metacluster_multi: metacluster_multi

In XinleiChen001/cytofexplorer: A data analysis package for cytof users

Description

利用FlowSOM或其他方法进行聚类以后，可以对产生的cluster进一步聚类，这些新产生的类被称为“metacluster”。 metacluster_multi可以利用FlowSOM自带的metacluster函数，以及PhenoGraph算法产生metacluster。 #'

利用FlowSOM或其他方法进行聚类以后，可以对产生的cluster进一步聚类，这些新产生的类被称为“metacluster”。 metacluster_multi可以利用FlowSOM自带的metacluster函数，以及PhenoGraph算法产生metacluster。 #'

Usage

metacluster_multi(
  data,
  method = "metaClustering_hclust",
  nCluster = NULL,
  max = 50,
  k = 15
)

metacluster_multi(
  data,
  method = "metaClustering_hclust",
  nCluster = NULL,
  max = 50,
  k = 15
)

Arguments

data	包含所有cluster的表达矩阵，dataframe或者矩阵格式
method	要使用的聚类方法名称，取值有“PhenoGraph”，“metaClustering_consensus”,“metaClustering_hclust”, “metaClustering_kmeans”
nCluster	使用“metaClustering_consensus”和“metaClustering_kmeans”两种方法时，用其指定产生metaCluster的数量
max	使用“metaClustering_hclust”时，确定一个metacluster的上限，函数将在此下寻找合适的metacluster数量
k	使用“PhenoGraph"时，设置knn网络的k值，默认值为15

Value

一个数组（Numeric array）,包含对应每个cluster的metacluster数值

一个数组（Numeric array）,包含对应每个cluster的metacluster数值

XinleiChen001/cytofexplorer documentation built on Oct. 31, 2020, 5:59 p.m.