doc/NorgastKjorefil.R
In Rapporteket/norgast: Resultatrapporter for NORGAST
setwd('C:/GIT/norgast/doc/')
library(norgast)
rm(list=ls())
utdata <- NorgastBeregnAndeler(RegData, valgtVar='Alder', datoFra='2014-01-01', datoTil='2050-12-31',
minald=0, maxald=120, erMann=99, hastegrad = 99,
reshID=601225, enhetsUtvalg=1, malign=99,
elektiv=99, BMI='', tilgang='', valgtShus='', minPRS=0,
maxPRS=2.2, ASA='', whoEcog= '', forbehandling='',
op_gruppe='', ncsp='', modGlasgow = '', hastegrad_hybrid=99,
robotassiastanse=99, kun_ferdigstilte=TRUE, tilgang_utvidet='',
ny_stomi=99, accordion = '')
NorgastPlotAndeler(utdata$PlotParams, outfile='', utvalgTxt=utdata$utvalgTxt,
Andeler=utdata$Andeler, Antall=utdata$Antall,
fargepalett=utdata$fargepalett, enhetsUtvalg=utdata$enhetsUtvalg,
shtxt=utdata$shtxt)
# Les inn data
RegData <- read.table('I:/norgast/AlleVarNum2019-04-04 15-53-26.txt', header=TRUE, sep=";", encoding = 'UFT-8')
ForlopData <- read.table('I:/norgast/ForlopsOversikt2019-04-04 15-53-48.txt', header=TRUE, sep=";", encoding = 'UFT-8')
RegData <- RegData[,c('ForlopsID','BMIKategori', 'BMI', 'VekttapProsent','MedDiabetes','KunCytostatika','KunStraaleterapi',
'KjemoRadioKombo','WHOECOG','ModGlasgowScore','ASA','AnestesiStartKl','Hovedoperasjon','OpDato',
'NyAnastomose','NyStomi','Tilgang','Robotassistanse','ThoraxTilgang','ReLapNarkose','ViktigsteFunn',
'AccordionGrad', 'PRSScore','RegistreringStatus', 'OppfStatus', 'OppfAccordionGrad',
'OppfReLapNarkose', 'OppfViktigsteFunn', 'Avdod', 'AvdodDato', 'PostopLiggedogn', "Hoveddiagnose")]
ForlopData <- ForlopData[,c('ErMann', 'AvdRESH', 'Sykehusnavn', 'PasientAlder', 'HovedDato', 'BasisRegStatus', 'ForlopsID', 'PasientID')]
RegData <- merge(RegData, ForlopData, by.x = "ForlopsID", by.y = "ForlopsID")
RegData <- NorgastPreprosess(RegData=RegData)
ncsp <- ''
# reshID <- c(708761, 102145, 102143, 102141, 707232, 700922, 700413, 601225, 107440, 108162, 114271, 100100, 4204082, 4204500)
reshID <- 601225 # #Må sendes med til funksjon
minald <- 0 #alder, fra og med
maxald <- 130 #alder, til og med
erMann <- 99
datoFra <- '2016-01-01' # min og max dato i utvalget vises alltid i figuren.
datoTil <- '2020-01-01'
enhetsUtvalg <- 1 #0-hele landet, 1-egen enhet mot resten av landet, 2-egen enhet
valgtVar <- 'Saarruptur'
# valgtVar <- 'Malign'
valgtVar <- 'Vekttap_registrert'
outfile <- ''
# outfile <- paste0(valgtVar, '.pdf')
preprosess<-F
hentData <- F
stabel=F
# andel=T
elektiv=99
BMI <- c('') # c('1', '3', '5')
valgtShus <-'' # c('708761', '102145', '601225')
# valgtShus <- c('')
tilgang <- ''
minPRS <- 0
maxPRS <- 2.2
ASA <- '' # c('1', '3', '5')
whoEcog <- '' #c('0', '1', '3', '5')
forbehandling <- ''
tidsenhet <- 'Halvaar'
inkl_konf <- 1
malign <- 99
op_gruppe <- ''
if (outfile == '') {x11()}
FigAndeler(RegData=RegData, valgtVar=valgtVar, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil,
minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann, outfile=outfile,
reshID=reshID, enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, stabel=stabel,
preprosess=preprosess, hentData=hentData, elektiv = elektiv, BMI = BMI,
valgtShus = valgtShus, tilgang = tilgang, minPRS=minPRS, maxPRS=maxPRS, ASA=ASA,
whoEcog=whoEcog, forbehandling=forbehandling, malign=malign, reseksjonsGr=reseksjonsGr, ncsp=ncsp)
valgtVar <- 'ReLapNarkose'
# outfile <- 'ReLapNarkose.pdf'
if (outfile == '') {x11()}
utdata <- NorgastFigAndelTid(RegData=RegData, valgtVar=valgtVar, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil,
minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann, outfile=outfile,
reshID=reshID, enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, inkl_konf=inkl_konf,
preprosess=preprosess, hentData=hentData, elektiv = elektiv, BMI = BMI,
valgtShus = valgtShus, tilgang = tilgang, minPRS=minPRS, maxPRS=maxPRS, ASA=ASA,
whoEcog=whoEcog, forbehandling=forbehandling, tidsenhet=tidsenhet, malign=malign, op_gruppe=op_gruppe, ncsp=ncsp)
tibble(Tidsperiode = utdata$Tidtxt, Antall = round(utdata$Andeler$AndelHoved*utdata$NTid$NTidHoved/100),
N = utdata$NTid$NTidHoved, Andel = utdata$Andeler$AndelHoved, konf_nedre = utdata$KonfInt$Konf[1,],
konf_ovre = utdata$KonfInt$Konf[2,], Antall2 = round(utdata$Andeler$AndelRest*utdata$NTid$NTidRest/100),
N2 = utdata$NTid$NTidRest, Andel2 = utdata$Andeler$AndelRest, konf_nedre2 = utdata$KonfInt$KonfRest[1,],
konf_ovre2 = utdata$KonfInt$KonfRest[2,])
if (outfile == '') {x11()}
utdata <- norgast::NorgastFigGjsnGrVar(RegData=RegData, valgtVar='BMI', datoFra = datoFra, datoTil = datoTil,
minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann, malign = malign, Ngrense=10,
elektiv=elektiv,BMI = BMI, tilgang=tilgang, minPRS = minPRS, maxPRS = maxPRS,
ASA=ASA, whoEcog = whoEcog, forbehandling = forbehandling, op_gruppe = op_gruppe, ncsp = ncsp)
as_tibble(utdata$res, rownames='Sykehusnavn')
utdata <- NorgastFigAndelerGrVar(RegData=RegData, valgtVar=valgtVar, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil,
minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann, outfile=outfile,
inkl_konf=inkl_konf,
preprosess=preprosess, hentData=hentData, elektiv = elektiv, BMI = BMI,
valgtShus = valgtShus, tilgang = tilgang, minPRS=minPRS, maxPRS=maxPRS, ASA=ASA,
whoEcog=whoEcog, forbehandling=forbehandling, malign=malign,
op_gruppe=op_gruppe, ncsp=ncsp)
aux <- tibble(Avdeling = names(utdata$Nvar), Antall=utdata$Nvar, N=utdata$Ngr, Andel = utdata$Nvar/utdata$Ngr*100,
KI_nedre=utdata$KI[1,], KI_ovre=utdata$KI[2,])
aux[utdata$Andeler==-0.001, 2:6] <- NA
aux <- aux[dim(aux)[1]:1, ]
valgtVar <- 'ModGlasgowScore'
if (outfile == '') {x11()}
utdata <- NorgastFigAndelStabelGrVar(RegData=RegData, valgtVar=valgtVar, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil,
minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann, outfile=outfile,
preprosess=preprosess, hentData=hentData, elektiv = elektiv, BMI = BMI,
valgtShus = valgtShus, tilgang = tilgang, minPRS=minPRS, maxPRS=maxPRS, ASA=ASA,
whoEcog=whoEcog, forbehandling=forbehandling, malign=malign,
op_gruppe=op_gruppe, ncsp=ncsp)
tmp <- as.data.frame.matrix(utdata$Antall)
tmp$N <- utdata$Ngr
tmp$Avdeling <- row.names(tmp)
row.names(tmp) <- 1:dim(tmp)[1]
tmp <- tmp[, c(dim(tmp)[2], dim(tmp)[2]-1, 1:(dim(tmp)[2]-2))]
aux<-tmp
aux <- rbind(aux, c(Avdeling='Norge', colSums(aux[,-1])))
aux[,-1] <- apply(aux[,-1], 2, as.numeric)
aux2 <- aux[,-(1:2)]/aux$N*100
aux <- cbind(aux, aux2)
sketch <- paste0('<table>
<thead>
<tr>
<th rowspan="2">Avdeling</th>
<th rowspan="2">N</th>
<th colspan="', length(utdata$legendTxt), '">Antall</th>
