stat_by_cluster: Statistics of clusters(Abundance and Experssion)

Description Usage Arguments Value

Description

统计不同分组中各个cluster中marker表达的差异

Usage

1
2
3
4
stat_by_cluster(combined_data_raw, all_markers,
  cluster_name = "metacluster", summerise_method = "median", groups,
  major_cond, heatmap_ctrl, stat.paired = TRUE, stat.method = "t-test",
  set.equal.var = "FALSE", conf.level = 0.95, p.adjust.method = "BH")

Arguments

combined_data_raw

在Pepline前面部分读入并合并的表达数据

all_markers

从 “all_markers.csv”读入的dataframe,包含marker的选择信息

cluster_name

统计所依据的聚类参数名称,例如"PhenoGraph"、"metacluster"

summerise_method

统计过程中使用的合计方法:有"mean"或者 "median"两种

groups

groups 从“all_sample.csv”中读入的dataframe,包含实验分组信息(也就是元数据)

Heatmap 参数

major_cond

在groups所提供的各种分组中,选择一种做为统计差异的依据,例如"Tissue_Type"

heatmap_ctrl

在major_cond中选择一个在Heatmap中显示做为control的组名,例如"A_Tumor" 下面5个参数是为后面统计分析中设置的默认值

stat.paired

逻辑变量,TRUE或者FALSE,表示是否是成对检验

stat.method

一个字符串,指定统计分析的方法,取值有三种:"auto",“t-test",“wilcox-test”,当取值为"auto"时,即为测试模式,会对数据进行正态分布和方差齐性测试,自动选择适合的统计方法,为正式分析过程中的统计方法选择提供依据。

set.equal.var

一个字符串,指定方差齐性,取值有三种:"TRUE","FALSE"(默认),"auto",选择"auto"时即可以进行方差齐性测试;

conf.level

显著性水平,默认0.95,(即p<0.05为显著)

p.adjust.method

对p值进行校正的方法:"BH"(默认,推荐) "holm", "hochberg", "hommel", "bonferroni","BY","fdr", "none"

Value

a List containing the data which needed in drawing of heatmap, boxplot and volcano chart


XinleiChen001/cytofexplorer documentation built on May 16, 2019, 9:13 a.m.