inst/doc/DiffBind.R

### R code from vignette source 'DiffBind.Rnw'

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### code chunk number 1: style
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BiocStyle::latex()
savewd <- getwd()


###################################################
### code chunk number 2: DiffBind.Rnw:136-140
###################################################
tmp <-  tempfile(as.character(Sys.getpid()))
pdf(tmp)
savewarn <- options("warn")
options(warn=-1)


###################################################
### code chunk number 3: DiffBind.Rnw:144-146
###################################################
library(DiffBind)
setwd(system.file("extra", package="DiffBind"))


###################################################
### code chunk number 4: DiffBind.Rnw:151-157 (eval = FALSE)
###################################################
## print(savewd)
## tamoxifen <- dba(sampleSheet="tamoxifen.csv")
## tamoxifen <- dba.count(tamoxifen)
## tamoxifen <- dba.contrast(tamoxifen)
## tamoxifen <- dba.analyze(tamoxifen)
## tamoxifen.DB <- dba.report(tamoxifen)


###################################################
### code chunk number 5: sampSheet
###################################################
samples <- read.csv(file.path(system.file("extra", package="DiffBind"),
                                         "tamoxifen.csv"))
names(samples)
samples


###################################################
### code chunk number 6: dbaConstruct
###################################################
tamoxifen <- dba(sampleSheet="tamoxifen.csv")


###################################################
### code chunk number 7: DiffBind.Rnw:182-183
###################################################
tamoxifen


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### code chunk number 8: tamox_occ_corhm
###################################################
plot(tamoxifen)


###################################################
### code chunk number 9: DiffBind.Rnw:215-216 (eval = FALSE)
###################################################
## tamoxifen <- dba.count(tamoxifen, summits=250)


###################################################
### code chunk number 10: DiffBind.Rnw:218-219
###################################################
data(tamoxifen_counts)


###################################################
### code chunk number 11: DiffBind.Rnw:224-225
###################################################
tamoxifen


###################################################
### code chunk number 12: tamox_aff_corhm
###################################################
plot(tamoxifen)


###################################################
### code chunk number 13: DiffBind.Rnw:245-246
###################################################
tamoxifen <- dba.contrast(tamoxifen, categories=DBA_CONDITION)


###################################################
### code chunk number 14: DiffBind.Rnw:256-258
###################################################
tamoxifen <- dba.analyze(tamoxifen)
tamoxifen


###################################################
### code chunk number 15: tamox_sdb_corhm
###################################################
plot(tamoxifen, contrast=1)


###################################################
### code chunk number 16: DiffBind.Rnw:290-291
###################################################
tamoxifen.DB <- dba.report(tamoxifen)


###################################################
### code chunk number 17: DiffBind.Rnw:296-297
###################################################
tamoxifen.DB


###################################################
### code chunk number 18: tamox_aff_pca
###################################################
data(tamoxifen_analysis)
dba.plotPCA(tamoxifen,DBA_TISSUE,label=DBA_CONDITION)


###################################################
### code chunk number 19: tamox_sdb_pca
###################################################
dba.plotPCA(tamoxifen, contrast=1,label=DBA_TISSUE)


###################################################
### code chunk number 20: tamox_sdb_ma
###################################################
dba.plotMA(tamoxifen)


###################################################
### code chunk number 21: tamox_sdb_volcano
###################################################
dba.plotVolcano(tamoxifen)


###################################################
### code chunk number 22: DiffBind.Rnw:401-403
###################################################
sum(tamoxifen.DB$Fold<0)
sum(tamoxifen.DB$Fold>0)


###################################################
### code chunk number 23: tamox_sdb_box
###################################################
pvals <- dba.plotBox(tamoxifen)


###################################################
### code chunk number 24: DiffBind.Rnw:429-430
###################################################
pvals


###################################################
### code chunk number 25: DiffBind.Rnw:442-443
###################################################
corvals <- dba.plotHeatmap(tamoxifen)


###################################################
### code chunk number 26: tamox_sdb_hm
###################################################
corvals <- dba.plotHeatmap(tamoxifen, contrast=1, correlations=FALSE)


###################################################
### code chunk number 27: DiffBind.Rnw:494-497
###################################################
data(tamoxifen_counts)
tamoxifen <- dba.contrast(tamoxifen,categories=DBA_CONDITION,
                         block=tamoxifen$masks$MCF7)


###################################################
### code chunk number 28: DiffBind.Rnw:502-504
###################################################
tamoxifen <- dba.analyze(tamoxifen)
tamoxifen


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### code chunk number 29: tamox_block_ma
###################################################
dba.plotMA(tamoxifen,method=DBA_DESEQ2_BLOCK)


###################################################
### code chunk number 30: DiffBind.Rnw:545-547
###################################################
tamoxifen <- dba.analyze(tamoxifen,method=DBA_ALL_METHODS)
dba.show(tamoxifen,bContrasts=T)[9:12]


###################################################
### code chunk number 31: tamox_block_venn
###################################################
tam.block <- dba.report(tamoxifen,method=DBA_ALL_METHODS_BLOCK,bDB=TRUE,bAll=TRUE)
tam.block
dba.plotVenn(tam.block,1:4,label1="edgeR",label2="DESeq2",
                           label3="edgeR Blocked", label4="DESeq2 Blocked")