<th colspan="', length(utdata$legendTxt), '">Prosent</th>
</tr>
<tr>',
paste(sapply(utdata$legendTxt,function(i) as.character(tags$th(i))),collapse="\n"),
paste(sapply(utdata$legendTxt,function(i) as.character(tags$th(i))),collapse="\n"),
'</tr>
</thead>',
tableFooter(c('Totalt' , as.numeric(aux[dim(aux)[1], 2:dim(aux)[2]]))),
'</table>')
# tableFooter(c('Sum' , as.numeric(aux[dim(aux)[1], 2:dim(aux)[2]])))))
print(sketch)
if (outfile == '') {x11()}
NorgastFigGjsnGrVar(RegData=RegData, valgtVar='PRSScore', datoFra=datoFra, datoTil=datoTil,
minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann, outfile=outfile,
reshID=reshID, preprosess=preprosess, malign=malign,
elektiv=elektiv, BMI=BMI, tilgang=tilgang, valgtShus=valgtShus, minPRS=minPRS,
maxPRS=maxPRS, ASA=ASA, whoEcog= whoEcog, forbehandling=forbehandling,
hentData=hentData, reseksjonsGr=reseksjonsGr, ncsp=ncsp)
if (outfile == '') {x11()}
NorgastFigAndelStabelGrVar(RegData=RegData, valgtVar='AccordionGrad', datoFra=datoFra, datoTil=datoTil,
minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann, outfile=outfile,
reshID=reshID, preprosess=preprosess, malign=malign,
elektiv=elektiv, BMI=BMI, tilgang=tilgang, valgtShus=valgtShus, minPRS=minPRS,
maxPRS=maxPRS, ASA=ASA, whoEcog= whoEcog, forbehandling=forbehandling,
hentData=hentData, reseksjonsGr=reseksjonsGr, ncsp=ncsp)
if (outfile == '') {x11()}
NorgastFigAndelStabelKunNasjonal(RegData, valgtVar='AccordionGrad', elektiv=0, outfile=outfile,
reshID=reshID, reseksjonsGr='(JFB[2-5][0-9]|JFB6[0-4])|JFH')
# NorgastFigAndelTid(RegData=RegData, valgtVar=valgtVar, reshID=reshID, preprosess=preprosess)
## Liste over kolonreseksjoner i NoRGast 2015 #############
regdata <- NorgastPreprosess(RegData)
regdata <- regdata[regdata$Aar==2015 & regdata$Op_gr==1 & regdata$AvdRESH==601225, c("PasientID", "ForlopsID")]
write.csv2(regdata, 'NoRGastKolonTromso2015.csv', row.names = F)
## Liste over elektive kolonreseksjoner 2014-2015 med accordion-grad 3 eller høyere#############
Pasientliste <- RegData$PasientID[which(RegData$Op_gr==1 & RegData$AvdRESH==601225 & RegData$Aar %in% c(2014,2015) &
RegData$Hastegrad == 1 & RegData$AccordionGrad >=3)]
Forlopsliste <- RegData$ForlopsID[which(RegData$Op_gr==1 & RegData$AvdRESH==601225 & RegData$Aar %in% c(2014,2015) &
RegData$Hastegrad == 1 & RegData$AccordionGrad >=3)]
################ Lag liste for NPR ######################
# RegData$Operasjonsgrupper[which(substr(RegData$ncsp_lowercase,1,3)=="jlc")] <- "Pankreasreseksjoner"
# RegData$Operasjonsgrupper[intersect(which(substr(RegData$ncsp_lowercase,1,3)=="jlc"),
# which(as.numeric(substr(RegData$ncsp_lowercase,4,5)) %in% 0:20))] <- "Andre Pancreasreseksjoner"
RegData$Operasjonsgrupper[which(substr(RegData$ncsp_lowercase,1,3)=="jlc" & (as.numeric(substr(RegData$ncsp_lowercase,4,5)) %in% 0:20 |
as.numeric(substr(RegData$ncsp_lowercase,4,5)) %in% 40:99))] <- "Andre Pancreasreseksjoner"
RegData$Operasjonsgrupper[which(substr(RegData$ncsp_lowercase,1,3)=="jhc" & (as.numeric(substr(RegData$ncsp_lowercase,4,5)) %in% 10:99))] <-
"Gallegangsreseksjoner"
setdiff(which(substr(RegData$ncsp_lowercase,1,3)=="jlc"), which(RegData$Operasjonsgrupper %in% c("Whipples operasjon", "Andre Pancreasreseksjoner")))
setdiff(which(RegData$Operasjonsgrupper %in% c("Whipples operasjon", "Andre Pancreasreseksjoner")), which(substr(RegData$ncsp_lowercase,1,3)=="jlc"))
RegData2014 <- RegData[RegData$Aar == 2014, ]
RegData2015 <- RegData[RegData$Aar == 2015, ]
NoRGastObligOperasjoner2014 <- table(RegData2014$Sykehusnavn, RegData2014$Operasjonsgrupper, useNA = 'ifany')
NoRGastObligOperasjoner2015 <- table(RegData2015$Sykehusnavn, RegData2015$Operasjonsgrupper, useNA = 'ifany')
NoRGastObligOperasjoner2014RESH <- table(RegData2014$AvdRESH, RegData2014$Operasjonsgrupper, useNA = 'ifany')
NoRGastObligOperasjoner2015RESH <- table(RegData2015$AvdRESH, RegData2015$Operasjonsgrupper, useNA = 'ifany')
write.csv2(NoRGastObligOperasjoner2014, 'NoRGastObligOperasjoner2014.csv', row.names = TRUE)
write.csv2(NoRGastObligOperasjoner2015, 'NoRGastObligOperasjoner2015.csv', row.names = TRUE)
write.csv2(NoRGastObligOperasjoner2014RESH, 'NoRGastObligOperasjoner2014RESH.csv', row.names = TRUE)
write.csv2(NoRGastObligOperasjoner2015RESH, 'NoRGastObligOperasjoner2015RESH.csv', row.names = TRUE)
####### Liste NPR 2017-06-28 ##########################################################
RegData$Sykehusnavn <- as.character(RegData$Sykehusnavn)
RegData$Operasjonsgrupper[RegData$Op_gr %in% 6:7] <- 'Pankreasreseksjoner'
RegData$Operasjonsgrupper[RegData$Op_gr > 7] <- 'Annet'
RegData2014 <- RegData[RegData$Aar == 2014, ]
RegData2015 <- RegData[RegData$Aar == 2015, ]
RegData2016 <- RegData[RegData$Aar == 2016, ]
NoRGastObligOperasjoner2014 <- as.data.frame(addmargins(table(RegData2014[, c('Sykehusnavn', 'Operasjonsgrupper')], useNA = 'ifany')))
NoRGastObligOperasjoner2014 <- tidyr::spread(data = NoRGastObligOperasjoner2014,key = Operasjonsgrupper, value = Freq)
NoRGastObligOperasjoner2014$AvdRESH <- RegData$AvdRESH[match(NoRGastObligOperasjoner2014$Sykehusnavn, RegData$Sykehusnavn)]
NoRGastObligOperasjoner2014 <- NoRGastObligOperasjoner2014[, c(10,1,3:8,2,9)]
NoRGastObligOperasjoner2015 <- as.data.frame(addmargins(table(RegData2015[, c('Sykehusnavn', 'Operasjonsgrupper')], useNA = 'ifany')))
NoRGastObligOperasjoner2015 <- tidyr::spread(data = NoRGastObligOperasjoner2015,key = Operasjonsgrupper, value = Freq)
NoRGastObligOperasjoner2015$AvdRESH <- RegData$AvdRESH[match(NoRGastObligOperasjoner2015$Sykehusnavn, RegData$Sykehusnavn)]
NoRGastObligOperasjoner2015 <- NoRGastObligOperasjoner2015[, c(10,1,3:8,2,9)]
NoRGastObligOperasjoner2016 <- as.data.frame(addmargins(table(RegData2016[, c('Sykehusnavn', 'Operasjonsgrupper')], useNA = 'ifany')))
NoRGastObligOperasjoner2016 <- tidyr::spread(data = NoRGastObligOperasjoner2016,key = Operasjonsgrupper, value = Freq)
NoRGastObligOperasjoner2016$AvdRESH <- RegData$AvdRESH[match(NoRGastObligOperasjoner2016$Sykehusnavn, RegData$Sykehusnavn)]
NoRGastObligOperasjoner2016 <- NoRGastObligOperasjoner2016[, c(10,1,3:8,2,9)]
write.csv2(NoRGastObligOperasjoner2014, 'NPRtall2014.csv', row.names = FALSE)
write.csv2(NoRGastObligOperasjoner2015, 'NPRtall2015.csv', row.names = FALSE)
write.csv2(NoRGastObligOperasjoner2016, 'NPRtall2016.csv', row.names = FALSE)
#### Hent øsofagus for Tromsø
tosdata <- NorgastPreprosess(RegData)
tosdata <- tosdata[tosdata$AvdRESH==reshID & tosdata$Op_gr == 3, ]
tosdata$ForlopsID[tosdata$Op_gr==6 & tosdata$NyAnastomose==0]
