#' Plot andeler/andeler i angitt format
#'
#' Denne funksjonen tar som input en dataramme med andeler over 3 år,
#' der radnavn angir grupperingsvariabel og kolonnenavn år. Funksjonen
#' returnerer et søyleplot hvor søylene representerer sist år, fyllt sirkel er året
#' før og åpen sirkel to år før
#'
#' @inheritParams FigAndeler
#' @param graaUt En vektor med navn på enheter som skal ha grå søyler
#' @return Et plot av andeler over tre år
#'
#' @export
#'
norgastIndikator_rapporteket <-
function(RegData, valgtVar, tittel='', width=800, height=700,
sideTxt='Boområde/opptaksområde', decreasing=F, terskel=10, minstekrav = NA,
maal = NA, skriftStr=1.3, pktStr=1.4, legPlass='top', minstekravTxt='Akseptabelt',
maalTxt='Mål', graaUt=NA, inkl_konf=F, datoFra='2014-01-01', datoTil='2050-12-31',
minald=0, maxald=130, erMann=99, outfile='', preprosess=F, malign=99, elektiv=99,
hastegrad=99, BMI='', tilgang='', minPRS=0, maxPRS=2.2, ASA='', whoEcog= '',
forbehandling='', dagtid =99, hentData=0, op_gruppe='', ncsp='', maalretn='hoy',
lavDG='', lavDGtekst='Dekningsgrad < 60 %', hastegrad_hybrid=99, icd_kode='',
robotassiastanse=99, kun_ferdigstilte=TRUE, prikktall=TRUE, pst_kolonne=FALSE,
ny_anastomose=99)
{
## Hvis spørring skjer fra R på server. ######################
if(hentData){
RegData <- NorgastHentRegData(datoFra = datoFra, datoTil = datoTil)
}
## Hvis RegData ikke har blitt preprosessert
if (preprosess){
RegData <- NorgastPreprosess(RegData=RegData)
}
RegData <- RegData[RegData$Aar > max(RegData$Aar)-3, ] # behold bare siste 3 år
## Gjør utvalg basert på brukervalg (LibUtvalg)
NorgastUtvalg <- NorgastUtvalg(RegData=RegData, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil, minald=minald,
maxald=maxald, erMann=erMann, elektiv=elektiv, hastegrad = hastegrad,
BMI=BMI, tilgang=tilgang, minPRS=minPRS, maxPRS=maxPRS, dagtid = dagtid,
ASA=ASA, whoEcog=whoEcog, forbehandling=forbehandling, malign=malign,
op_gruppe=op_gruppe, ncsp=ncsp, hastegrad_hybrid=hastegrad_hybrid,
robotassiastanse=robotassiastanse, kun_ferdigstilte=kun_ferdigstilte,
icd_kode=icd_kode, ny_anastomose=ny_anastomose)
RegData <- NorgastUtvalg$RegData
utvalgTxt <- NorgastUtvalg$utvalgTxt
NutvTxt <- length(utvalgTxt)
## Preparer variabler for fremstilling i figur
PlotParams <- NorgastPrepVar(RegData=RegData, valgtVar=valgtVar)
RegData <- PlotParams$RegData
if (tittel[1] == '') {
tittel <- paste0('Andel ', PlotParams$VarTxt)
}
if (inkl_konf) {tittel <- c(tittel, 'inkl. 95% konf. int.')}
PlotParams$RegData <- NA
tmp <- aggregate(RegData$Variabel, by=list(aar=RegData$Aar, sh=RegData$Sykehusnavn), sum)
AntTilfeller <- tidyr::spread(tmp, 'aar', 'x')
rownames(AntTilfeller) <- AntTilfeller$sh
AntTilfeller <- AntTilfeller[, -1]
AntTilfeller <- rbind(AntTilfeller, 'Norge'=colSums(AntTilfeller, na.rm = T))
AntTilfeller[,paste0(names(AntTilfeller)[1], '-', names(AntTilfeller)[dim(AntTilfeller)[2]])] <- rowSums(AntTilfeller, na.rm = T)
AntTilfeller <- AntTilfeller[, (dim(AntTilfeller)[2]-1):dim(AntTilfeller)[2]]
Utdata <- list(ant_tilfeller=AntTilfeller, N=NA)
tmp <- aggregate(RegData$Variabel, by=list(aar=RegData$Aar, sh=RegData$Sykehusnavn), length)
N <- tidyr::spread(tmp, 'aar', 'x')
rownames(N) <- N$sh
N <- N[, -1]
N[is.na(N)] <- 0
N <- rbind(N, 'Norge'=colSums(N, na.rm = T))
N[,paste0(names(N)[1], '-', names(N)[dim(N)[2]])] <- rowSums(N, na.rm = T)
N <- N[, (dim(N)[2]-1):dim(N)[2]]
Utdata$N <- N
andeler <- AntTilfeller/N * 100
if (!decreasing) {
andeler[N < terskel] <- -1
} else {
andeler[N < terskel] <- max(andeler[, dim(andeler)[2]])+1
}
andeler[rownames(andeler) %in% lavDG, ] <- NA
rekkefolge <- order(andeler[[dim(andeler)[2]]], decreasing = decreasing, na.last = F)
andeler <- andeler[rekkefolge, ]
N <- N[rekkefolge, ]
andeler[N < terskel] <- NA
andeler[N[, dim(andeler)[2]]<terskel, 1:2] <- NA
KI <- binomkonf(AntTilfeller[rekkefolge, dim(andeler)[2]], N[, dim(andeler)[2]])*100
KI[, is.na(andeler[, dim(andeler)[2]])] <- NA
pst_txt <- paste0(sprintf('%.0f', andeler[, dim(andeler)[2]]), ' %')
pst_txt[N[, dim(andeler)[2]]<terskel] <- paste0('N<', terskel)
pst_txt[rownames(andeler) %in% lavDG] <- lavDGtekst
pst_txt <- c(NA, pst_txt, NA, NA)
pst_txt_prikk <- paste0(sprintf('%.0f', andeler[, 1]), ' %')
pst_txt_prikk[N[, 1]<terskel] <- NA
pst_txt_prikk[rownames(andeler) %in% lavDG] <- NA
pst_txt_prikk <- c(NA, pst_txt_prikk, NA, NA)
FigTypUt <- rapFigurer::figtype(outfile=outfile, width=width, height=height,
pointsizePDF=11, fargepalett='BlaaOff')
farger <- FigTypUt$farger
soyleFarger <- rep(farger[3], length(andeler[,dim(andeler)[2]]))
soyleFarger[which(rownames(andeler)=='Norge')] <- farger[4]
if (!is.na(graaUt[1])) {soyleFarger[which(rownames(andeler) %in% graaUt)] <- 'gray88'}
soyleFarger <- c(NA, soyleFarger)
oldpar_mar <- par()$mar
