draw_abundance_volcano: 生成Cluster Aundance的火山图

In XinleiChen001/cytofexplorer: A data analysis package for cytof users

Description

依据stat_by_cluster生成的list数据，生成火山图，图中颜色代表不同的Marker，数字和字母等符号代表不同的cluster； 结果采用了与SPADEvizR相同的形式，标注有“cite from SPADEVizR”或者“Adapted from SPADEVizR” ，使用时请注意在文章中引用原始文献。

Usage

draw_abundance_volcano(
  cluster_stat,
  cond1,
  cond2,
  xlimit = NULL,
  ylimit = NULL,
  dif.level = 2,
  output_dir = paste0("Aundance_volcano_plots_", cond1, "_vs_", cond2),
  stat.paired = NULL,
  stat.method = NULL,
  set.equal.var = NULL,
  conf.level = NULL,
  p.adjust.method = NULL
)

Arguments

cluster_stat	stat_by_cluster()函数生成的list数据
cond1	major_cond的一个，火山图（Volcano map）靠左一侧的条件，例如"B_Adjacent"
cond2	major_cond的一个，火山图（Volcano map）靠右一侧的条件，例如"A_Tumor"
xlimit	一个包含两个数字的向量（vector），例如c(-5,+5),用于手动指定火山图横坐标范围，默认值为NULL，此时会自动设置xlimit
ylimit	一个包含两个数字的向量（vector），例如c(0,3.5),用于手动指定火山图纵坐标范围，默认值为NULL，此时会自动设置xlimit
dif.level	一个数字，手动设置两组marker差异的的阈值大小，例如取默认值2时，两组均值相差2倍以上算显著（简单的说就是设置火山图上的两条竖线位置）
output_dir	输出数据文件夹名称 如使用全局统计默认参数，以下参数无需设置
stat.paired	逻辑变量，TRUE或者FALSE，表示是否是成对检验
stat.method	一个字符串，指定统计分析的方法，取值有三种："auto"，“t-test"，“wilcox-test”,当取值为"auto"时，即为测试模式，会对数据进行正态分布和方差齐性测试，自动选择适合的统计方法，为正式分析过程中的统计方法选择提供依据。
set.equal.var	一个字符串，指定方差齐性，取值有三种："TRUE","FALSE"(默认),"auto",选择"auto"时即可以进行方差齐性测试；
conf.level	显著性水平，默认0.95,（即p<0.05为显著），调整该数值可以调整火山图上的横线位置
p.adjust.method	对p值进行校正的方法："BH"(默认，推荐) "holm", "hochberg", "hommel", "bonferroni","BY","fdr", "none"

Value

none

XinleiChen001/cytofexplorer documentation built on Oct. 31, 2020, 5:59 p.m.