### Hent ut pasient id for alle pasienter operert i Tromsø 29.09.15-25.02.16 som har accordion 3 eller mer.
RegData <- NorgastPreprosess(RegData=RegData)
# Uttrekk <- RegData[RegData$AccordionGrad >= 3 & RegData$AvdRESH == 601225, c('PasientID', 'OperasjonsDato', 'Sykehusnavn')]
Uttrekk <- RegData[which((RegData$AccordionGrad >= 3 | RegData$Avdod ==1 | RegData$ReLapNarkose == 1 |
RegData$ReinnlAndreInst == 1 | RegData$ReinnlEgenInst == 1) &
RegData$AvdRESH == 601225), c('PasientID', 'OperasjonsDato', 'Sykehusnavn')]
Uttrekk <- Uttrekk[Uttrekk$OperasjonsDato >= as.POSIXlt('2015-09-29') & Uttrekk$OperasjonsDato <= as.POSIXlt('2016-02-25'), ]
sort(table(Uttrekk$PasientID, useNA = 'ifany'), decreasing = TRUE)
tmp1 <- as.numeric(names(table(Uttrekk$PasientID, useNA = 'ifany')))
RegData[RegData$PasientID %in% setdiff(tmp2, tmp1) & RegData$OperasjonsDato >= as.POSIXlt('2015-09-29') &
RegData$OperasjonsDato <= as.POSIXlt('2016-02-25'), c('PasientID', 'AccordionGrad', 'Avdod', 'ReLapNarkose',
'ReinnlAndreInst', 'ReinnlEgenInst', 'OppfStatus')]
RegData$Avdod[which((RegData$AccordionGrad >= 3 | RegData$Avdod ==1 | RegData$ReLapNarkose == 1 |
RegData$ReinnlAndreInst == 1 | RegData$ReinnlEgenInst == 1) &
RegData$AvdRESH == 601225)]
## Studerer avdøde #########################
tmp <- RegData$PasientID[RegData$Avdod == 1]
tmp <- sort(table(tmp), decreasing = T)
tmp <- tmp[tmp>1]
multiIDer <- as.numeric(names(tmp))
tellehjelp <- RegData[RegData$PasientID %in% multiIDer, c('Avdod', 'AvdodDato', 'PasientID', 'OperasjonsDato', 'ForlopsID')]
tellehjelp <- tellehjelp[order(tellehjelp$PasientID), ]
maxidato <- tapply(tellehjelp$OperasjonsDato, tellehjelp$PasientID, max)
tapply(tellehjelp$ForlopsID, tellehjelp$PasientID, max)
## Finn avvik mellom "Interaktive andelsdiagrammer" og Tabell 2
tmpdata <- NorgastPreprosess(RegData)
aux1 <- test[test$OperasjonsDato>=as.POSIXlt('2014-01-01') & test$OperasjonsDato<=as.POSIXlt('2015-12-31'), ]
aux1 <- aux1[aux1$Op_gr==1, ]
aux2 <- aux1[as.numeric(aux1$AnestesiStartKl) %in% 8:15, ]
aux3 <- aux1[as.numeric(aux1$AnestesiStartKl) %in% 0:7 | as.numeric(aux1$AnestesiStartKl) %in% 16:23, ]
### mE-PASS (PRS-score) utenfor range #############
RegData0 <- RegData_old[RegData_old$PRSScore<0 & !is.na(RegData_old$PRSScore), c('decimalAge', 'Hjertesykdom',
'Lungesykdom', 'MedDiabetes', 'WHOECOG', 'ASA', 'PRSScore')]
RegData1 <- RegData[RegData$PRSScore<0 & !is.na(RegData$PRSScore), c('Sykehusnavn','HovedDato' ,'PasientAlder', 'Hjertesykdom',
'Lungesykdom', 'MedDiabetes', 'WHOECOG', 'ASA', 'PRSScore')]
RegData2 <- RegData[RegData$PRSScore>1.1 & !is.na(RegData$PRSScore), c('Sykehusnavn','HovedDato' ,'PasientAlder', 'Hjertesykdom',
'Lungesykdom', 'MedDiabetes', 'WHOECOG', 'ASA', 'PRSScore')]
-0.0686 +0.00345*RegData1$PasientAlder + 0.323*RegData1$Hjertesykdom + 0.205*RegData1$Lungesykdom + 0.153*RegData1$MedDiabetes +
0.148*RegData1$WHOECOG + 0.0666*RegData1$ASA
-0.0686 +0.00345*RegData2$PasientAlder + 0.323*RegData2$Hjertesykdom + 0.205*RegData2$Lungesykdom + 0.153*RegData2$MedDiabetes +
0.148*RegData2$WHOECOG + 0.0666*RegData2$ASA
RegData <- RegData[!is.na(RegData$PRSScore), ]
RegData$PRSScore_minutregning <- (-0.0686 +0.00345*RegData$PasientAlder + 0.323*RegData$Hjertesykdom + 0.205*RegData$Lungesykdom +
0.153*RegData$MedDiabetes + 0.148*RegData$WHOECOG + 0.0666*RegData$ASA)
tmp <- RegData[,c('ForlopsID', 'PRSScore', 'PRSScore_minutregning')]
tmp$PRSScore_minutregning[RegData$WHOECOG==9] <- NA
forskjell <- tmp$PRSScore - tmp$PRSScore_minutregning
indUlik <- which(abs(forskjell)>10^(-12) | (is.na(tmp$PRSScore) & !is.na(tmp$PRSScore_minutregning)) |
(!is.na(tmp$PRSScore) & is.na(tmp$PRSScore_minutregning)) )
avvik <- tmp[indUlik,]
setwd('C:/SVN/jasper/norgast/doc/')
write.csv2(avvik, 'avvik.csv', row.names = F)
prs<-read.table('C:/SVN/jasper/norgast/doc/Rescoring_PRS_score.csv', header=TRUE, sep=";", encoding = 'UFT-8')
prs$Endring <- as.character(prs$Endring)
prs_forskj <- prs[substr(prs$Endring, 1, 9)!='No change', ]
prs_forskj$Endring<-gsub('.*=([0-9]+).*','\\1', prs_forskj$Endring)
names(prs_forskj)[1] <- 'ForlopsID'
prs_forskj$ForlopsID <- as.numeric(prs_forskj$ForlopsID)
prs_forskj$PRS_GAMMEL <- as.numeric(as.character(prs_forskj$PRS_GAMMEL))
prs_forskj$PRS_NY <- as.numeric(as.character(prs_forskj$PRS_NY))
avvik[avvik$ForlopsID %in% setdiff(avvik$ForlopsID, prs_forskj$ForlopsID), ]
prs_forskj[prs_forskj$ForlopsID %in% setdiff(prs_forskj$ForlopsID, avvik$ForlopsID), ]
prsTorkil<-read.table('C:/SVN/jasper/norgast/doc/Rescoring_PRS_score Torkil.csv', header=TRUE, sep=",", encoding = 'UFT-8')
prsTorkil$NEW_PRSCORE <- as.numeric(as.character(prsTorkil$NEW_PRSCORE))
prsTorkil$OLD_PRSScore <- as.numeric(as.character(prsTorkil$OLD_PRSScore))
forskjell2 <- prsTorkil$OLD_PRSScore - prsTorkil$NEW_PRSCORE
indUlik <- which(abs(forskjell2)>10^(-12) | (is.na(prsTorkil$OLD_PRSScore) & !is.na(prsTorkil$NEW_PRSCORE)) |
(!is.na(prsTorkil$OLD_PRSScore) & is.na(prsTorkil$NEW_PRSCORE)) )
avvik2 <- prsTorkil[indUlik,]
setdiff(avvik$ForlopsID, avvik2$ForlopsID)
setdiff(avvik2$ForlopsID, avvik$ForlopsID)
RegData[RegData$ForlopsID %in% c(setdiff(avvik$ForlopsID, avvik2$ForlopsID), setdiff(avvik2$ForlopsID, avvik$ForlopsID)),
c('ForlopsID', 'PRSScore', 'PRSScore_minutregning')]
prsTorkil[prsTorkil$ForlopsID %in% c(setdiff(avvik$ForlopsID, avvik2$ForlopsID), setdiff(avvik2$ForlopsID, avvik$ForlopsID)), ]
Endelig <- merge(tmp, prsTorkil, by = 'ForlopsID')
forskjell3 <- Endelig$PRSScore_minutregning - Endelig$NEW_PRSCORE
indUlik <- which(abs(forskjell3)>10^(-12) | (is.na(Endelig$NEW_PRSCORE) & !is.na(Endelig$PRSScore_minutregning)) |
(!is.na(Endelig$NEW_PRSCORE) & is.na(Endelig$PRSScore_minutregning)) )
avvik <- Endelig[indUlik, ]
setwd('C:/SVN/jasper/norgast/doc/')
write.csv2(avvik[, c('ForlopsID', 'NEW_PRSCORE', 'PRSScore_minutregning')], 'avvik.csv', row.names = F)
-0.0686 +0.00345*130 + 0.323*1 + 0.205*1 + 0.153*1 +0.148*4 + 0.0666*4
############# Avdød under opphold Mo i Rana ######################
setwd('C:/SVN/jasper/norgast/doc/')
rm(list=ls())
# Les inn data
# RegData <- read.table('C:/SVN/jasper/norgast/data/all_variables2015-12-15 10-33-18.txt', header=TRUE, sep=";")
tmp1 <- read.table('C:/SVN/jasper/norgast/data/AlleVarNum2016-01-22 09-41-57.txt', header=TRUE, sep=";")
tmp2 <- read.table('C:/SVN/jasper/norgast/data/AlleVariablerNum2016-01-22 09-42-00.txt', header=TRUE, sep=";")
tmp3 <- read.table('C:/SVN/jasper/norgast/data/ForlopsOversikt2016-01-22 09-42-02.txt', header=TRUE, sep=";")
# tmp3 <- read.table('C:/SVN/jasper/norgast/data/AlleVariablerNum2015-12-15 10-14-43.txt', header=TRUE, sep=";")
DoedData <- RegData[intersect(which(RegData$AvdRESH==102141), which(RegData$DodUnderOpphold==1 | RegData$OppfDodUnderOpphold == 1)),]
IDer <- RegData$ForlopsID[intersect(which(RegData$AvdRESH==102141), which(RegData$DodUnderOpphold==1 | RegData$OppfDodUnderOpphold == 1))]