oldpar_fig <- par()$fig
oldpar_oma <- par()$oma
cexgr <- skriftStr
if (inkl_konf) {
rownames(andeler) <- paste0(rownames(andeler), ' (', N[, dim(N)[2]], ')')
andeler <- rbind(andeler, c(NA,NA))
rownames(andeler)[dim(andeler)[1]] <- paste0('(N, ', names(andeler)[dim(andeler)[2]], ')')
KI <- cbind(c(NA, NA), KI, c(NA, NA))
} else {
andeler <- rbind(andeler, c(NA,NA))
rownames(andeler)[dim(andeler)[1]] <- ''
}
vmarg <- max(0, strwidth(rownames(andeler), units='figure', cex=cexgr)*0.75)
par('fig'=c(vmarg, 1, 0, 1))
# par('mar'=c(5.1, 4.1, 5.1, 9.1))
if (pst_kolonne) {par('mar'=c(5.1, 4.1, 5.1, 9.1)) }
par('oma'=c(0,1,NutvTxt,0))
if (inkl_konf) {
par('mar'=c(5.1, 4.1, 5.1, 2.1))
if (pst_kolonne) {par('mar'=c(5.1, 4.1, 5.1, 9.1)) }
xmax <- min(max(KI, max(andeler, na.rm = T), na.rm = T)*1.15,100)
} else {
xmax <- min(100, 1.15*max(andeler, na.rm = T))
}
# if (dim(andeler)[1] < 15) {
andeler <- rbind(c(NA,NA), andeler, c(NA,NA))
rownames(andeler)[dim(andeler)[1]] <- ' '
rownames(andeler)[1] <- ' '
# }
ypos <- barplot( t(andeler[,dim(andeler)[2]]), beside=T, las=1,
xlim=c(0,xmax),
names.arg=rep('',dim(andeler)[1]),
horiz=T, axes=F, space=c(0,0.3),
col=soyleFarger, border=NA, xlab = 'Andel (%)') # '#96BBE7'
fargerMaalNiva <- c('aquamarine3','#fbf850', 'red')
if (maal > minstekrav & !is.na(maal) & !is.na(minstekrav)) {
rect(xleft=minstekrav, ybottom=1, xright=maal, ytop=max(ypos)-1.6, col = fargerMaalNiva[2], border = NA)
rect(xleft=maal, ybottom=1, xright=min(xmax, 100), ytop=max(ypos)-1.6, col = fargerMaalNiva[1], border = NA)}
if (maal < minstekrav & !is.na(maal) & !is.na(minstekrav)) {
rect(xleft=maal, ybottom=1, xright=minstekrav, ytop=max(ypos)-1.6, col = fargerMaalNiva[2], border = NA)
rect(xleft=0, ybottom=1, xright=maal, ytop=max(ypos)-1.6, col = fargerMaalNiva[1], border = NA)}
if (!is.na(maal) & is.na(minstekrav) & maalretn=='lav') {
# rect(xleft=maal, ybottom=0, xright=minstekrav, ytop=max(ypos)+0.4, col = fargerMaalNiva[2], border = NA)
rect(xleft=0, ybottom=1, xright=maal, ytop=max(ypos)-1.6, col = fargerMaalNiva[1], border = NA)}
if (!is.na(maal) & is.na(minstekrav) & maalretn=='hoy') {
# rect(xleft=maal, ybottom=0, xright=minstekrav, ytop=max(ypos)+0.4, col = fargerMaalNiva[2], border = NA)
rect(xleft=maal, ybottom=1, xright=min(xmax, 100), ytop=max(ypos)-1.6, col = fargerMaalNiva[1], border = NA)}
barplot( t(andeler[,dim(andeler)[2]]), beside=T, las=1,
names.arg=rep('',dim(andeler)[1]),
horiz=T, axes=F, space=c(0,0.3),
col=soyleFarger, border=NA, xlab = 'Andel (%)', add=TRUE)
# title(main = tittel, outer=T)
title(main = tittel, xpd = TRUE)
ypos <- as.numeric(ypos) #as.vector(ypos)
yposOver <- max(ypos)-2 + 0.5*diff(ypos)[1]
if (!is.na(minstekrav)) {
lines(x=rep(minstekrav, 2), y=c(-1, yposOver), col=fargerMaalNiva[2], lwd=2)
par(xpd=TRUE)
text(x=minstekrav, y=yposOver, labels = minstekravTxt,
pos = 4, cex=cexgr*0.65, srt = 90)
par(xpd=FALSE)
}
if (!is.na(maal)) {
lines(x=rep(maal, 2), y=c(-1, yposOver), col=fargerMaalNiva[1], lwd=2)
barplot( t(andeler[, dim(andeler)[2]]), beside=T, las=1,
names.arg=rep('',dim(andeler)[1]),
horiz=T, axes=F, space=c(0,0.3),
col=soyleFarger, border=NA, xlab = 'Andel (%)', add=TRUE)
par(xpd=TRUE)
text(x=maal, y=yposOver, labels = maalTxt, pos = 4, cex=cexgr*0.65, srt = 90) #paste0(maalTxt,maal,'%')
par(xpd=FALSE)
}
if (inkl_konf){
arrows(x0 = KI[1,], y0 = ypos, x1 = KI[2,], y1 = ypos,
length=0.5/max(ypos), code=3, angle=90, lwd=1.8, col='gray') #, col=farger[1])
legend('bottom', cex=0.9*cexgr, bty='n',
lwd=1.8, lty = 1, pt.cex=1.8, col='gray',
legend=paste0('Konfidensintervall ', names(N)[dim(N)[2]]))
}
axis(1,cex.axis=0.9)
grtxt_bold <- rownames(andeler)
grtxt_bold[which(substr(grtxt_bold, 1, 5) =='Norge')] <-
paste0("$\\textbf{", grtxt_bold[which(substr(grtxt_bold, 1, 5) =='Norge')], "}")
mtext(latex2exp::TeX(grtxt_bold), side=2, line=0.2, las=1, at=ypos, col=1, cex=cexgr)
antAar <- dim(andeler)[2]
if (dim(andeler)[2]==2) {
if (!inkl_konf){
mtext( c(N[,1], names(N)[1]), side=4, line=2.5, las=1, at=ypos, col=1, cex=cexgr, adj = 1)
mtext( c(N[,2], names(N)[2]), side=4, line=5.5, las=1, at=ypos, col=1, cex=cexgr, adj = 1)
mtext( 'N', side=4, line=4.0, las=1, at=max(ypos)+diff(ypos)[1], col=1, cex=cexgr, adj = 1)
}
# else {
# mtext( '(N)', side=2, line=0.3, las=1, at=max(ypos)+diff(ypos)[1], col=1, cex=cexgr, adj = 1)
# }
par(xpd=TRUE)
points(y=ypos, x=andeler[,1],cex=pktStr, pch= 19)
par(xpd=FALSE)
# mtext( 'Boområde/opptaksområde', side=2, line=9.5, las=0, col=1, cex=cexgr)
if (legPlass=='nede'){
legend('bottomright', cex=0.9*cexgr, bty='n', #bg='white', box.col='white',
lwd=c(NA,NA), pch=c(19,15), pt.cex=c(1.2,1.8), col=c('black',farger[3]),
legend=names(N), ncol = 1)}
if (legPlass=='top'){
legend('top', cex=0.9*cexgr, bty='n', #bg='white', box.col='white',y=max(ypos),
