stat_by_cluster: Statistics of clusters(Abundance and Experssion)

In XinleiChen001/cytofexplorer: A data analysis package for cytof users

Description

统计不同分组中各个cluster中marker表达的差异

Usage

stat_by_cluster(
  combined_data_raw,
  all_markers,
  cluster_name = "metacluster",
  cluster_merge = NULL,
  summerise_method = "median",
  groups,
  major_cond,
  group_seq = NULL,
  stat.paired = FALSE,
  stat.method = "t-test",
  set.equal.var = "FALSE",
  conf.level = 0.95,
  p.adjust.method = "BH"
)

Arguments

combined_data_raw	在Pepline前面部分读入并合并的表达数据
all_markers	从 “all_markers.csv”读入的dataframe，包含marker的选择信息
cluster_name	统计所依据的聚类参数名称，例如"PhenoGraph"、"metacluster"
cluster_merge	指定要合并的组别例如：list(c(1:3),c(5,8)) 意思是将1~3合并，5和8合并
summerise_method	统计过程中使用的合计方法：有"mean"或者 "median"两种
groups	groups 从“all_sample.csv”中读入的dataframe，包含实验分组信息（也就是元数据）
major_cond	在groups所提供的各种分组中，选择一种做为统计差异的依据，例如"Tissue_Type"
group_seq	设置各组顺序，格式实例： group_seq=c("PBMC","Biopsy")，注：括号内为各组名称； 下面5个参数是为后面统计分析中设置的默认值
stat.paired	逻辑变量，TRUE或者FALSE，表示是否是成对检验
stat.method	一个字符串，指定统计分析的方法，取值有三种："auto"，“t-test"，“wilcox-test”,当取值为"auto"时，即为测试模式，会对数据进行正态分布和方差齐性测试，自动选择适合的统计方法，为正式分析过程中的统计方法选择提供依据。
set.equal.var	一个字符串，指定方差齐性，取值有三种："TRUE","FALSE"(默认),"auto",选择"auto"时即可以进行方差齐性测试；
conf.level	显著性水平，默认0.95,（即p<0.05为显著）
p.adjust.method	对p值进行校正的方法："BH"(默认，推荐) "holm", "hochberg", "hommel", "bonferroni","BY","fdr", "none"

Value

a List containing the data which needed in drawing of heatmap, boxplot and volcano chart

XinleiChen001/cytofexplorer documentation built on Oct. 31, 2020, 5:59 p.m.