## Lag kobling til Sykehusnavn #####################
#
#
# RegData <- RegData[which(RegData$OperasjonsDato>=datoFra & RegData$OperasjonsDato<=datoTil),]
# RegData <- RegData[which(RegData$Op_gr==op_gruppe),]
#
#
# RegData2 <- RegData[which(RegData$Tilgang==2),]
# RegData2 <- RegData[which(RegData$AnestesiStartKl>=7 & RegData$AnestesiStartKl<=15),]
# RegData2 <- RegData[which(RegData$AnestesiStartKl<7 | RegData$AnestesiStartKl>15),]
#
# vekttap <- RegData2$VekttapProsent[!is.na(RegData2$VekttapProsent)]
# asa <- RegData2$ASA[!is.na(RegData2$ASA)]
#
# mean(vekttap)
# median(vekttap)
# mean(asa)
# median(asa)
#
#
# # RegData<-RegData[RegData$Op_gr==op_gruppe,]
# reshID <- unique(RegData$AvdRESH[RegData$Op_gr==op_gruppe])
# op_gr<-as.character(RegData$Operasjonsgrupper[match(op_gruppe, RegData$Op_gr)])
#
# for (p in reshID){
# # x11()
# # print(p)
# sh<-as.character(RegData$Sykehusnavn[match(p, RegData$AvdRESH)])
# outfile <- paste0(valgtVar, op_gr, sh, '.pdf')
# print(outfile)
#
# FigAndeler(RegData=RegData, valgtVar=valgtVar, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil,
# minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann, op_gruppe=op_gruppe, libkat, outfile=outfile,
# reshID=p, enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, stabel=F, andel=T, preprosess=preprosess)
# }
#
#
#
#
#
#
#
#
# # RegData$OperasjonsDato<-as.POSIXlt(as.character(RegData$OperasjonsDato), format="%Y-%m-%d")
# # RegData<-RegData[RegData$OperasjonsDato>as.POSIXlt('2014-01-01'),]
# # RegData<- RegData[RegData$Op_gr==1,]
# #
# #
# # sum(RegData$NyAnastomose)
# # sum(RegData$NyStomi[RegData$NyAnastomose==1])
# #
# # RegData2 <- RegData[RegData$NyAnastomose==0,]
# # sum(RegData2$NyStomi)
#
#
#
#
#
#
#
#
########################## datokødd
# datoFra <- '2014-01-01' # min og max dato i utvalget vises alltid i figuren.
# datoTil <- '2016-12-31'
#
#
# dFra <- as.POSIXlt(datoFra)
# dTil <- as.POSIXlt(datoTil)
#
#
# difftid <- dTil-dFra
#
#
erMann=99
minald=0
maxald=130
enhetsUtvalg=1
stabel=F
preprosess=F
elektiv=99
BMI=''
tilgang=99
valgtShus=c('')
minPRS=0
maxPRS=2
ASA=''
whoEcog= ''
forbehandling=99
hentData=F
RegData <- RegData[which(RegData$Op_gr %in% 1:7 & RegData$OperasjonsDato >= '2016-05-01' & RegData$OperasjonsDato < '2017-03-01'), ]
old <- RegData
RegData <- old
RegData <- RegData[RegData$LapTilgang == 0, ]
RegData$Sykehusnavn <- as.character(RegData$Sykehusnavn)
RegData$Sykehusnavn[RegData$Sykehusnavn != 'St. Olavs Hospital HF'] <- 'Landet.forovrig'
RegData$Sykehusnavn <- as.factor(RegData$Sykehusnavn)
# tmp <- aggregate(RegData$PostopLiggedogn, by=list(Sykehus=RegData$Sykehusnavn, Operasjonsgruppe=RegData$Operasjonsgrupper), mean, na.rm=T)
# Gj_Liggetid <- reshape(tmp, direction = 'wide', timevar = 'Operasjonsgruppe', idvar = 'Sykehus')
tmp <- aggregate(RegData$PostopLiggedogn, by=list(Sykehus=RegData$Sykehusnavn, Operasjonsgruppe=RegData$Op_gr), mean, na.rm=T)
Gj_Liggetid <- reshape(tmp, direction = 'wide', timevar = 'Operasjonsgruppe', idvar = 'Sykehus')
names(Gj_Liggetid) <- c('Sykehus', RegData$Operasjonsgrupper[match(sort(unique(RegData$Op_gr)), RegData$Op_gr)])
Gj_Liggetid <- Gj_Liggetid[c(2,1), ]
Gj_Liggetid[, -1] <- round(Gj_Liggetid[, -1], 1)
write.csv2(Gj_Liggetid, 'Gjsn_liggetidStOlavÅpenKonv.csv', row.names = F)
# tmp <- aggregate(RegData$PostopLiggedogn, by=list(Sykehus=RegData$Sykehusnavn, Operasjonsgruppe=RegData$Operasjonsgrupper), function(x){sum(!is.na(x))})
# N_liggetid <- reshape(tmp, direction = 'wide', timevar = 'Operasjonsgruppe', idvar = 'Sykehus')
#
#
# tmp <- aggregate(RegData$PostopLiggedogn, by=list(Sykehus=RegData$Sykehusnavn, Operasjonsgruppe=RegData$Operasjonsgrupper), sum, na.rm=T)
# Sum_Liggetid <- reshape(tmp, direction = 'wide', timevar = 'Operasjonsgruppe', idvar = 'Sykehus')
#################################################################################################
################### Fiks diagnosebeskrivelser ###################################################
tmp1 <- sort(table(RegData$Hoveddiagnose, useNA = 'ifany'), decreasing = T)
tmp2 <- sort(table(substr(RegData$Hoveddiagnose, 1, 4), useNA = 'ifany'), decreasing = T)
tmp3 <- sort(table(substr(RegData$Hoveddiagnose, 1, 5), useNA = 'ifany'), decreasing = T)
navn1 <- sort(names(tmp2))
navn2 <- sort(names(tmp3))
navn1 <- c(navn1, rep(NA, length(navn2)-length(navn1)))
navndiff <- data.frame(navn2=navn2, navn1=navn1)
#####################################################################################
############# Accordion-grad 6 UNN 2017 ############################################
ACC6 <- RegData$PasientID[which(RegData$AccordionGrad==6 & RegData$OperasjonsDato >= '2017-01-01' & RegData$AvdRESH == 601225)]
ACC6 <- RegData$PasientID[which(RegData$OppfAccordionGrad==6 & RegData$OperasjonsDato >= '2017-01-01' & RegData$AvdRESH == 601225)]
############### Operasjoner på samme dag #############################
Utvalg1data <- RegData[RegData$Tilgang == 1, ]
Utvalg1data <- Utvalg1data[order(Utvalg1data$HovedDato, decreasing = F), ] # Hvis pasient opptrer flere ganger, velg
Utvalg1data <- Utvalg1data[match(unique(Utvalg1data$PasientID), Utvalg1data$PasientID), ] # første operasjon i utvalget
Utvalg2data <- RegData[RegData$Tilgang %in% 2:3, ]
Utvalg1data$Utvalg <- 1
Utvalg2data$Utvalg <- 2
Utvalg2data <- Utvalg2data[order(Utvalg2data$HovedDato, decreasing = F), ] # Hvis pasient opptrer flere ganger, velg
Utvalg2data <- Utvalg2data[match(unique(Utvalg2data$PasientID), Utvalg2data$PasientID), ]
utdata <- list(Utvalg1 = Utvalg1data, Utvalg2 = Utvalg2data, utvalgTxt1 = 'text1', utvalgTxt2 = 'text2')
Samlet <- bind_rows(Utvalg1data, Utvalg2data)
aux <- Samlet[Samlet$PasientID %in% as.numeric(names(sort(table(Samlet$PasientID), decreasing = T)[sort(table(Samlet$PasientID), decreasing = T) > 1])), ]
aux <- aux[order(aux$PasientID), ]
tmp <-aux[,c("PasientID", "HovedDato")] %>% group_by(PasientID) %>% summarise(samme_dato = HovedDato[1]==HovedDato[2])
flere_sammedato <- aux[aux$PasientID %in% tmp$PasientID[tmp$samme_dato],
c("PasientID", "ForlopsID", "HovedDato", "AnestesiStartKl", "Hovedoperasjon", "Tilgang", "Hoveddiagnose", "ReLapNarkose",
"OppfReLapNarkose", "OppfViktigsteFunn")]
flere_sammedato_v2 <- RegData %>% group_by(PasientID, HovedDato) %>% summarise(Op_pr_dag = n())
flere_sammedato_v2 <- flere_sammedato_v2[flere_sammedato_v2$Op_pr_dag > 1, ]
flere_sammedato_v3 <- merge(flere_sammedato_v2, RegData, by = c('PasientID', 'HovedDato'), all.x = T)
# flere_sammedato_v3 <- flere_sammedato_v3[order(flere_sammedato_v3$)]
# pasienter <- flere_sammedato_v3[match(unique(flere_sammedato_v3$PasientID), flere_sammedato_v3$PasientID), ]
pasienter <- flere_sammedato_v3[, c("PasientID", "ForlopsID", "OpDato", "Sykehusnavn")]
write.csv2(pasienter, 'I:/norgast/potensielle_dobbeltreg_norgast.csv', row.names = F)
Rapporteket/norgast documentation built on Sept. 7, 2024, 11:12 a.m.
R Package Documentation
Browse R Packages
We want your feedback!