lwd=c(NA,NA), pch=c(19,15), pt.cex=c(1.2,1.8), col=c('black',farger[3]),
legend=names(N), ncol = dim(andeler)[2])}
if (legPlass=='topleft'){
legend('topleft', cex=0.9*cexgr, bty='n', #bg='white', box.col='white',y=max(ypos),
lwd=c(NA,NA), pch=c(19,15), pt.cex=c(1.2,1.8), col=c('black',farger[3]),
legend=names(N), ncol = dim(andeler)[2])}
if (legPlass=='topright'){
legend('topright', cex=0.9*cexgr, bty='n', #bg='white', box.col='white',y=max(ypos),
lwd=c(NA,NA), pch=c(19,15), pt.cex=c(1.2,1.8), col=c('black',farger[3]),
legend=names(N), ncol = dim(andeler)[2])}
# legend(0, yposOver+ diff(ypos)[1], yjust=0, xpd=TRUE, cex=0.9, bty='n', #bg='white', box.col='white',y=max(ypos),
# lwd=c(NA,NA), pch=c(19,15), pt.cex=c(1.2,1.8), col=c('black',farger[3]),
# legend=names(N), ncol = dim(andeler)[2])
} else {
if (!inkl_konf) {
mtext( c(N[,1], names(N)[1]), side=4, line=2.5, las=1, at=ypos, col=1, cex=cexgr, adj = 1)
mtext( c(N[,2], names(N)[2]), side=4, line=5, las=1, at=ypos, col=1, cex=cexgr, adj = 1)
mtext( c(N[,3], names(N)[3]), side=4, line=7.5, las=1, at=ypos, col=1, cex=cexgr, adj = 1)
mtext( 'N', side=4, line=5.0, las=1, at=max(ypos)+diff(ypos)[1], col=1, cex=cexgr, adj = 1)
}
# else {
# mtext( '(N)', side=2, line=0.3, las=1, at=max(ypos)+diff(ypos)[1], col=1, cex=cexgr, adj = 1)
# }
par(xpd=TRUE)
points(y=ypos, x=andeler[,1],cex=pktStr) #'#4D4D4D'
points(y=ypos, x=andeler[,2],cex=pktStr,pch= 19)
par(xpd=FALSE)
if (legPlass=='nede'){
legend(x=82, y=ypos[2]+1 ,xjust=0, cex=cexgr, bty='n', #bg='white', box.col='white',
lwd=c(NA,NA,NA), pch=c(1,19,15), pt.cex=c(1.2,1.2,1.8), col=c('black','black',farger[3]),
legend=names(N) )}
if (legPlass=='top'){
legend('top', cex=0.9*cexgr, bty='n', #bg='white', box.col='white',y=max(ypos),
lwd=c(NA,NA,NA), pch=c(1,19,15), pt.cex=c(1.2,1.2,1.8), col=c('black','black',farger[3]),
legend=names(N), ncol = dim(andeler)[2])
# legend(0, yposOver+ diff(ypos)[1], yjust=0, xpd=TRUE, cex=0.9, bty='n', #bg='white', box.col='white',y=max(ypos),
# lwd=c(NA,NA,NA), pch=c(1,19,15), pt.cex=c(1.2,1.2,1.8), col=c('black','black',farger[3]),
# legend=names(N), ncol = dim(andeler)[2]) #
}
}
if (prikktall) {
text(x=0, y=ypos, labels = pst_txt, cex=0.75, pos=4)#
text(x=andeler[,1], y=ypos, labels = pst_txt_prikk, cex=0.75, pos=4, xpd = T)}
if (pst_kolonne) {
mtext( pst_txt_prikk, side=4, line=3.5, las=1, at=ypos, col=1, cex=cexgr*0.75, adj = 1)
mtext( pst_txt, side=4, line=7.5, las=1, at=ypos, col=1, cex=cexgr*0.75, adj = 1)
mtext( names(N)[1], side=4, line=3.5, las=1, at=max(ypos), col=1, cex=cexgr*0.75, adj = 1, font = 2)
mtext( names(N)[2], side=4, line=7.5, las=1, at=max(ypos), col=1, cex=cexgr*0.75, adj = 1, font = 2)
}
#Tekst som angir hvilket utvalg som er gjort
# mtext(utvalgTxt, side=3, las=1, cex=0.9, adj=0, col=farger[1], line=c(5+0.8*((length(utvalgTxt)-1):0)))
mtext(utvalgTxt, side=3, las=1, cex=0.9, adj=0, col=farger[1], line=(NutvTxt-1):0, outer=TRUE)
par('mar'= oldpar_mar)
par('fig'= oldpar_fig)
par('oma'= oldpar_oma)
# if (outfile != '') {dev.off()}
# if (outfile != '') {savePlot(outfile, type=substr(outfile, nchar(outfile)-2, nchar(outfile)))}
if ( outfile != '') {dev.off()}
Utdata$utvalgTxt <- utvalgTxt
Utdata$tittel <- tittel
return(invisible(Utdata))
}
#' Plot andeler av valgt variabel per sykehus og per gruppe
#'
#' Plotter andeler av valgt variabel per sykehus og per gruppe
#'
#' @inheritParams FigAndeler
#' @param graaUt En vektor med navn på enheter som skal ha grå søyler
#' @return Et plot av andeler over tre år
#'
#' @export
#'
norgastIndikator_gruppert <-
function(RegData, valgtVar, tittel='', width=800, height=700,
decreasing=F, terskel=10, minstekrav = NA, ny_stomi = 99,
maal = NA, skriftStr=1.3, pktStr=1.4, legPlass='top', minstekravTxt='Akseptabelt',
maalTxt='Mål', graaUt=NA, inkl_konf=F, datoFra='2014-01-01', datoTil='2050-12-31',
minald=0, maxald=130, erMann=99, outfile='', preprosess=F, malign=99, elektiv=99,
hastegrad=99, BMI='', tilgang='', minPRS=0, maxPRS=2.2, ASA='', whoEcog= '',
forbehandling='', dagtid =99, hentData=0, op_gruppe='', ncsp='', maalretn='hoy',
lavDG='', lavDGtekst='Dekningsgrad < 60 %', hastegrad_hybrid=99, inset = 0,
robotassiastanse=99, kun_ferdigstilte=TRUE, prikktall=TRUE, inkl_N = FALSE,
Grvar1 = "Sykehusnavn", Grvar2 = "Malign", ltop=2, lbunn=1,rotermaaltxt=45,
ny_anastomose=99, pst_kolonne=TRUE)
{
