metacluster_multi: metacluster_multi

Description Usage Arguments Value

Description

利用FlowSOM或其他方法进行聚类以后,可以对产生的cluster进一步聚类,这些新产生的类被称为“metacluster”。 metacluster_multi可以利用FlowSOM自带的metacluster函数,以及PhenoGraph算法产生metacluster。 #'

Usage

1
2
metacluster_multi(data, method = "metaClustering_hclust",
  nCluster = NULL, max = 50, k = 15)

Arguments

data

包含所有cluster的表达矩阵,dataframe或者矩阵格式

method

要使用的聚类方法名称,取值有“PhenoGraph”,“metaClustering_consensus”,“metaClustering_hclust”, “metaClustering_kmeans”

nCluster

使用“metaClustering_consensus”和“metaClustering_kmeans”两种方法时,用其指定产生metaCluster的数量

max

使用“metaClustering_hclust”时,确定一个metacluster的上限,函数将在此下寻找合适的metacluster数量

k

使用“PhenoGraph"时,设置knn网络的k值,默认值为15

Value

一个数组(Numeric array),包含对应每个cluster的metacluster数值


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