draw_abundance_volcano: 生成Cluster Aundance的火山图

Description Usage Arguments Value

View source: R/Cluster_Abundance.R

Description

依据stat_by_cluster生成的list数据,生成火山图,图中颜色代表不同的Marker,数字和字母等符号代表不同的cluster; 结果采用了与SPADEvizR相同的形式,标注有“cite from SPADEVizR”或者“Adapted from SPADEVizR” ,使用时请注意在文章中引用原始文献。

Usage

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draw_abundance_volcano(cluster_stat, cond1, cond2, xlimit = NULL,
  ylimit = NULL, dif.level = 2,
  output_dir = paste0("Aundance_volcano_plots_", cond1, "_vs_", cond2),
  stat.paired = NULL, stat.method = NULL, set.equal.var = NULL,
  conf.level = NULL, p.adjust.method = NULL)

Arguments

cluster_stat

stat_by_cluster()函数生成的list数据

cond1

major_cond的一个,火山图(Volcano map)靠左一侧的条件,例如"B_Adjacent"

cond2

major_cond的一个,火山图(Volcano map)靠右一侧的条件,例如"A_Tumor"

xlimit

一个包含两个数字的向量(vector),例如c(-5,+5),用于手动指定火山图横坐标范围,默认值为NULL,此时会自动设置xlimit

ylimit

一个包含两个数字的向量(vector),例如c(0,3.5),用于手动指定火山图纵坐标范围,默认值为NULL,此时会自动设置xlimit

dif.level

一个数字,手动设置两组marker差异的的阈值大小,例如取默认值2时,两组均值相差2倍以上算显著(简单的说就是设置火山图上的两条竖线位置)

output_dir

输出数据文件夹名称

如使用全局统计默认参数,以下参数无需设置

stat.paired

逻辑变量,TRUE或者FALSE,表示是否是成对检验

stat.method

一个字符串,指定统计分析的方法,取值有三种:"auto",“t-test",“wilcox-test”,当取值为"auto"时,即为测试模式,会对数据进行正态分布和方差齐性测试,自动选择适合的统计方法,为正式分析过程中的统计方法选择提供依据。

set.equal.var

一个字符串,指定方差齐性,取值有三种:"TRUE","FALSE"(默认),"auto",选择"auto"时即可以进行方差齐性测试;

conf.level

显著性水平,默认0.95,(即p<0.05为显著),调整该数值可以调整火山图上的横线位置

p.adjust.method

对p值进行校正的方法:"BH"(默认,推荐) "holm", "hochberg", "hommel", "bonferroni","BY","fdr", "none"

Value

none


XinleiChen001/cytofexplorer documentation built on Feb. 3, 2019, 12:39 a.m.