# RegData<-aux %>% filter(Op_gr==2); valgtVar<-"Anastomoselekkasje"; tittel=''; width=800; height=700;
# decreasing=F; terskel=5; minstekrav = NA;
# maal = NA; skriftStr=1.3; pktStr=1.4; legPlass='topleft'; minstekravTxt='Moderat \nmåloppnåelse';
# maalTxt='Høy \nmåloppnåelse'; graaUt=NA; inkl_konf=T; datoFra='2014-01-01'; datoTil='2050-12-31';
# minald=0; maxald=130; erMann=99; outfile=''; preprosess=F; malign=99; elektiv=99;
# hastegrad=99; BMI=''; tilgang=''; minPRS=0; maxPRS=2.2; ASA=''; whoEcog= '';
# forbehandling=''; dagtid =99; hentData=0; op_gruppe=''; ncsp=''; maalretn='hoy';
# lavDG=''; lavDGtekst='Dekningsgrad < 60 %'; hastegrad_hybrid=99;
# robotassiastanse=99; kun_ferdigstilte=TRUE; prikktall=TRUE;
# Grvar1 = "Sykehusnavn"; Grvar2 = "Tilgang_utvidet"; ltop=2; lbunn=1; inset=0; #Grvar2 = "maligndiag";
# prikktall = FALSE; inkl_N = FALSE; valgtVar = "mortalitet90"; ny_anastomose=99;
# minstekrav = 8; maal = 5; rotermaaltxt=45; lavDG=graaUt_rektum;pst_kolonne=T
# RegData$Malign<-factor(RegData$Malign, levels = 0:1, labels = c("Benign", "Malign"))
# RegData[,Grvar2] <- as.factor(RegData[,Grvar2])
RegData <- RegData[RegData$Aar > max(RegData$Aar)-3, ] # behold bare siste 3 år
RegData <- RegData %>% dplyr::filter(!is.na( !! sym(Grvar1 )),
!is.na( !! sym(Grvar2 )))
RegData[, Grvar2] <- as.factor(RegData[, Grvar2])
## Gjør utvalg basert på brukervalg (LibUtvalg)
NorgastUtvalg <- NorgastUtvalg(
RegData=RegData, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil, minald=minald,
maxald=maxald, erMann=erMann, elektiv=elektiv, hastegrad = hastegrad,
BMI=BMI, tilgang=tilgang, minPRS=minPRS, maxPRS=maxPRS, dagtid = dagtid,
ASA=ASA, whoEcog=whoEcog, forbehandling=forbehandling, malign=malign,
op_gruppe=op_gruppe, ncsp=ncsp, hastegrad_hybrid=hastegrad_hybrid,
robotassiastanse=robotassiastanse, kun_ferdigstilte=kun_ferdigstilte,
ny_anastomose=ny_anastomose, ny_stomi = ny_stomi)
RegData <- NorgastUtvalg$RegData
utvalgTxt <- NorgastUtvalg$utvalgTxt
NutvTxt <- length(utvalgTxt)
## Preparer variabler for fremstilling i figur
PlotParams <- NorgastPrepVar(RegData=RegData, valgtVar=valgtVar)
RegData <- PlotParams$RegData
if (tittel[1] == '') {
tittel <- paste0('Andel ', PlotParams$VarTxt)
}
if (inkl_konf) {tittel <- c(tittel, 'inkl. 95% konf. int.')}
PlotParams$RegData <- NA
if ("Variabel" %in% names(RegData)) {
Samlet <- RegData %>%
dplyr::summarise(antall = sum(Variabel, na.rm = T),
N = sum(!is.na(Variabel)),
andel = antall/N*100,
.by = c(!! sym(Grvar1 ), !! sym(Grvar2 ), Aar))
} else {
Samlet <- RegData %>%
dplyr::summarise(antall = sum(!! sym(valgtVar ), na.rm = T),
N = sum(!is.na(!! sym(valgtVar ))),
andel = antall/N*100,
.by = c(!! sym(Grvar1 ), !! sym(Grvar2 ), Aar))}
aux <- Samlet %>% dplyr::select(-c(N, andel)) %>%
tidyr::pivot_wider(id_expand = TRUE, names_from = Aar, values_from = antall,
values_fill = 0, names_sort = TRUE) %>%
dplyr::mutate(tot = rowSums(across(-c(1,2))) )
names(aux)[dim(aux)[2]] <- paste0(names(aux)[3], '-', names(aux)[dim(aux)[2]-1])
aux <- aux[, c(1,2,dim(aux)[2]-1, dim(aux)[2])]
AntTilfeller <- dplyr::bind_rows(
aux,
aux %>% select(-Sykehusnavn) %>%
summarise(across(everything(), ~sum(.)), .by = !! sym(Grvar2 )) %>%
mutate(Sykehusnavn = "Norge"))
aux <- Samlet %>% dplyr::select(-c(antall, andel)) %>%
tidyr::pivot_wider(id_expand = TRUE, names_from = Aar, values_from = N,
values_fill = 0, names_sort = TRUE) %>%
dplyr::mutate(tot = rowSums(across(-c(1,2))) )
names(aux)[dim(aux)[2]] <- paste0(names(aux)[3], '-', names(aux)[dim(aux)[2]-1])
aux <- aux[, c(1,2,dim(aux)[2]-1, dim(aux)[2])]
N <- dplyr::bind_rows(
aux,
aux %>% select(-Sykehusnavn) %>%
summarise(across(everything(), ~sum(.)), .by = !! sym(Grvar2 )) %>%
mutate(Sykehusnavn = "Norge"))
andeler <- N
andeler[,3:4] <- AntTilfeller[, 3:4]/N[,3:4]*100
total <- Samlet %>% summarise(antall = sum(antall, na.rm = T),
N=sum(N, na.rm = T), .by = !! sym(Grvar1 )) %>%
janitor::adorn_totals(name="Norge") %>% mutate(andel_tot=antall/N*100) %>%
select(!! sym(Grvar1 ), andel_tot)
andeler <- left_join(andeler, total, Grvar1) %>%
left_join(N[, c(1,2,4)], by = c(Grvar1, Grvar2), suffix = c("", "_N"))
andeler <- andeler %>%
rename(N=6) %>%
mutate(Nmax = max(N), .by = !! sym(Grvar1 ))
andeler[andeler[[Grvar1]] %in% lavDG, 3:5] <- NA
andeler[N[[4]]<terskel, 3:4] <- NA
andeler <- andeler %>% mutate(andel_tot = ifelse(Nmax<terskel, NA, andel_tot))
rekkefolge <- order(andeler$andel_tot, decreasing = decreasing, na.last = F)
andeler <- andeler[rekkefolge, 1:4]
N <- N[rekkefolge, ]
AntTilfeller <- AntTilfeller[rekkefolge, ]
andeler[, 3:4][N[, 3:4] < terskel] <- NA
# andeler[N[[4]]<terskel, 3:4] <- NA
KI <- binomkonf(AntTilfeller[[4]], N[[4]])*100
andeler$KI_low <- KI[1,]
andeler$KI_high <- KI[2,]
andeler[is.na(andeler[[4]]), c("KI_low", "KI_high")] <- NA
andeler$Sykehusnavn <- factor(andeler$Sykehusnavn, levels = unique(andeler$Sykehusnavn))
KInew <- andeler %>% select(KI_low, KI_high) %>% as.matrix()
ngrvar2level <- nlevels(andeler[[Grvar2]])
plotdata <- andeler %>% select(1, 2, 4) %>%
pivot_wider(id_expand = TRUE, names_from = !! sym(Grvar2 ), values_from = 3,
values_fill = 0, names_sort = TRUE) #%>% dplyr::arrange(across(ncol(.)))