Note that we can't provide technical support on individual packages. You should contact the package authors for that.
setwd('C:/GIT/norgast/doc/')
library(norgast)
rm(list=ls())
utdata <- NorgastBeregnAndeler(RegData, valgtVar='Alder', datoFra='2014-01-01', datoTil='2050-12-31',
minald=0, maxald=120, erMann=99, hastegrad = 99,
reshID=601225, enhetsUtvalg=1, malign=99,
elektiv=99, BMI='', tilgang='', valgtShus='', minPRS=0,
maxPRS=2.2, ASA='', whoEcog= '', forbehandling='',
op_gruppe='', ncsp='', modGlasgow = '', hastegrad_hybrid=99,
robotassiastanse=99, kun_ferdigstilte=TRUE, tilgang_utvidet='',
ny_stomi=99, accordion = '')
NorgastPlotAndeler(utdata$PlotParams, outfile='', utvalgTxt=utdata$utvalgTxt,
Andeler=utdata$Andeler, Antall=utdata$Antall,
fargepalett=utdata$fargepalett, enhetsUtvalg=utdata$enhetsUtvalg,
shtxt=utdata$shtxt)
# Les inn data
RegData <- read.table('I:/norgast/AlleVarNum2019-04-04 15-53-26.txt', header=TRUE, sep=";", encoding = 'UFT-8')
ForlopData <- read.table('I:/norgast/ForlopsOversikt2019-04-04 15-53-48.txt', header=TRUE, sep=";", encoding = 'UFT-8')
RegData <- RegData[,c('ForlopsID','BMIKategori', 'BMI', 'VekttapProsent','MedDiabetes','KunCytostatika','KunStraaleterapi',
'KjemoRadioKombo','WHOECOG','ModGlasgowScore','ASA','AnestesiStartKl','Hovedoperasjon','OpDato',
'NyAnastomose','NyStomi','Tilgang','Robotassistanse','ThoraxTilgang','ReLapNarkose','ViktigsteFunn',
'AccordionGrad', 'PRSScore','RegistreringStatus', 'OppfStatus', 'OppfAccordionGrad',
'OppfReLapNarkose', 'OppfViktigsteFunn', 'Avdod', 'AvdodDato', 'PostopLiggedogn', "Hoveddiagnose")]
ForlopData <- ForlopData[,c('ErMann', 'AvdRESH', 'Sykehusnavn', 'PasientAlder', 'HovedDato', 'BasisRegStatus', 'ForlopsID', 'PasientID')]
RegData <- merge(RegData, ForlopData, by.x = "ForlopsID", by.y = "ForlopsID")
RegData <- NorgastPreprosess(RegData=RegData)
ncsp <- ''
# reshID <- c(708761, 102145, 102143, 102141, 707232, 700922, 700413, 601225, 107440, 108162, 114271, 100100, 4204082, 4204500)
reshID <- 601225 # #Må sendes med til funksjon
minald <- 0 #alder, fra og med
maxald <- 130 #alder, til og med
erMann <- 99
datoFra <- '2016-01-01' # min og max dato i utvalget vises alltid i figuren.
datoTil <- '2020-01-01'
enhetsUtvalg <- 1 #0-hele landet, 1-egen enhet mot resten av landet, 2-egen enhet
valgtVar <- 'Saarruptur'
# valgtVar <- 'Malign'
valgtVar <- 'Vekttap_registrert'
outfile <- ''
# outfile <- paste0(valgtVar, '.pdf')
preprosess<-F
hentData <- F
stabel=F
# andel=T
elektiv=99
BMI <- c('') # c('1', '3', '5')
valgtShus <-'' # c('708761', '102145', '601225')
# valgtShus <- c('')
tilgang <- ''
minPRS <- 0
maxPRS <- 2.2
ASA <- '' # c('1', '3', '5')
whoEcog <- '' #c('0', '1', '3', '5')
forbehandling <- ''
tidsenhet <- 'Halvaar'
inkl_konf <- 1
malign <- 99
op_gruppe <- ''
if (outfile == '') {x11()}
FigAndeler(RegData=RegData, valgtVar=valgtVar, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil,
minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann, outfile=outfile,
reshID=reshID, enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, stabel=stabel,
preprosess=preprosess, hentData=hentData, elektiv = elektiv, BMI = BMI,
valgtShus = valgtShus, tilgang = tilgang, minPRS=minPRS, maxPRS=maxPRS, ASA=ASA,
whoEcog=whoEcog, forbehandling=forbehandling, malign=malign, reseksjonsGr=reseksjonsGr, ncsp=ncsp)
valgtVar <- 'ReLapNarkose'
# outfile <- 'ReLapNarkose.pdf'
if (outfile == '') {x11()}
utdata <- NorgastFigAndelTid(RegData=RegData, valgtVar=valgtVar, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil,
minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann, outfile=outfile,
reshID=reshID, enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, inkl_konf=inkl_konf,
preprosess=preprosess, hentData=hentData, elektiv = elektiv, BMI = BMI,
valgtShus = valgtShus, tilgang = tilgang, minPRS=minPRS, maxPRS=maxPRS, ASA=ASA,
whoEcog=whoEcog, forbehandling=forbehandling, tidsenhet=tidsenhet, malign=malign, op_gruppe=op_gruppe, ncsp=ncsp)
tibble(Tidsperiode = utdata$Tidtxt, Antall = round(utdata$Andeler$AndelHoved*utdata$NTid$NTidHoved/100),
N = utdata$NTid$NTidHoved, Andel = utdata$Andeler$AndelHoved, konf_nedre = utdata$KonfInt$Konf[1,],
konf_ovre = utdata$KonfInt$Konf[2,], Antall2 = round(utdata$Andeler$AndelRest*utdata$NTid$NTidRest/100),
N2 = utdata$NTid$NTidRest, Andel2 = utdata$Andeler$AndelRest, konf_nedre2 = utdata$KonfInt$KonfRest[1,],
konf_ovre2 = utdata$KonfInt$KonfRest[2,])
if (outfile == '') {x11()}
utdata <- norgast::NorgastFigGjsnGrVar(RegData=RegData, valgtVar='BMI', datoFra = datoFra, datoTil = datoTil,
minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann, malign = malign, Ngrense=10,
elektiv=elektiv,BMI = BMI, tilgang=tilgang, minPRS = minPRS, maxPRS = maxPRS,
ASA=ASA, whoEcog = whoEcog, forbehandling = forbehandling, op_gruppe = op_gruppe, ncsp = ncsp)
as_tibble(utdata$res, rownames='Sykehusnavn')
utdata <- NorgastFigAndelerGrVar(RegData=RegData, valgtVar=valgtVar, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil,
minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann, outfile=outfile,
inkl_konf=inkl_konf,
preprosess=preprosess, hentData=hentData, elektiv = elektiv, BMI = BMI,
valgtShus = valgtShus, tilgang = tilgang, minPRS=minPRS, maxPRS=maxPRS, ASA=ASA,
whoEcog=whoEcog, forbehandling=forbehandling, malign=malign,
op_gruppe=op_gruppe, ncsp=ncsp)
aux <- tibble(Avdeling = names(utdata$Nvar), Antall=utdata$Nvar, N=utdata$Ngr, Andel = utdata$Nvar/utdata$Ngr*100,
KI_nedre=utdata$KI[1,], KI_ovre=utdata$KI[2,])
aux[utdata$Andeler==-0.001, 2:6] <- NA
aux <- aux[dim(aux)[1]:1, ]
valgtVar <- 'ModGlasgowScore'
if (outfile == '') {x11()}
utdata <- NorgastFigAndelStabelGrVar(RegData=RegData, valgtVar=valgtVar, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil,
minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann, outfile=outfile,
preprosess=preprosess, hentData=hentData, elektiv = elektiv, BMI = BMI,
valgtShus = valgtShus, tilgang = tilgang, minPRS=minPRS, maxPRS=maxPRS, ASA=ASA,
whoEcog=whoEcog, forbehandling=forbehandling, malign=malign,
op_gruppe=op_gruppe, ncsp=ncsp)
tmp <- as.data.frame.matrix(utdata$Antall)
tmp$N <- utdata$Ngr
tmp$Avdeling <- row.names(tmp)
row.names(tmp) <- 1:dim(tmp)[1]
tmp <- tmp[, c(dim(tmp)[2], dim(tmp)[2]-1, 1:(dim(tmp)[2]-2))]
aux<-tmp
aux <- rbind(aux, c(Avdeling='Norge', colSums(aux[,-1])))
aux[,-1] <- apply(aux[,-1], 2, as.numeric)
aux2 <- aux[,-(1:2)]/aux$N*100
aux <- cbind(aux, aux2)
sketch <- paste0('<table>
<thead>
<tr>
<th rowspan="2">Avdeling</th>
<th rowspan="2">N</th>
