Nothing
### R code from vignette source 'PTM_MarkerFinder.Rnw'
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### code chunk number 1: PTM_MarkerFinder.Rnw:66-67
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options(prompt = "R> ", continue = "+ ", width = 70, useFancyQuotes = FALSE)
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### code chunk number 2: PTM_MarkerFinder.Rnw:77-80
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library(protViz)
data(HexNAc)
str(HexNAc[[1]], nchar.max=30)
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### code chunk number 3: PTM_MarkerFinder.Rnw:101-103
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HexNAc_MarkerIons <- c(126.05495, 138.05495, 144.06552,
168.06552, 186.07608, 204.08665)
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### code chunk number 4: PTM_MarkerFinder.Rnw:109-121
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ptm.0 <- cbind(AA = "-",
mono = 0.0, avg = 0.0, desc = "unmodified", unimodAccID = NA)
ptm.1 <- cbind(AA='N',
mono = 317.122300, avg = NA, desc = "HexNAc",
unimodAccID=2)
ptm.2 <- cbind(AA='M',
mono = 147.035400, avg = NA, desc = "Oxidation",
unimodAccID=1)
m <- as.data.frame(rbind(ptm.0, ptm.1, ptm.2))
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### code chunk number 5: PTM_MarkerFinder.Rnw:127-133
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S <- PTM_MarkerFinder(data = HexNAc,
modification = m$mono,
modificationName = m$desc,
minMarkerIntensityRatio = 3,
itol_ppm = 20,
mZmarkerIons = HexNAc_MarkerIons)
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### code chunk number 6: xtable1
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library(xtable)
print(xtable(S, caption="Result", label="Table:xtable1"), include.rownames=FALSE, scalebox="0.5")
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### code chunk number 7: PTM_MarkerFinder.Rnw:145-146
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summary(S)
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### code chunk number 8: example1
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op <- par(mfrow = c(2, 2), mar=c(4, 4, 4, 1))
dump <- lapply(split(S, S$query),
function(x){
plot(x$mZ, x$markerIonIntensity,
type = 'h',
col = 'lightblue',
cex = 2,
ylab = 'intensity', xlab='m/z',
xlim = range(c(HexNAc_MarkerIons,
max(HexNAc_MarkerIons)
+ 0.1 * (max(HexNAc_MarkerIons) - min(HexNAc_MarkerIons)),
min(HexNAc_MarkerIons)
- 0.1 * (max(HexNAc_MarkerIons) - min(HexNAc_MarkerIons)))),
ylim = range(S$markerIonIntensity),
log = 'y',
main = paste("scan=", unique(x$scans),
"/query=", unique(x$query), sep=''));
text(x$mZ, x$markerIonIntensity,
round(x$mZ,2),col='red',cex=0.7)
}
)
par(op)
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### code chunk number 9: PTM_MarkerFinder.Rnw:198-204
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names(S)[4] <- "mII"
S.wide <- reshape(S[,c(1,7,3,4)],
direction = 'wide',
timevar = "markerIonMZ",
idvar = c('scans','query'))
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### code chunk number 10: xtable2
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library(xtable)
print(xtable(S.wide, caption="Result", label="Table:xtable2"), include.rownames=FALSE, scalebox=0.8)
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### code chunk number 11: PTM_MarkerFinder.Rnw:214-220
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write.table(S.wide,
file = file.path(tempdir(), "HexNAc_PTM_markerFinder.csv"),
sep = ',',
row.names = FALSE,
col.names = TRUE,
quote = FALSE)
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### code chunk number 12: example2
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# prepare the input
d <- list(); d[[1]] <- HexNAc[[3]]; d[[2]] <- HexNAc[[4]]; d[[3]] <- HexNAc[[5]]
S <- PTM_MarkerFinder(data = d, modification = m$mono,
modificationName = m$desc,
minMarkerIntensityRatio = 3,
itol_ppm = 20,
mZmarkerIons = HexNAc_MarkerIons)
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### code chunk number 13: PTM_MarkerFinder.Rnw:251-252 (eval = FALSE)
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## demo(PTM_MarkerFinder)
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### code chunk number 14: PTM_MarkerFinder.Rnw:258-259
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ADP_Ribose <- c(136.0618, 250.0935, 348.0704, 428.0367)
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### code chunk number 15: sessioninfo
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toLatex(sessionInfo())
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