tmp <- plotdata[,2:dim(plotdata)[2]] %>% as.matrix() %>% t()
colnames(tmp) <- plotdata$Sykehusnavn
plotdata <- tmp
# plotdata <- bind_rows(tmp2, tmp)
# pos <- barplot(tmp, beside = TRUE, horiz = TRUE, las=1)
if (inkl_N) {
pst_txt <- paste0(sprintf('%.0f', andeler[[4]]), ' %', ', N = ', N[[4]])
} else {pst_txt <- paste0(sprintf('%.0f', andeler[[4]]), ' %')}
# pst_txt <- paste0(sprintf('%.0f', andeler[[4]]), ' %', ', N = ', N[[4]])
pst_txt[N[, 4]<terskel] <- paste0('N<', terskel)
pst_txt[andeler[[Grvar1]] %in% lavDG] <- lavDGtekst
# pst_txt <- c(NA, pst_txt, NA, NA)
pst_txt_prikk <- paste0(sprintf('%.0f', andeler[[3]]), ' %')
pst_txt_prikk[N[[3]]<terskel] <- NA
pst_txt_prikk[andeler[[Grvar1]] %in% lavDG] <- NA
# pst_txt_prikk <- c(NA, pst_txt_prikk, NA, NA)
FigTypUt <- rapFigurer::figtype(outfile=outfile, width=width, height=height,
pointsizePDF=11, fargepalett='BlaaOff')
farger <- FigTypUt$farger %>% rev()
soyleFarger <- rep(farger[c(3,4)], dim(andeler)[1]/2)
soyleFarger <- farger[1:nlevels(andeler[[2]])]
# soyleFarger[which(rownames(andeler)=='Norge')] <- farger[4]
# if (!is.na(graaUt[1])) {soyleFarger[which(rownames(andeler) %in% graaUt)] <- 'gray88'}
oldpar_mar <- par()$mar
oldpar_fig <- par()$fig
oldpar_oma <- par()$oma
cexgr <- skriftStr
grtxt <- colnames(plotdata)
vmarg <- max(0, strwidth(grtxt, units='figure', cex=cexgr)*0.75)
par('fig'=c(vmarg, 1, 0, 1))
par('mar'=c(5.1, 4.1, 5.1, 9.1))
par('oma'=c(0,1,NutvTxt,0))
if (inkl_konf) {
# par('mar'=c(5.1, 4.1, 5.1, 2.1))
if (!pst_kolonne) {par('mar'=c(5.1, 4.1, 5.1, 2.1)) }
xmax <- min(max(KInew, max(andeler[, 3:4], na.rm = T), na.rm = T)*1.15,100)
} else {
xmax <- min(100, 1.15*max(andeler[, 3:4], na.rm = T))
}
plotdata<- cbind(matrix(rep(NA, nlevels(andeler[[2]])),
nrow = nlevels(andeler[[2]]), ncol = lbunn),
plotdata, matrix(rep(NA, nlevels(andeler[[2]])), nrow = nlevels(andeler[[2]]), ncol = ltop))
grtxt <- colnames(plotdata)
# KInew <- rbind(rep(NA, nlevels(andeler[[2]])), rep(NA, nlevels(andeler[[2]])), KInew,
# rep(NA, nlevels(andeler[[2]])))
KInew <- rbind(matrix(c(NA,NA), nrow=nlevels(andeler[[2]])*lbunn, ncol = 2), KInew,
matrix(c(NA,NA), nrow=nlevels(andeler[[2]])*ltop, ncol = 2))
ypos <- barplot( plotdata, beside=T, las=1,
xlim=c(0,xmax),
names.arg=rep('',dim(plotdata)[2]),
horiz=T, axes=F, space=c(0,0.3),
col=soyleFarger, border=NA, xlab = 'Andel (%)') # '#96BBE7'
fargerMaalNiva <- c('aquamarine3','#fbf850', 'red')
ymax <- max(ypos[, lbunn+dim(andeler)[1]/ngrvar2level])+1
if (maal > minstekrav & !is.na(maal) & !is.na(minstekrav)) {
rect(xleft=minstekrav, ybottom=1, xright=maal, ytop=ymax, col = fargerMaalNiva[2], border = NA)
rect(xleft=maal, ybottom=1, xright=min(xmax, 100), ytop=ymax, col = fargerMaalNiva[1], border = NA)}
if (maal < minstekrav & !is.na(maal) & !is.na(minstekrav)) {
rect(xleft=maal, ybottom=1, xright=minstekrav, ytop=ymax, col = fargerMaalNiva[2], border = NA)
rect(xleft=0, ybottom=1, xright=maal, ytop=ymax, col = fargerMaalNiva[1], border = NA)}
if (!is.na(maal) & is.na(minstekrav) & maalretn=='lav') {
# rect(xleft=maal, ybottom=0, xright=minstekrav, ytop=max(ypos)+0.4, col = fargerMaalNiva[2], border = NA)
rect(xleft=0, ybottom=1, xright=maal, ytop=ymax, col = fargerMaalNiva[1], border = NA)}
if (!is.na(maal) & is.na(minstekrav) & maalretn=='hoy') {
# rect(xleft=maal, ybottom=0, xright=minstekrav, ytop=max(ypos)+0.4, col = fargerMaalNiva[2], border = NA)
rect(xleft=maal, ybottom=1, xright=min(xmax, 100), ytop=ymax, col = fargerMaalNiva[1], border = NA)}
title(main = tittel)
ypos <- as.numeric(ypos) #as.vector(ypos)
yposOver <- ymax + 0.25*diff(ypos)[1]
if (!is.na(minstekrav)) {
lines(x=rep(minstekrav, 2), y=c(1, yposOver), col=fargerMaalNiva[2], lwd=2)
par(xpd=TRUE)
text(x=minstekrav, y=yposOver, labels = minstekravTxt,
pos = 4, cex=cexgr*0.6, srt = rotermaaltxt)
par(xpd=FALSE)
}
if (!is.na(maal)) {
lines(x=rep(maal, 2), y=c(1, yposOver), col=fargerMaalNiva[1], lwd=2)
barplot( plotdata, beside=T, las=1,
xlim=c(0,xmax),
names.arg=rep('',dim(plotdata)[2]),
horiz=T, axes=F, space=c(0,0.3),
col=soyleFarger, border=NA, xlab = 'Andel (%)', add=TRUE)
par(xpd=TRUE)
text(x=maal, y=yposOver, labels = maalTxt, pos = 4, cex=cexgr*0.6, srt = rotermaaltxt) #paste0(maalTxt,maal,'%')
par(xpd=FALSE)
}
if (inkl_konf){
arrows(x0 = KInew[,1], y0 = ypos, x1 = KInew[,2], y1 = ypos,
length=0.5/max(ypos), code=3, angle=90, lwd=1.8, col='gray')
legend('bottom', cex=0.9*cexgr, bty='n',
lwd=1.8, lty = 1, pt.cex=1.8, col='gray',
legend=paste0('Konfidensintervall ', names(N)[dim(N)[2]]))
}
axis(1,cex.axis=0.9)
grtxt_bold <- grtxt
grtxt_bold[which(substr(grtxt_bold, 1, 5) =='Norge')] <-
paste0("$\\textbf{", grtxt_bold[which(substr(grtxt_bold, 1, 5) =='Norge')], "}")
ypos_middel <-
matrix(ypos,
ncol = dim(plotdata)[2], nrow = ngrvar2level) %>%
colMeans()
mtext(latex2exp::TeX(grtxt_bold), side=2, line=1.7, las=1, at=ypos_middel, col=1, cex=cexgr)
tmpN <- data.frame(ypos = ypos,
tekst = c(rep(NA,lbunn*ngrvar2level),
pst_txt, rep(NA,ltop*ngrvar2level))) %>%
filter(!is.na(tekst)) %>%
bind_cols(N[,4])
mtext(tmpN[[3]], side=2, line=0.4, las=1, at=tmpN[[1]], col=1, cex=cexgr*0.7)
mtext(paste0("N, ", names(N)[4]), side=2, line=0.4, las=1,
at=tail(tmpN[[1]], 1)+1, col=1, cex=cexgr*0.7)
prikker <- c(1, 19, 2,3,4)
par(xpd=TRUE)