<th colspan="', length(utdata$legendTxt), '">Antall</th>
<th colspan="', length(utdata$legendTxt), '">Prosent</th>
</tr>
<tr>',
paste(sapply(utdata$legendTxt,function(i) as.character(tags$th(i))),collapse="\n"),
paste(sapply(utdata$legendTxt,function(i) as.character(tags$th(i))),collapse="\n"),
'</tr>
</thead>',
tableFooter(c('Totalt' , as.numeric(aux[dim(aux)[1], 2:dim(aux)[2]]))),
'</table>')
# tableFooter(c('Sum' , as.numeric(aux[dim(aux)[1], 2:dim(aux)[2]])))))
print(sketch)
if (outfile == '') {x11()}
NorgastFigGjsnGrVar(RegData=RegData, valgtVar='PRSScore', datoFra=datoFra, datoTil=datoTil,
minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann, outfile=outfile,
reshID=reshID, preprosess=preprosess, malign=malign,
elektiv=elektiv, BMI=BMI, tilgang=tilgang, valgtShus=valgtShus, minPRS=minPRS,
maxPRS=maxPRS, ASA=ASA, whoEcog= whoEcog, forbehandling=forbehandling,
hentData=hentData, reseksjonsGr=reseksjonsGr, ncsp=ncsp)
if (outfile == '') {x11()}
NorgastFigAndelStabelGrVar(RegData=RegData, valgtVar='AccordionGrad', datoFra=datoFra, datoTil=datoTil,
minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann, outfile=outfile,
reshID=reshID, preprosess=preprosess, malign=malign,
elektiv=elektiv, BMI=BMI, tilgang=tilgang, valgtShus=valgtShus, minPRS=minPRS,
maxPRS=maxPRS, ASA=ASA, whoEcog= whoEcog, forbehandling=forbehandling,
hentData=hentData, reseksjonsGr=reseksjonsGr, ncsp=ncsp)
if (outfile == '') {x11()}
NorgastFigAndelStabelKunNasjonal(RegData, valgtVar='AccordionGrad', elektiv=0, outfile=outfile,
reshID=reshID, reseksjonsGr='(JFB[2-5][0-9]|JFB6[0-4])|JFH')
# NorgastFigAndelTid(RegData=RegData, valgtVar=valgtVar, reshID=reshID, preprosess=preprosess)
## Liste over kolonreseksjoner i NoRGast 2015 #############
regdata <- NorgastPreprosess(RegData)
regdata <- regdata[regdata$Aar==2015 & regdata$Op_gr==1 & regdata$AvdRESH==601225, c("PasientID", "ForlopsID")]
write.csv2(regdata, 'NoRGastKolonTromso2015.csv', row.names = F)
## Liste over elektive kolonreseksjoner 2014-2015 med accordion-grad 3 eller høyere#############
Pasientliste <- RegData$PasientID[which(RegData$Op_gr==1 & RegData$AvdRESH==601225 & RegData$Aar %in% c(2014,2015) &
RegData$Hastegrad == 1 & RegData$AccordionGrad >=3)]
Forlopsliste <- RegData$ForlopsID[which(RegData$Op_gr==1 & RegData$AvdRESH==601225 & RegData$Aar %in% c(2014,2015) &
RegData$Hastegrad == 1 & RegData$AccordionGrad >=3)]
################ Lag liste for NPR ######################
# RegData$Operasjonsgrupper[which(substr(RegData$ncsp_lowercase,1,3)=="jlc")] <- "Pankreasreseksjoner"
# RegData$Operasjonsgrupper[intersect(which(substr(RegData$ncsp_lowercase,1,3)=="jlc"),
# which(as.numeric(substr(RegData$ncsp_lowercase,4,5)) %in% 0:20))] <- "Andre Pancreasreseksjoner"
RegData$Operasjonsgrupper[which(substr(RegData$ncsp_lowercase,1,3)=="jlc" & (as.numeric(substr(RegData$ncsp_lowercase,4,5)) %in% 0:20 |
as.numeric(substr(RegData$ncsp_lowercase,4,5)) %in% 40:99))] <- "Andre Pancreasreseksjoner"
RegData$Operasjonsgrupper[which(substr(RegData$ncsp_lowercase,1,3)=="jhc" & (as.numeric(substr(RegData$ncsp_lowercase,4,5)) %in% 10:99))] <-
"Gallegangsreseksjoner"
setdiff(which(substr(RegData$ncsp_lowercase,1,3)=="jlc"), which(RegData$Operasjonsgrupper %in% c("Whipples operasjon", "Andre Pancreasreseksjoner")))
setdiff(which(RegData$Operasjonsgrupper %in% c("Whipples operasjon", "Andre Pancreasreseksjoner")), which(substr(RegData$ncsp_lowercase,1,3)=="jlc"))
RegData2014 <- RegData[RegData$Aar == 2014, ]
RegData2015 <- RegData[RegData$Aar == 2015, ]
NoRGastObligOperasjoner2014 <- table(RegData2014$Sykehusnavn, RegData2014$Operasjonsgrupper, useNA = 'ifany')
NoRGastObligOperasjoner2015 <- table(RegData2015$Sykehusnavn, RegData2015$Operasjonsgrupper, useNA = 'ifany')
NoRGastObligOperasjoner2014RESH <- table(RegData2014$AvdRESH, RegData2014$Operasjonsgrupper, useNA = 'ifany')
NoRGastObligOperasjoner2015RESH <- table(RegData2015$AvdRESH, RegData2015$Operasjonsgrupper, useNA = 'ifany')
write.csv2(NoRGastObligOperasjoner2014, 'NoRGastObligOperasjoner2014.csv', row.names = TRUE)
write.csv2(NoRGastObligOperasjoner2015, 'NoRGastObligOperasjoner2015.csv', row.names = TRUE)
write.csv2(NoRGastObligOperasjoner2014RESH, 'NoRGastObligOperasjoner2014RESH.csv', row.names = TRUE)
write.csv2(NoRGastObligOperasjoner2015RESH, 'NoRGastObligOperasjoner2015RESH.csv', row.names = TRUE)
####### Liste NPR 2017-06-28 ##########################################################
RegData$Sykehusnavn <- as.character(RegData$Sykehusnavn)
RegData$Operasjonsgrupper[RegData$Op_gr %in% 6:7] <- 'Pankreasreseksjoner'
RegData$Operasjonsgrupper[RegData$Op_gr > 7] <- 'Annet'
RegData2014 <- RegData[RegData$Aar == 2014, ]
RegData2015 <- RegData[RegData$Aar == 2015, ]
RegData2016 <- RegData[RegData$Aar == 2016, ]
NoRGastObligOperasjoner2014 <- as.data.frame(addmargins(table(RegData2014[, c('Sykehusnavn', 'Operasjonsgrupper')], useNA = 'ifany')))
NoRGastObligOperasjoner2014 <- tidyr::spread(data = NoRGastObligOperasjoner2014,key = Operasjonsgrupper, value = Freq)
NoRGastObligOperasjoner2014$AvdRESH <- RegData$AvdRESH[match(NoRGastObligOperasjoner2014$Sykehusnavn, RegData$Sykehusnavn)]
NoRGastObligOperasjoner2014 <- NoRGastObligOperasjoner2014[, c(10,1,3:8,2,9)]
NoRGastObligOperasjoner2015 <- as.data.frame(addmargins(table(RegData2015[, c('Sykehusnavn', 'Operasjonsgrupper')], useNA = 'ifany')))
NoRGastObligOperasjoner2015 <- tidyr::spread(data = NoRGastObligOperasjoner2015,key = Operasjonsgrupper, value = Freq)
NoRGastObligOperasjoner2015$AvdRESH <- RegData$AvdRESH[match(NoRGastObligOperasjoner2015$Sykehusnavn, RegData$Sykehusnavn)]
NoRGastObligOperasjoner2015 <- NoRGastObligOperasjoner2015[, c(10,1,3:8,2,9)]
NoRGastObligOperasjoner2016 <- as.data.frame(addmargins(table(RegData2016[, c('Sykehusnavn', 'Operasjonsgrupper')], useNA = 'ifany')))
NoRGastObligOperasjoner2016 <- tidyr::spread(data = NoRGastObligOperasjoner2016,key = Operasjonsgrupper, value = Freq)
NoRGastObligOperasjoner2016$AvdRESH <- RegData$AvdRESH[match(NoRGastObligOperasjoner2016$Sykehusnavn, RegData$Sykehusnavn)]
NoRGastObligOperasjoner2016 <- NoRGastObligOperasjoner2016[, c(10,1,3:8,2,9)]
write.csv2(NoRGastObligOperasjoner2014, 'NPRtall2014.csv', row.names = FALSE)
write.csv2(NoRGastObligOperasjoner2015, 'NPRtall2015.csv', row.names = FALSE)
write.csv2(NoRGastObligOperasjoner2016, 'NPRtall2016.csv', row.names = FALSE)
#### Hent øsofagus for Tromsø
tosdata <- NorgastPreprosess(RegData)
tosdata <- tosdata[tosdata$AvdRESH==reshID & tosdata$Op_gr == 3, ]
tosdata$ForlopsID[tosdata$Op_gr==6 & tosdata$NyAnastomose==0]
