equal_sample: equal_sample

Description Usage Arguments Value

View source: R/FlowSOM_tSNE_Output.R

Description

从各个Meta cluster或文件中抽取定量细胞进行可视化 可视化前的Sampling有两个功能,第一,减少后续用于降维分析的细胞总数,一般推荐在10万以内,以保证降维效果。 第二, 解决原始数据中文件或者cluster存在细胞数目不均衡的情况。增加对小文件或cluster的可见性。

Usage

1
2
equal_sample(x, sample_type = 1, sample_n = 1000,
  cluster_name = "metaCluster")

Arguments

x

需要进行Sampleing表达数据矩阵,除了表达数据,还包括两个通道:“File_ID”,以及聚类产生的cluster通道。

sample_type

Sample的方式,#sample_type=1,从每个cluster抽取相同细胞;sample_type=2,从每个样本抽取相同细胞

sample_n

每个样本或者每个cluster抽取的细胞数量;

cluster_name

cluster通道的名称

Value

返回值一个矩阵,包含所有sample取得的表达数据


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