points(y=ypos, x=c(rep(NA,lbunn*ngrvar2level), andeler[[3]],
rep(NA,ltop*ngrvar2level)),
cex=pktStr, pch= prikker[1:ngrvar2level])
par(xpd=FALSE)
legend(legPlass, inset = c(inset, 0), cex=0.7*cexgr, bty='n',
lwd=rep(NA, 2*ngrvar2level),
pch=c(rev(prikker[1:ngrvar2level]),rep(15, ngrvar2level)),
pt.cex=c(rep(1.2, ngrvar2level), rep(1.8, ngrvar2level)),
col=c(rep('black', ngrvar2level),rev(soyleFarger)),
legend=paste(rep(names(andeler)[3:4], each=ngrvar2level),
rev(levels(andeler[[Grvar2]])), sep=', '), ncol = 2, xpd=TRUE)
aux <- data.frame(ypos = ypos,
tekst = c(rep(NA,lbunn*ngrvar2level),
pst_txt, rep(NA,ltop*ngrvar2level))) %>%
filter(!is.na(tekst),
tekst != dg_tekst)
aux2 <- data.frame(ypos = (ypos + c(tail(ypos,-1), head(ypos, 1)))/2,
tekst = c(rep(NA,lbunn*ngrvar2level),
pst_txt, rep(NA,ltop*ngrvar2level))) %>%
filter(!is.na(tekst)) %>%
bind_cols(andeler[,"Sykehusnavn"]) %>%
filter(ypos == min(ypos), .by = c(tekst, Sykehusnavn)) %>%
filter(tekst == dg_tekst) %>% select(ypos, tekst) %>%
bind_rows(aux)
if (pst_kolonne) {
mtext( aux2$tekst, side=4, line=7.5, las=1, at=aux2$ypos, col=1, cex=cexgr*0.75, adj = 1)
mtext( c(rep(NA,lbunn*ngrvar2level),
pst_txt_prikk, rep(NA,ltop*ngrvar2level)), side=4, line=3.5, las=1,
at=ypos, col=1, cex=cexgr*0.75, adj = 1)
mtext( names(andeler)[3], side=4, line=3.5, las=1, at=max(ypos), col=1, cex=cexgr*0.75, adj = 1, font = 2)
mtext( names(andeler)[4], side=4, line=7.5, las=1, at=max(ypos), col=1, cex=cexgr*0.75, adj = 1, font = 2)
} else {
text(x=0, y=aux2$ypos, labels = aux2$tekst, cex=0.75, pos=4)
if (prikktall) {text(x=c(rep(NA,lbunn*ngrvar2level), andeler[[3]],
rep(NA,ltop*ngrvar2level)), y=ypos,
labels = c(rep(NA,lbunn*ngrvar2level),
pst_txt_prikk, rep(NA,ltop*ngrvar2level)),
cex=0.75, pos=4, xpd = T)}
}
#Tekst som angir hvilket utvalg som er gjort
mtext(utvalgTxt, side=3, las=1, cex=0.9, adj=0, col=farger[4], line=(NutvTxt-1):0, outer=TRUE)
par('mar'= oldpar_mar)
par('fig'= oldpar_fig)
par('oma'= oldpar_oma)
# if (outfile != '') {dev.off()}
# if (outfile != '') {savePlot(outfile, type=substr(outfile, nchar(outfile)-2, nchar(outfile)))}
if ( outfile != '') {dev.off()}
# Utdata$utvalgTxt <- utvalgTxt
# Utdata$tittel <- tittel
# return(invisible(Utdata))
}
#' Plot andeler i angitt format
#'
#' Denne funksjonen beregner og plotter andeler av gitt variabel over
#' valgt grupperingsvariabel
#'
#' @inheritParams FigAndeler
#' @return Et plot av andeler over tre år
#'
#' @export
#'
norgastIndikator_nasjonal <-
function(RegData, valgtVar, tittel='', width=800, height=700,
decreasing=F, terskel=10, minstekrav = NA,
maal = NA, skriftStr=1.3, pktStr=1.4, legPlass='top', minstekravTxt='Akseptabelt',
maalTxt='Mål', graaUt=NA, inkl_konf=F, datoFra='2014-01-01', datoTil='2050-12-31',
minald=0, maxald=130, erMann=99, outfile='', preprosess=F, malign=99, elektiv=99,
hastegrad=99, BMI='', tilgang='', minPRS=0, maxPRS=2.2, ASA='', whoEcog= '',
forbehandling='', dagtid =99, hentData=0, op_gruppe='', ncsp='', maalretn='hoy',
lavDG='', lavDGtekst='Dekningsgrad < 60 %', hastegrad_hybrid=99, icd_kode='',
robotassiastanse=99, kun_ferdigstilte=TRUE, prikktall=TRUE, pst_kolonne=FALSE,
ny_anastomose=99, Grvar = "Robotassistanse")
{
# RegData<-RegDataAll;
# valgtVar<-"Mort90"; tittel=''; width=800; height=700;
# decreasing=F; terskel=5; minstekrav = NA; icd_kode=''
# maal = NA; skriftStr=1.3; pktStr=1.4; legPlass='topleft'; minstekravTxt='Moderat \nmåloppnåelse';
# maalTxt='Høy \nmåloppnåelse'; graaUt=NA; inkl_konf=T; datoFra='2014-01-01'; datoTil='2050-12-31';
# minald=0; maxald=130; erMann=99; outfile=''; preprosess=F; malign=99; elektiv=99;
# hastegrad=99; BMI=''; tilgang=''; minPRS=0; maxPRS=2.2; ASA=''; whoEcog= '';
# forbehandling=''; dagtid =99; hentData=0; op_gruppe=''; ncsp=''; maalretn='hoy';
# lavDG=''; lavDGtekst='Dekningsgrad < 60 %'; hastegrad_hybrid=99;
# robotassiastanse=99; kun_ferdigstilte=TRUE; prikktall=TRUE;
# ltop=2; lbunn=1; inset=0;
# prikktall = FALSE; inkl_N = FALSE; ny_anastomose=99;
# minstekrav = 8; maal = 5; rotermaaltxt=45; lavDG=NA;pst_kolonne=T
# RegData$Malign<-factor(RegData$Malign, levels = 0:1, labels = c("Benign", "Malign"))
# Grvar = "maligndiag";
RegData <- RegData[RegData$Aar > max(RegData$Aar)-3, ] # behold bare siste 3 år
RegData$Grvar <- RegData[ , Grvar]
RegData <- RegData %>% dplyr::filter(!is.na( !! sym(Grvar )))
## Gjør utvalg basert på brukervalg (LibUtvalg)
NorgastUtvalg <- NorgastUtvalg(RegData=RegData, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil, minald=minald,
maxald=maxald, erMann=erMann, elektiv=elektiv, hastegrad = hastegrad,
BMI=BMI, tilgang=tilgang, minPRS=minPRS, maxPRS=maxPRS, dagtid = dagtid,
ASA=ASA, whoEcog=whoEcog, forbehandling=forbehandling, malign=malign,
op_gruppe=op_gruppe, ncsp=ncsp, hastegrad_hybrid=hastegrad_hybrid,
robotassiastanse=robotassiastanse, kun_ferdigstilte=kun_ferdigstilte,
icd_kode=icd_kode, ny_anastomose=ny_anastomose)
RegData <- NorgastUtvalg$RegData
utvalgTxt <- NorgastUtvalg$utvalgTxt
NutvTxt <- length(utvalgTxt)
## Preparer variabler for fremstilling i figur
PlotParams <- NorgastPrepVar(RegData=RegData, valgtVar=valgtVar)
RegData <- PlotParams$RegData
if (tittel[1] == '') {
tittel <- paste0('Andel ', PlotParams$VarTxt)
}
