <- 'Laparoskopisk tilgang'
    # grtxt <- c('Nei','Ja', 'Ikke registrert')
    VarTxt <- 'laparoskopi mot åpen/konvertert'
    grtxt <- c('Åpen/konvertert','Laparoskopisk')
    RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% c(0, 1)), ]
    # RegData$Variabel[is.na(RegData$Variabel)] <- 99
    RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels=c(0, 1), labels = grtxt)
    if (enhetsUtvalg==1) {stabel=T}
  }

  if (valgtVar=='LapTilgang2') {
    tittel <- 'Laparoskopisk tilgang'
    # grtxt <- c('Nei','Ja', 'Ikke registrert')
    VarTxt <- 'laparoskopi (konverterte inngrep inkludert)'
    grtxt <- c('Åpen','Laparoskopisk/konvertert')
    RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% c(0, 1)), ]
    # RegData$Variabel[is.na(RegData$Variabel)] <- 99
    RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels=c(0, 1), labels = grtxt)
    if (enhetsUtvalg==1) {stabel=T}
  }


  if (valgtVar=='Anastomoselekkasje') {
    tittel <- 'Anastomoselekkasje, ny anastomose'
    VarTxt <- 'anastomoselekkasjer, ny anastomose'
    grtxt <- c('Nei','Ja')
    RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% c(0, 1)), ]
    RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels=c(0, 1), labels = grtxt)
    if (enhetsUtvalg==1) {stabel=T}
  }

  if (valgtVar=='Robotassistanse') {
    tittel <- 'Robotassistert laparoskopi'
    VarTxt <- 'robotassistert laparoskopi'
    grtxt <- c('Nei','Ja')
    RegData <- RegData[which(RegData$Tilgang %in% c(2,3)), ]
    RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% c(0, 1)), ]
    RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels=c(0, 1), labels = grtxt)
    if (enhetsUtvalg==1) {stabel=T}
  }

  if (valgtVar=='ReLapNarkose') {
    tittel <- 'Relaparotomi/-laparoskopi'
    VarTxt <- 'relaparotomier/-laparoskopier'
    grtxt <- c('Nei','Ja')
    RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% c(0, 1)), ]
    RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels=c(0, 1), labels = grtxt)
    if (enhetsUtvalg==1) {stabel=T}
    inkl_konf <- 1
  }

  if (valgtVar=='NyAnastomose') {
    tittel <- 'Ny anastomose'
    VarTxt <- 'nye anastomoser'
    grtxt <- c('Nei','Ja')
    RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% c(0, 1)), ]
    RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels=c(0, 1), labels = grtxt)
    if (enhetsUtvalg==1) {stabel=T}
    inkl_konf <- 0
  }

  if (valgtVar=='NyStomi') {
    tittel <- 'Ny stomi'
    VarTxt <- 'nye stomier'
    grtxt <- c('Nei','Ja')
    RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% c(0, 1)), ]
    RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels=c(0, 1), labels = grtxt)
    if (enhetsUtvalg==1) {stabel=T}
    inkl_konf <- 0
  }

  if (valgtVar=='AvlastendeStomiRektum') {
    tittel <- 'Stomi ved rektumreseksjon med ny anastomose'
    VarTxt <- 'stomi ved rektumreseksjon med ny anastomose'
    grtxt <- c('Nei','Ja')
    RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% c(0, 1)), ]
    RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels=c(0, 1), labels = grtxt)
    if (enhetsUtvalg==1) {stabel=T}
  }

  if (valgtVar=='PermanentStomiColorektal') {
    tittel <- 'Permanent stomi'
    grtxt <- c('Nei','Ja')
    RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% c(0, 1)), ]
    RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels=c(0, 1), labels = grtxt)
    if (enhetsUtvalg==1) {stabel=T}
  }

  if (valgtVar=='MissingVekt') {
    tittel <- 'Andel med vekt \"missing\"'
    grtxt <- c('Reg.','Ikke reg.')
    RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% c(0, 1)), ]
    RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels=c(0, 1), labels = grtxt)
    if (enhetsUtvalg==1) {stabel=T}
  }


  PlotParams <- list(RegData=RegData, tittel=tittel, grtxt=grtxt, grtxt2=grtxt2, stabel=stabel, subtxt=subtxt,
                   incl_N=incl_N, incl_pst=incl_pst, retn=retn, cexgr=cexgr, VarTxt=VarTxt, inkl_konf=inkl_konf)

  return(invisible(PlotParams))
}
Rapporteket/norgast documentation built on April 22, 2024, 11:34 p.m.