draw_tsne_heatmaps: draw_tsne_heatmaps

In XinleiChen001/cytofexplorer: A data analysis package for cytof users

Description

生成各个marker的tSNE；

生成各个marker的tSNE；

Usage

draw_tsne_heatmaps(
  combined_data_plot,
  heatmap_tsne_markers = NULL,
  trans_method = "simpleAsinh",
  single_file = FALSE,
  groups = groups,
  major_cond = NULL,
  dot_size = 4,
  dot_colours = colorRampPalette(c("#00007F", "blue", "#007FFF", "cyan", "#7FFF7F",
    "yellow", "#FF7F00", "red", "#7F0000")),
  show_legend = TRUE,
  show_scale = TRUE,
  output_dir = "tsne_heatmap",
  output_format = "tiff",
  reduction_dm1 = "tsne_1",
  reduction_dm2 = "tsne_2"
)

draw_tsne_heatmaps(
  combined_data_plot,
  heatmap_tsne_markers = NULL,
  trans_method = "simpleAsinh",
  single_file = FALSE,
  groups = groups,
  major_cond = NULL,
  dot_size = 4,
  dot_colours = colorRampPalette(c("#00007F", "blue", "#007FFF", "cyan", "#7FFF7F",
    "yellow", "#FF7F00", "red", "#7F0000")),
  show_legend = TRUE,
  show_scale = TRUE,
  output_dir = "tsne_heatmap",
  output_format = "tiff",
  reduction_dm1 = "tsne_1",
  reduction_dm2 = "tsne_2"
)

Arguments

combined_data_plot	数据框或者矩阵，附带有(meta)cluster、降维结果(t_sne_1,t_sne_2)的表达矩阵
heatmap_tsne_markers	vector，指定marker的名称,默认NULL，此时将生成所有通道的heatmap
trans_method	数据转化方式，有四种："CytofAsinh"，"simpleAsinh"；"0_to_Max"，所有Marker的信号强度除以最大值，线性转换，通过除以各通道信号的最大值把数值scale到0~1；"Min_to_Max"，线性转换，最小值转换成0，最大值转换成1，最大限度展现population的表达差异
single_file	是否把所有heatmap合成单个文件，默认FALSE
groups	实验组的Metadata信息,其中必需包含列名：”Short_name“
major_cond	选择groups中一个列名做为展现差异的major_cond
dot_size	图中点的大小，默认是4
dot_colours	设置colorbar的颜色，默认为jet color函数
show_legend	是否显示legend（colorbar）
show_scale	是否显示X 轴和Y轴的刻度，默认是TRUE
output_dir	输出数据文件夹名称，默认是TRUE
output_format	输出数据文件格式："tiff"和“pdf”
reduction_dm1	combined_data_plot降维产生的维度，默认"tsne_1"
reduction_dm2	combined_data_plot降维产生的维度，默认"tsne_2"
edge_data	画网络图的时候，存储网络连接数据
groups_to_show	vector，指定在图上显示哪些组的数据（组名应属于all_samples的major_cond列）,默认为NULL，显示所有组
legend_type	legend(colorbar)是局部（"local"(默认)）,所有marker用不同的colorbar）还是全局（"global",所有marker共用一个colorbar）
legend_limit	仅在legend_type是"global"的情况下有效，手动设置colorbar的上下限，取值为一个vector，例如c(0,5) 0为最小值，5为最大值
show_axis	是否显示坐标轴，默认是TRUE

Value

none

XinleiChen001/cytofexplorer documentation built on Oct. 31, 2020, 5:59 p.m.