if (inkl_konf) {tittel <- c(tittel, 'inkl. 95% konf. int.')}
PlotParams$RegData <- NA
if ("Variabel" %in% names(RegData)){
Tabell <- RegData %>% dplyr::summarise(antall = sum(Variabel),
N = dplyr::n(),
.by = c(Grvar, Aar))
} else {
Tabell <- RegData %>% dplyr::summarise(antall = sum(!! sym(valgtVar )),
N = dplyr::n(),
.by = c(Grvar, Aar))
}
AntTilfeller <- Tabell[, -4] %>% pivot_wider(names_from = Aar,
values_from = antall,
id_expand = TRUE,
names_sort = TRUE,
values_fill = 0) %>%
as.data.frame()
rownames(AntTilfeller)<- AntTilfeller$Grvar
AntTilfeller <- AntTilfeller[, -1]
AntTilfeller[,paste0(names(AntTilfeller)[1], '-', names(AntTilfeller)[dim(AntTilfeller)[2]])] <-
rowSums(AntTilfeller, na.rm = T)
AntTilfeller <- AntTilfeller[, (dim(AntTilfeller)[2]-1):dim(AntTilfeller)[2]]
N <- Tabell[, -3] %>% pivot_wider(names_from = Aar,
values_from = N,
id_expand = TRUE,
names_sort = TRUE,
values_fill = 0) %>%
as.data.frame()
rownames(N)<- N$Grvar
N <- N[, -1]
N[,paste0(names(N)[1], '-', names(N)[dim(N)[2]])] <-
rowSums(N, na.rm = T)
N <- N[, (dim(N)[2]-1):dim(N)[2]]
andeler <- AntTilfeller/N * 100
if (!decreasing) {
andeler[N < terskel] <- -1
} else {
andeler[N < terskel] <- max(andeler[, dim(andeler)[2]])+1
}
andeler[rownames(andeler) %in% lavDG, ] <- NA
rekkefolge <- order(andeler[[dim(andeler)[2]]], decreasing = decreasing, na.last = F)
andeler <- andeler[rekkefolge, ]
N <- N[rekkefolge, ]
andeler[N < terskel] <- NA
andeler[N[, dim(andeler)[2]]<terskel, 1:2] <- NA
KI <- binomkonf(AntTilfeller[rekkefolge, dim(andeler)[2]], N[, dim(andeler)[2]])*100
KI[, is.na(andeler[, dim(andeler)[2]])] <- NA
pst_txt <- paste0(sprintf('%.0f', andeler[, dim(andeler)[2]]), ' %')
pst_txt[N[, dim(andeler)[2]]<terskel] <- paste0('N<', terskel)
pst_txt[rownames(andeler) %in% lavDG] <- lavDGtekst
pst_txt <- c(NA, pst_txt, NA, NA)
pst_txt_prikk <- paste0(sprintf('%.0f', andeler[, 1]), ' %')
pst_txt_prikk[N[, 1]<terskel] <- NA
pst_txt_prikk[rownames(andeler) %in% lavDG] <- NA
pst_txt_prikk <- c(NA, pst_txt_prikk, NA, NA)
FigTypUt <- rapFigurer::figtype(outfile=outfile, width=width, height=height,
pointsizePDF=11, fargepalett='BlaaOff')
farger <- FigTypUt$farger
soyleFarger <- rep(farger[3], length(andeler[,dim(andeler)[2]]))
soyleFarger[which(rownames(andeler)=='Norge')] <- farger[4]
if (!is.na(graaUt[1])) {soyleFarger[which(rownames(andeler) %in% graaUt)] <- 'gray88'}
soyleFarger <- c(NA, soyleFarger)
oldpar_mar <- par()$mar
oldpar_fig <- par()$fig
oldpar_oma <- par()$oma
cexgr <- skriftStr
if (inkl_konf) {
rownames(andeler) <- paste0(rownames(andeler), ' (', N[, dim(N)[2]], ')')
andeler <- rbind(andeler, c(NA,NA))
rownames(andeler)[dim(andeler)[1]] <- paste0('(N, ', names(andeler)[dim(andeler)[2]], ')')
# KI <- cbind(c(NA, NA), KI, c(NA, NA))
} else {
andeler <- rbind(andeler, c(NA,NA))
rownames(andeler)[dim(andeler)[1]] <- ''
}
vmarg <- max(0, strwidth(rownames(andeler), units='figure', cex=cexgr)*0.75)
par('fig'=c(vmarg, 1, 0, 1))
# par('mar'=c(5.1, 4.1, 5.1, 9.1))
if (pst_kolonne) {par('mar'=c(5.1, 4.1, 5.1, 9.1)) }
par('oma'=c(0,1,NutvTxt,0))
if (inkl_konf) {
par('mar'=c(5.1, 4.1, 5.1, 2.1))
if (pst_kolonne) {par('mar'=c(5.1, 4.1, 5.1, 9.1)) }
xmax <- min(max(KI, max(andeler, na.rm = T), na.rm = T)*1.15,100)
} else {
xmax <- min(100, 1.15*max(andeler, na.rm = T))
}
andeler <- rbind(c(NA,NA), andeler, c(NA,NA))
rownames(andeler)[dim(andeler)[1]] <- ' '
rownames(andeler)[1] <- ' '
KI <- cbind(c(NA, NA), KI, c(NA, NA))
ypos <- barplot( t(andeler[,dim(andeler)[2]]), beside=T, las=1,
xlim=c(0,xmax),
names.arg=rep('',dim(andeler)[1]),
horiz=T, axes=F,
col=soyleFarger, border=NA, xlab = 'Andel (%)') # '#96BBE7'
fargerMaalNiva <- c('aquamarine3','#fbf850', 'red')
if (maal > minstekrav & !is.na(maal) & !is.na(minstekrav)) {
rect(xleft=minstekrav, ybottom=1, xright=maal, ytop=max(ypos)-1.6, col = fargerMaalNiva[2], border = NA)
rect(xleft=maal, ybottom=1, xright=min(xmax, 100), ytop=max(ypos)-1.6, col = fargerMaalNiva[1], border = NA)}
if (maal < minstekrav & !is.na(maal) & !is.na(minstekrav)) {
rect(xleft=maal, ybottom=1, xright=minstekrav, ytop=max(ypos)-1.6, col = fargerMaalNiva[2], border = NA)
rect(xleft=0, ybottom=1, xright=maal, ytop=max(ypos)-1.6, col = fargerMaalNiva[1], border = NA)}
if (!is.na(maal) & is.na(minstekrav) & maalretn=='lav') {
# rect(xleft=maal, ybottom=0, xright=minstekrav, ytop=max(ypos)+0.4, col = fargerMaalNiva[2], border = NA)
rect(xleft=0, ybottom=1, xright=maal, ytop=max(ypos)-1.6, col = fargerMaalNiva[1], border = NA)}
if (!is.na(maal) & is.na(minstekrav) & maalretn=='hoy') {
# rect(xleft=maal, ybottom=0, xright=minstekrav, ytop=max(ypos)+0.4, col = fargerMaalNiva[2], border = NA)
rect(xleft=maal, ybottom=1, xright=min(xmax, 100), ytop=max(ypos)-1.6, col = fargerMaalNiva[1], border = NA)}
barplot( t(andeler[,dim(andeler)[2]]), beside=T, las=1,
names.arg=rep('',dim(andeler)[1]),
horiz=T, axes=F,
col=soyleFarger, border=NA, xlab = 'Andel (%)', add=TRUE)
# title(main = tittel, outer=T)
title(main = tittel, xpd = TRUE)
ypos <- as.numeric(ypos) #as.vector(ypos)
yposOver <- max(ypos)-2 + 0.5*diff(ypos)[1]
if (!is.na(minstekrav)) {
lines(x=rep(minstekrav, 2), y=c(-1, yposOver), col=fargerMaalNiva[2], lwd=2)
par(xpd=TRUE)
text(x=minstekrav, y=yposOver, labels = minstekravTxt,
pos = 4, cex=cexgr*0.65, srt = 90)