### Hent ut pasient id for alle pasienter operert i Tromsø 29.09.15-25.02.16 som har accordion 3 eller mer.
RegData <- NorgastPreprosess(RegData=RegData)
# Uttrekk <- RegData[RegData$AccordionGrad >= 3 & RegData$AvdRESH == 601225, c('PasientID', 'OperasjonsDato', 'Sykehusnavn')]
Uttrekk <- RegData[which((RegData$AccordionGrad >= 3 | RegData$Avdod ==1 | RegData$ReLapNarkose == 1 |
RegData$ReinnlAndreInst == 1 | RegData$ReinnlEgenInst == 1) &
RegData$AvdRESH == 601225), c('PasientID', 'OperasjonsDato', 'Sykehusnavn')]
Uttrekk <- Uttrekk[Uttrekk$OperasjonsDato >= as.POSIXlt('2015-09-29') & Uttrekk$OperasjonsDato <= as.POSIXlt('2016-02-25'), ]
sort(table(Uttrekk$PasientID, useNA = 'ifany'), decreasing = TRUE)
tmp1 <- as.numeric(names(table(Uttrekk$PasientID, useNA = 'ifany')))
RegData[RegData$PasientID %in% setdiff(tmp2, tmp1) & RegData$OperasjonsDato >= as.POSIXlt('2015-09-29') &
RegData$OperasjonsDato <= as.POSIXlt('2016-02-25'), c('PasientID', 'AccordionGrad', 'Avdod', 'ReLapNarkose',
'ReinnlAndreInst', 'ReinnlEgenInst', 'OppfStatus')]
RegData$Avdod[which((RegData$AccordionGrad >= 3 | RegData$Avdod ==1 | RegData$ReLapNarkose == 1 |
RegData$ReinnlAndreInst == 1 | RegData$ReinnlEgenInst == 1) &
RegData$AvdRESH == 601225)]
## Studerer avdøde #########################
tmp <- RegData$PasientID[RegData$Avdod == 1]
tmp <- sort(table(tmp), decreasing = T)
tmp <- tmp[tmp>1]
multiIDer <- as.numeric(names(tmp))
tellehjelp <- RegData[RegData$PasientID %in% multiIDer, c('Avdod', 'AvdodDato', 'PasientID', 'OperasjonsDato', 'ForlopsID')]
tellehjelp <- tellehjelp[order(tellehjelp$PasientID), ]
maxidato <- tapply(tellehjelp$OperasjonsDato, tellehjelp$PasientID, max)
tapply(tellehjelp$ForlopsID, tellehjelp$PasientID, max)
## Finn avvik mellom "Interaktive andelsdiagrammer" og Tabell 2
tmpdata <- NorgastPreprosess(RegData)
aux1 <- test[test$OperasjonsDato>=as.POSIXlt('2014-01-01') & test$OperasjonsDato<=as.POSIXlt('2015-12-31'), ]
aux1 <- aux1[aux1$Op_gr==1, ]
aux2 <- aux1[as.numeric(aux1$AnestesiStartKl) %in% 8:15, ]
aux3 <- aux1[as.numeric(aux1$AnestesiStartKl) %in% 0:7 | as.numeric(aux1$AnestesiStartKl) %in% 16:23, ]
### mE-PASS (PRS-score) utenfor range #############
RegData0 <- RegData_old[RegData_old$PRSScore<0 & !is.na(RegData_old$PRSScore), c('decimalAge', 'Hjertesykdom',
'Lungesykdom', 'MedDiabetes', 'WHOECOG', 'ASA', 'PRSScore')]
RegData1 <- RegData[RegData$PRSScore<0 & !is.na(RegData$PRSScore), c('Sykehusnavn','HovedDato' ,'PasientAlder', 'Hjertesykdom',
'Lungesykdom', 'MedDiabetes', 'WHOECOG', 'ASA', 'PRSScore')]
RegData2 <- RegData[RegData$PRSScore>1.1 & !is.na(RegData$PRSScore), c('Sykehusnavn','HovedDato' ,'PasientAlder', 'Hjertesykdom',
'Lungesykdom', 'MedDiabetes', 'WHOECOG', 'ASA', 'PRSScore')]
-0.0686 +0.00345*RegData1$PasientAlder + 0.323*RegData1$Hjertesykdom + 0.205*RegData1$Lungesykdom + 0.153*RegData1$MedDiabetes +
0.148*RegData1$WHOECOG + 0.0666*RegData1$ASA
-0.0686 +0.00345*RegData2$PasientAlder + 0.323*RegData2$Hjertesykdom + 0.205*RegData2$Lungesykdom + 0.153*RegData2$MedDiabetes +
0.148*RegData2$WHOECOG + 0.0666*RegData2$ASA
RegData <- RegData[!is.na(RegData$PRSScore), ]
RegData$PRSScore_minutregning <- (-0.0686 +0.00345*RegData$PasientAlder + 0.323*RegData$Hjertesykdom + 0.205*RegData$Lungesykdom +
0.153*RegData$MedDiabetes + 0.148*RegData$WHOECOG + 0.0666*RegData$ASA)
tmp <- RegData[,c('ForlopsID', 'PRSScore', 'PRSScore_minutregning')]
tmp$PRSScore_minutregning[RegData$WHOECOG==9] <- NA
forskjell <- tmp$PRSScore - tmp$PRSScore_minutregning
indUlik <- which(abs(forskjell)>10^(-12) | (is.na(tmp$PRSScore) & !is.na(tmp$PRSScore_minutregning)) |
(!is.na(tmp$PRSScore) & is.na(tmp$PRSScore_minutregning)) )
avvik <- tmp[indUlik,]
setwd('C:/SVN/jasper/norgast/doc/')
write.csv2(avvik, 'avvik.csv', row.names = F)
prs<-read.table('C:/SVN/jasper/norgast/doc/Rescoring_PRS_score.csv', header=TRUE, sep=";", encoding = 'UFT-8')
prs$Endring <- as.character(prs$Endring)
prs_forskj <- prs[substr(prs$Endring, 1, 9)!='No change', ]
prs_forskj$Endring<-gsub('.*=([0-9]+).*','\\1', prs_forskj$Endring)
names(prs_forskj)[1] <- 'ForlopsID'
prs_forskj$ForlopsID <- as.numeric(prs_forskj$ForlopsID)
prs_forskj$PRS_GAMMEL <- as.numeric(as.character(prs_forskj$PRS_GAMMEL))
prs_forskj$PRS_NY <- as.numeric(as.character(prs_forskj$PRS_NY))
avvik[avvik$ForlopsID %in% setdiff(avvik$ForlopsID, prs_forskj$ForlopsID), ]
prs_forskj[prs_forskj$ForlopsID %in% setdiff(prs_forskj$ForlopsID, avvik$ForlopsID), ]
prsTorkil<-read.table('C:/SVN/jasper/norgast/doc/Rescoring_PRS_score Torkil.csv', header=TRUE, sep=",", encoding = 'UFT-8')
prsTorkil$NEW_PRSCORE <- as.numeric(as.character(prsTorkil$NEW_PRSCORE))
prsTorkil$OLD_PRSScore <- as.numeric(as.character(prsTorkil$OLD_PRSScore))
forskjell2 <- prsTorkil$OLD_PRSScore - prsTorkil$NEW_PRSCORE
indUlik <- which(abs(forskjell2)>10^(-12) | (is.na(prsTorkil$OLD_PRSScore) & !is.na(prsTorkil$NEW_PRSCORE)) |
(!is.na(prsTorkil$OLD_PRSScore) & is.na(prsTorkil$NEW_PRSCORE)) )
avvik2 <- prsTorkil[indUlik,]
setdiff(avvik$ForlopsID, avvik2$ForlopsID)
setdiff(avvik2$ForlopsID, avvik$ForlopsID)
RegData[RegData$ForlopsID %in% c(setdiff(avvik$ForlopsID, avvik2$ForlopsID), setdiff(avvik2$ForlopsID, avvik$ForlopsID)),
c('ForlopsID', 'PRSScore', 'PRSScore_minutregning')]
prsTorkil[prsTorkil$ForlopsID %in% c(setdiff(avvik$ForlopsID, avvik2$ForlopsID), setdiff(avvik2$ForlopsID, avvik$ForlopsID)), ]
Endelig <- merge(tmp, prsTorkil, by = 'ForlopsID')
forskjell3 <- Endelig$PRSScore_minutregning - Endelig$NEW_PRSCORE
indUlik <- which(abs(forskjell3)>10^(-12) | (is.na(Endelig$NEW_PRSCORE) & !is.na(Endelig$PRSScore_minutregning)) |
(!is.na(Endelig$NEW_PRSCORE) & is.na(Endelig$PRSScore_minutregning)) )
avvik <- Endelig[indUlik, ]
setwd('C:/SVN/jasper/norgast/doc/')
write.csv2(avvik[, c('ForlopsID', 'NEW_PRSCORE', 'PRSScore_minutregning')], 'avvik.csv', row.names = F)
-0.0686 +0.00345*130 + 0.323*1 + 0.205*1 + 0.153*1 +0.148*4 + 0.0666*4
############# Avdød under opphold Mo i Rana ######################
setwd('C:/SVN/jasper/norgast/doc/')
rm(list=ls())
# Les inn data
# RegData <- read.table('C:/SVN/jasper/norgast/data/all_variables2015-12-15 10-33-18.txt', header=TRUE, sep=";")
tmp1 <- read.table('C:/SVN/jasper/norgast/data/AlleVarNum2016-01-22 09-41-57.txt', header=TRUE, sep=";")
tmp2 <- read.table('C:/SVN/jasper/norgast/data/AlleVariablerNum2016-01-22 09-42-00.txt', header=TRUE, sep=";")
tmp3 <- read.table('C:/SVN/jasper/norgast/data/ForlopsOversikt2016-01-22 09-42-02.txt', header=TRUE, sep=";")
# tmp3 <- read.table('C:/SVN/jasper/norgast/data/AlleVariablerNum2015-12-15 10-14-43.txt', header=TRUE, sep=";")
DoedData <- RegData[intersect(which(RegData$AvdRESH==102141), which(RegData$DodUnderOpphold==1 | RegData$OppfDodUnderOpphold == 1)),]
IDer <- RegData$ForlopsID[intersect(which(RegData$AvdRESH==102141), which(RegData$DodUnderOpphold==1 | RegData$OppfDodUnderOpphold == 1))]
