Description Usage Arguments Value
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Phenograph 的k值是指在计算k 近邻网络(knn)的所取得k值,它的意义是网络中每个细胞的最近邻居数。K值越大,最后得到的cluster越少,反之越大。 因此过大的k值会引起“underclustering”,导致cluster偏少,过小的k值则会导致“overclustering”,导致cluster偏高。 选择合适的k值就是在两者之间寻求平衡。比较直观的方法就是在k-cluster图中,找到曲线的 “elbow piont”。
Phenograph 的k值是指在计算k 近邻网络(knn)的所取得k值,它的意义是网络中每个细胞的最近邻居数。K值越大,最后得到的cluster越少,反之越大。 因此过大的k值会引起“underclustering”,导致cluster偏少,过小的k值则会导致“overclustering”,导致cluster偏高。 选择合适的k值就是在两者之间寻求平衡。比较直观的方法就是在k-cluster图中,找到曲线的 “elbow piont”。
1 2 3 |
x |
需要进行测试的表达数据矩阵 |
k_from |
自然数,测试中k的取值范围的起始点 |
k_to |
自然数,测试中k的取值范围的结束点 |
k_step |
自然数,k取值的步长 |
返回值一个矩阵,记录每个k值对应的cluster数目
返回值一个矩阵,记录每个k值对应的cluster数目
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