par(xpd=FALSE)
}
if (!is.na(maal)) {
lines(x=rep(maal, 2), y=c(-1, yposOver), col=fargerMaalNiva[1], lwd=2)
barplot( t(andeler[, dim(andeler)[2]]), beside=T, las=1,
names.arg=rep('',dim(andeler)[1]),
horiz=T, axes=F,
col=soyleFarger, border=NA, xlab = 'Andel (%)', add=TRUE)
par(xpd=TRUE)
text(x=maal, y=yposOver, labels = maalTxt, pos = 4, cex=cexgr*0.65, srt = 90) #paste0(maalTxt,maal,'%')
par(xpd=FALSE)
}
if (inkl_konf){
arrows(x0 = KI[1,], y0 = ypos, x1 = KI[2,], y1 = ypos,
length=0.5/max(ypos), code=3, angle=90, lwd=1.8, col='gray') #, col=farger[1])
legend('bottom', cex=0.9*cexgr, bty='n',
lwd=1.8, lty = 1, pt.cex=1.8, col='gray',
legend=paste0('Konfidensintervall ', names(N)[dim(N)[2]]))
}
axis(1,cex.axis=0.9)
grtxt_bold <- rownames(andeler)
grtxt_bold[which(substr(grtxt_bold, 1, 5) =='Norge')] <-
paste0("$\\textbf{", grtxt_bold[which(substr(grtxt_bold, 1, 5) =='Norge')], "}")
mtext(latex2exp::TeX(grtxt_bold), side=2, line=0.2, las=1, at=ypos, col=1, cex=cexgr)
antAar <- dim(andeler)[2]
if (dim(andeler)[2]==2) {
if (!inkl_konf){
mtext( c(N[,1], names(N)[1]), side=4, line=2.5, las=1, at=ypos, col=1, cex=cexgr, adj = 1)
mtext( c(N[,2], names(N)[2]), side=4, line=5.5, las=1, at=ypos, col=1, cex=cexgr, adj = 1)
mtext( 'N', side=4, line=4.0, las=1, at=max(ypos)+diff(ypos)[1], col=1, cex=cexgr, adj = 1)
}
# else {
# mtext( '(N)', side=2, line=0.3, las=1, at=max(ypos)+diff(ypos)[1], col=1, cex=cexgr, adj = 1)
# }
par(xpd=TRUE)
points(y=ypos, x=andeler[,1],cex=pktStr, pch= 19)
par(xpd=FALSE)
# mtext( 'Boområde/opptaksområde', side=2, line=9.5, las=0, col=1, cex=cexgr)
if (legPlass=='nede'){
legend('bottomright', cex=0.9*cexgr, bty='n', #bg='white', box.col='white',
lwd=c(NA,NA), pch=c(19,15), pt.cex=c(1.2,1.8), col=c('black',farger[3]),
legend=names(N), ncol = 1)}
if (legPlass=='top'){
legend('top', cex=0.9*cexgr, bty='n', #bg='white', box.col='white',y=max(ypos),
lwd=c(NA,NA), pch=c(19,15), pt.cex=c(1.2,1.8), col=c('black',farger[3]),
legend=names(N), ncol = dim(andeler)[2])}
if (legPlass=='topleft'){
legend('topleft', cex=0.9*cexgr, bty='n', #bg='white', box.col='white',y=max(ypos),
lwd=c(NA,NA), pch=c(19,15), pt.cex=c(1.2,1.8), col=c('black',farger[3]),
legend=names(N), ncol = dim(andeler)[2])}
if (legPlass=='topright'){
legend('topright', cex=0.9*cexgr, bty='n', #bg='white', box.col='white',y=max(ypos),
lwd=c(NA,NA), pch=c(19,15), pt.cex=c(1.2,1.8), col=c('black',farger[3]),
legend=names(N), ncol = dim(andeler)[2])}
# legend(0, yposOver+ diff(ypos)[1], yjust=0, xpd=TRUE, cex=0.9, bty='n', #bg='white', box.col='white',y=max(ypos),
# lwd=c(NA,NA), pch=c(19,15), pt.cex=c(1.2,1.8), col=c('black',farger[3]),
# legend=names(N), ncol = dim(andeler)[2])
} else {
if (!inkl_konf) {
mtext( c(N[,1], names(N)[1]), side=4, line=2.5, las=1, at=ypos, col=1, cex=cexgr, adj = 1)
mtext( c(N[,2], names(N)[2]), side=4, line=5, las=1, at=ypos, col=1, cex=cexgr, adj = 1)
mtext( c(N[,3], names(N)[3]), side=4, line=7.5, las=1, at=ypos, col=1, cex=cexgr, adj = 1)
mtext( 'N', side=4, line=5.0, las=1, at=max(ypos)+diff(ypos)[1], col=1, cex=cexgr, adj = 1)
}
# else {
# mtext( '(N)', side=2, line=0.3, las=1, at=max(ypos)+diff(ypos)[1], col=1, cex=cexgr, adj = 1)
# }
par(xpd=TRUE)
points(y=ypos, x=andeler[,1],cex=pktStr) #'#4D4D4D'
points(y=ypos, x=andeler[,2],cex=pktStr,pch= 19)
par(xpd=FALSE)
if (legPlass=='nede'){
legend(x=82, y=ypos[2]+1 ,xjust=0, cex=cexgr, bty='n', #bg='white', box.col='white',
lwd=c(NA,NA,NA), pch=c(1,19,15), pt.cex=c(1.2,1.2,1.8), col=c('black','black',farger[3]),
legend=names(N) )}
if (legPlass=='top'){
legend('top', cex=0.9*cexgr, bty='n', #bg='white', box.col='white',y=max(ypos),
lwd=c(NA,NA,NA), pch=c(1,19,15), pt.cex=c(1.2,1.2,1.8), col=c('black','black',farger[3]),
legend=names(N), ncol = dim(andeler)[2])
# legend(0, yposOver+ diff(ypos)[1], yjust=0, xpd=TRUE, cex=0.9, bty='n', #bg='white', box.col='white',y=max(ypos),
# lwd=c(NA,NA,NA), pch=c(1,19,15), pt.cex=c(1.2,1.2,1.8), col=c('black','black',farger[3]),
# legend=names(N), ncol = dim(andeler)[2]) #
}
}
if (prikktall) {
text(x=0, y=ypos, labels = pst_txt, cex=0.75, pos=4)#
text(x=andeler[,1], y=ypos, labels = pst_txt_prikk, cex=0.75, pos=4, xpd = T)}
if (pst_kolonne) {
mtext( pst_txt_prikk, side=4, line=3.5, las=1, at=ypos, col=1, cex=cexgr*0.75, adj = 1)
mtext( pst_txt, side=4, line=7.5, las=1, at=ypos, col=1, cex=cexgr*0.75, adj = 1)
mtext( names(N)[1], side=4, line=3.5, las=1, at=max(ypos), col=1, cex=cexgr*0.75, adj = 1, font = 2)
mtext( names(N)[2], side=4, line=7.5, las=1, at=max(ypos), col=1, cex=cexgr*0.75, adj = 1, font = 2)
}
#Tekst som angir hvilket utvalg som er gjort
# mtext(utvalgTxt, side=3, las=1, cex=0.9, adj=0, col=farger[1], line=c(5+0.8*((length(utvalgTxt)-1):0)))
mtext(utvalgTxt, side=3, las=1, cex=0.9, adj=0, col=farger[1], line=(NutvTxt-1):0, outer=TRUE)
par('mar'= oldpar_mar)
par('fig'= oldpar_fig)
par('oma'= oldpar_oma)
# if (outfile != '') {dev.off()}
# if (outfile != '') {savePlot(outfile, type=substr(outfile, nchar(outfile)-2, nchar(outfile)))}
if ( outfile != '') {dev.off()}
# Utdata$utvalgTxt <- utvalgTxt
# Utdata$tittel <- tittel
# return(invisible(Utdata))
}
Add the following code to your website.
For more information on customizing the embed code, read Embedding Snippets.