## Lag kobling til Sykehusnavn #####################
#
#
# RegData <- RegData[which(RegData$OperasjonsDato>=datoFra & RegData$OperasjonsDato<=datoTil),]
# RegData <- RegData[which(RegData$Op_gr==op_gruppe),]
#
#
# RegData2 <- RegData[which(RegData$Tilgang==2),]
# RegData2 <- RegData[which(RegData$AnestesiStartKl>=7 & RegData$AnestesiStartKl<=15),]
# RegData2 <- RegData[which(RegData$AnestesiStartKl<7 | RegData$AnestesiStartKl>15),]
#
# vekttap <- RegData2$VekttapProsent[!is.na(RegData2$VekttapProsent)]
# asa <- RegData2$ASA[!is.na(RegData2$ASA)]
#
# mean(vekttap)
# median(vekttap)
# mean(asa)
# median(asa)
#
#
# # RegData<-RegData[RegData$Op_gr==op_gruppe,]
# reshID <- unique(RegData$AvdRESH[RegData$Op_gr==op_gruppe])
# op_gr<-as.character(RegData$Operasjonsgrupper[match(op_gruppe, RegData$Op_gr)])
#
# for (p in reshID){
# # x11()
# # print(p)
# sh<-as.character(RegData$Sykehusnavn[match(p, RegData$AvdRESH)])
# outfile <- paste0(valgtVar, op_gr, sh, '.pdf')
# print(outfile)
#
# FigAndeler(RegData=RegData, valgtVar=valgtVar, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil,
# minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann, op_gruppe=op_gruppe, libkat, outfile=outfile,
# reshID=p, enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, stabel=F, andel=T, preprosess=preprosess)
# }
#
#
#
#
#
#
#
#
# # RegData$OperasjonsDato<-as.POSIXlt(as.character(RegData$OperasjonsDato), format="%Y-%m-%d")
# # RegData<-RegData[RegData$OperasjonsDato>as.POSIXlt('2014-01-01'),]
# # RegData<- RegData[RegData$Op_gr==1,]
# #
# #
# # sum(RegData$NyAnastomose)
# # sum(RegData$NyStomi[RegData$NyAnastomose==1])
# #
# # RegData2 <- RegData[RegData$NyAnastomose==0,]
# # sum(RegData2$NyStomi)
#
#
#
#
#
#
#
#
########################## datokødd
# datoFra <- '2014-01-01' # min og max dato i utvalget vises alltid i figuren.
# datoTil <- '2016-12-31'
#
#
# dFra <- as.POSIXlt(datoFra)
# dTil <- as.POSIXlt(datoTil)
#
#
# difftid <- dTil-dFra
#
#
erMann=99
minald=0
maxald=130
enhetsUtvalg=1
stabel=F
preprosess=F
elektiv=99
BMI=''
tilgang=99
valgtShus=c('')
minPRS=0
maxPRS=2
ASA=''
whoEcog= ''
forbehandling=99
hentData=F
RegData <- RegData[which(RegData$Op_gr %in% 1:7 & RegData$OperasjonsDato >= '2016-05-01' & RegData$OperasjonsDato < '2017-03-01'), ]
old <- RegData
RegData <- old
RegData <- RegData[RegData$LapTilgang == 0, ]
RegData$Sykehusnavn <- as.character(RegData$Sykehusnavn)
RegData$Sykehusnavn[RegData$Sykehusnavn != 'St. Olavs Hospital HF'] <- 'Landet.forovrig'
RegData$Sykehusnavn <- as.factor(RegData$Sykehusnavn)
# tmp <- aggregate(RegData$PostopLiggedogn, by=list(Sykehus=RegData$Sykehusnavn, Operasjonsgruppe=RegData$Operasjonsgrupper), mean, na.rm=T)
# Gj_Liggetid <- reshape(tmp, direction = 'wide', timevar = 'Operasjonsgruppe', idvar = 'Sykehus')
tmp <- aggregate(RegData$PostopLiggedogn, by=list(Sykehus=RegData$Sykehusnavn, Operasjonsgruppe=RegData$Op_gr), mean, na.rm=T)
Gj_Liggetid <- reshape(tmp, direction = 'wide', timevar = 'Operasjonsgruppe', idvar = 'Sykehus')
names(Gj_Liggetid) <- c('Sykehus', RegData$Operasjonsgrupper[match(sort(unique(RegData$Op_gr)), RegData$Op_gr)])
Gj_Liggetid <- Gj_Liggetid[c(2,1), ]
Gj_Liggetid[, -1] <- round(Gj_Liggetid[, -1], 1)
write.csv2(Gj_Liggetid, 'Gjsn_liggetidStOlavÅpenKonv.csv', row.names = F)
# tmp <- aggregate(RegData$PostopLiggedogn, by=list(Sykehus=RegData$Sykehusnavn, Operasjonsgruppe=RegData$Operasjonsgrupper), function(x){sum(!is.na(x))})
# N_liggetid <- reshape(tmp, direction = 'wide', timevar = 'Operasjonsgruppe', idvar = 'Sykehus')
#
#
# tmp <- aggregate(RegData$PostopLiggedogn, by=list(Sykehus=RegData$Sykehusnavn, Operasjonsgruppe=RegData$Operasjonsgrupper), sum, na.rm=T)
# Sum_Liggetid <- reshape(tmp, direction = 'wide', timevar = 'Operasjonsgruppe', idvar = 'Sykehus')
#################################################################################################
################### Fiks diagnosebeskrivelser ###################################################
tmp1 <- sort(table(RegData$Hoveddiagnose, useNA = 'ifany'), decreasing = T)
tmp2 <- sort(table(substr(RegData$Hoveddiagnose, 1, 4), useNA = 'ifany'), decreasing = T)
tmp3 <- sort(table(substr(RegData$Hoveddiagnose, 1, 5), useNA = 'ifany'), decreasing = T)
navn1 <- sort(names(tmp2))
navn2 <- sort(names(tmp3))
navn1 <- c(navn1, rep(NA, length(navn2)-length(navn1)))
navndiff <- data.frame(navn2=navn2, navn1=navn1)
#####################################################################################
############# Accordion-grad 6 UNN 2017 ############################################
ACC6 <- RegData$PasientID[which(RegData$AccordionGrad==6 & RegData$OperasjonsDato >= '2017-01-01' & RegData$AvdRESH == 601225)]
ACC6 <- RegData$PasientID[which(RegData$OppfAccordionGrad==6 & RegData$OperasjonsDato >= '2017-01-01' & RegData$AvdRESH == 601225)]
############### Operasjoner på samme dag #############################
Utvalg1data <- RegData[RegData$Tilgang == 1, ]
Utvalg1data <- Utvalg1data[order(Utvalg1data$HovedDato, decreasing = F), ] # Hvis pasient opptrer flere ganger, velg
Utvalg1data <- Utvalg1data[match(unique(Utvalg1data$PasientID), Utvalg1data$PasientID), ] # første operasjon i utvalget
Utvalg2data <- RegData[RegData$Tilgang %in% 2:3, ]
Utvalg1data$Utvalg <- 1
Utvalg2data$Utvalg <- 2
Utvalg2data <- Utvalg2data[order(Utvalg2data$HovedDato, decreasing = F), ] # Hvis pasient opptrer flere ganger, velg
Utvalg2data <- Utvalg2data[match(unique(Utvalg2data$PasientID), Utvalg2data$PasientID), ]
utdata <- list(Utvalg1 = Utvalg1data, Utvalg2 = Utvalg2data, utvalgTxt1 = 'text1', utvalgTxt2 = 'text2')
Samlet <- bind_rows(Utvalg1data, Utvalg2data)
aux <- Samlet[Samlet$PasientID %in% as.numeric(names(sort(table(Samlet$PasientID), decreasing = T)[sort(table(Samlet$PasientID), decreasing = T) > 1])), ]
aux <- aux[order(aux$PasientID), ]
tmp <-aux[,c("PasientID", "HovedDato")] %>% group_by(PasientID) %>% summarise(samme_dato = HovedDato[1]==HovedDato[2])
flere_sammedato <- aux[aux$PasientID %in% tmp$PasientID[tmp$samme_dato],
c("PasientID", "ForlopsID", "HovedDato", "AnestesiStartKl", "Hovedoperasjon", "Tilgang", "Hoveddiagnose", "ReLapNarkose",
"OppfReLapNarkose", "OppfViktigsteFunn")]
flere_sammedato_v2 <- RegData %>% group_by(PasientID, HovedDato) %>% summarise(Op_pr_dag = n())
flere_sammedato_v2 <- flere_sammedato_v2[flere_sammedato_v2$Op_pr_dag > 1, ]
flere_sammedato_v3 <- merge(flere_sammedato_v2, RegData, by = c('PasientID', 'HovedDato'), all.x = T)
# flere_sammedato_v3 <- flere_sammedato_v3[order(flere_sammedato_v3$)]
# pasienter <- flere_sammedato_v3[match(unique(flere_sammedato_v3$PasientID), flere_sammedato_v3$PasientID), ]
pasienter <- flere_sammedato_v3[, c("PasientID", "ForlopsID", "OpDato", "Sykehusnavn")]
write.csv2(pasienter, 'I:/norgast/potensielle_dobbeltreg_norgast.csv', row.names = F)
R Package Documentation
Browse R Packages
We want your feedback!
Note that we can't provide technical support on individual packages. You should contact the package authors for that.
Embedding an R snippet on your website
Add the following code to your website.
For more information on customizing the embed code, read Embedding Snippets.