###################################################
### code chunk number 32: DiffBind.Rnw:575-576
###################################################
data(tamoxifen_peaks)


###################################################
### code chunk number 33: DiffBind.Rnw:597-599
###################################################
olap.rate <- dba.overlap(tamoxifen,mode=DBA_OLAP_RATE)
olap.rate


###################################################
### code chunk number 34: tamox_rate
###################################################
plot(olap.rate,type='b',ylab='# peaks', xlab='Overlap at least this many peaksets') 


###################################################
### code chunk number 35: DiffBind.Rnw:619-620
###################################################
names(tamoxifen$masks)


###################################################
### code chunk number 36: DiffBind.Rnw:625-627
###################################################
dba.overlap(tamoxifen,tamoxifen$masks$MCF7 & tamoxifen$masks$Responsive,
            mode=DBA_OLAP_RATE)


###################################################
### code chunk number 37: tamox_mcf7_venn
###################################################
dba.plotVenn(tamoxifen, tamoxifen$masks$MCF7 & tamoxifen$masks$Responsive)


###################################################
### code chunk number 38: DiffBind.Rnw:649-651
###################################################
tamoxifen_consensus <- dba.peakset(tamoxifen, consensus=c(DBA_TISSUE,DBA_CONDITION),
                                   minOverlap=0.66)


###################################################
### code chunk number 39: DiffBind.Rnw:659-662
###################################################
tamoxifen_consensus <- dba(tamoxifen_consensus, mask=tamoxifen_consensus$masks$Consensus,
                           minOverlap=1)
tamoxifen_consensus


###################################################
### code chunk number 40: DiffBind.Rnw:667-668
###################################################
consensus_peaks <- dba.peakset(tamoxifen_consensus, bRetrieve=TRUE)


###################################################
### code chunk number 41: tamox_lines_venn
###################################################
data(tamoxifen_peaks)
tamoxifen <- dba.peakset(tamoxifen, consensus=DBA_TISSUE, minOverlap=0.66)
dba.plotVenn(tamoxifen, tamoxifen$masks$Consensus)


###################################################
### code chunk number 42: DiffBind.Rnw:692-693
###################################################
data(tamoxifen_peaks)


###################################################
### code chunk number 43: DiffBind.Rnw:698-700
###################################################
dba.overlap(tamoxifen,tamoxifen$masks$Resistant,mode=DBA_OLAP_RATE)
dba.overlap(tamoxifen,tamoxifen$masks$Responsive,mode=DBA_OLAP_RATE)


###################################################
### code chunk number 44: tamox_cons_venn
###################################################
tamoxifen <- dba.peakset(tamoxifen, consensus=DBA_CONDITION, minOverlap=0.33)
dba.plotVenn(tamoxifen,tamoxifen$masks$Consensus)


###################################################
### code chunk number 45: DiffBind.Rnw:729-730
###################################################
tamoxifen.OL <- dba.overlap(tamoxifen, tamoxifen$masks$Consensus)


###################################################
### code chunk number 46: DiffBind.Rnw:735-737
###################################################
tamoxifen.OL$onlyA
tamoxifen.OL$onlyB


###################################################
### code chunk number 47: tamox_compare_venn
###################################################
tamoxifen <- dba.peakset(tamoxifen,tamoxifen$masks$Consensus, 
            minOverlap=1,sampID="OL Consensus")
tamoxifen <- dba.peakset(tamoxifen,!tamoxifen$masks$Consensus,
            minOverlap=3,sampID="Consensus_3") 
dba.plotVenn(tamoxifen,14:15)


###################################################
### code chunk number 48: DiffBind.Rnw:764-765
###################################################
data(tamoxifen_analysis)


###################################################
### code chunk number 49: DiffBind.Rnw:770-771
###################################################
tamoxifen.rep <- dba.report(tamoxifen,bCalled=TRUE,th=1)


###################################################
### code chunk number 50: DiffBind.Rnw:776-782
###################################################
onlyResistant <- tamoxifen.rep$Called1>=2 & tamoxifen.rep$Called2<3
sum(onlyResistant )
onlyResponsive <- tamoxifen.rep$Called2>=3 &  tamoxifen.rep$Called1<2
sum(onlyResponsive)
bothGroups <- tamoxifen.rep$Called1>= 2 & tamoxifen.rep$Called2>=3
sum(bothGroups)


###################################################
### code chunk number 51: DiffBind.Rnw:794-801
###################################################
tamoxifen.DB <- dba.report(tamoxifen,bCalled=T)
onlyResistant.DB <- tamoxifen.DB$Called1>=2 & tamoxifen.DB$Called2<3
sum(onlyResistant.DB)
onlyResponsive.DB <- tamoxifen.DB$Called2>=3 & tamoxifen.DB$Called1<2
sum(onlyResponsive.DB)
bothGroups.DB <- tamoxifen.DB$Called1>=2 & tamoxifen.DB$Called2>=3
sum(bothGroups.DB)


###################################################
### code chunk number 52: sessionInfo
###################################################
toLatex(sessionInfo())


###################################################
### code chunk number 53: DiffBind.Rnw:1060-1061
###################################################
setwd(savewd)

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