PG_elbow: Elbow Test

Description Usage Arguments Value

Description

Phenograph 的k值是指在计算k 近邻网络(knn)的所取得k值,它的意义是网络中每个细胞的最近邻居数。K值越大,最后得到的cluster越少,反之越大。 因此过大的k值会引起“underclustering”,导致cluster偏少,过小的k值则会导致“overclustering”,导致cluster偏高。 选择合适的k值就是在两者之间寻求平衡。比较直观的方法就是在k-cluster图中,找到曲线的 “elbow piont”。

Usage

1
PG_elbow(x, k_from = 5, k_to = 100, k_step = 5)

Arguments

x

需要进行测试的表达数据矩阵

k_from

自然数,测试中k的取值范围的起始点

k_to

自然数,测试中k的取值范围的结束点

k_step

自然数,k取值的步长

Value

返回值一个矩阵,记录每个k值对应的cluster数目


XinleiChen001/cytofexplorer documentation built on May 16, 2019, 9:13 a.m.