Description Usage Arguments Value
依据stat_by_cluster生成的list数据,生成火山图,图中颜色代表不同的Marker,数字和字母等符号代表不同的cluster;
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 | draw_expr_volcano(
cluster_stat,
cond1,
cond2,
Usecolorset = dif_seq_rainbow,
show_adjust_p = FALSE,
cluster_id = NULL,
xlimit = NULL,
ylimit = NULL,
dif.level = 2,
output_dir = paste0("Expr_volcano_plots_", cond1, "_vs_", cond2),
stat.paired = NULL,
stat.method = NULL,
set.equal.var = NULL,
conf.level = NULL,
p.adjust.method = NULL
)
|
cluster_stat |
stat_by_cluster()函数生成的list数据 |
cond1 |
major_cond的一个,火山图(Volcano map)靠左一侧的条件 |
cond2 |
major_cond的一个,火山图(Volcano map)靠右一侧的条件 |
Usecolorset |
火山图采用的配色方案 默认dif_seq_rainbow, 其他取值:rainbow,primary.color或者其他函数 |
show_adjust_p |
一个逻辑变量, 取值TRUE时火山图显示校正后的p值,取值FALSE时显示原始p值 |
cluster_id |
指定输出cluster的id,例如:如果要输出前五个cluster,cluster_id=c(1:5); 如果要输出全部cluster,保持其默认值NULL即可。 |
xlimit |
一个包含两个数字的向量(vector),例如c(-5,+5),用于手动指定火山图横坐标范围,默认值为NULL,此时会自动设置xlimit |
ylimit |
一个包含两个数字的向量(vector),例如c(0,3.5),用于手动指定火山图纵坐标范围,默认值为NULL,此时会自动设置xlimit |
dif.level |
一个数字,手动设置两组marker差异的的阈值大小,例如取默认值2时,两组均值相差2倍以上算显著(简单的说就是设置火山图上的两条竖线位置) |
output_dir |
输出数据文件夹名称 如使用全局统计默认参数,以下参数无需设置 |
stat.paired |
逻辑变量,TRUE或者FALSE,表示是否是成对检验 |
stat.method |
一个字符串,指定统计分析的方法,取值有三种:"auto",“t-test",“wilcox-test”,当取值为"auto"时,即为测试模式,会对数据进行正态分布和方差齐性测试,自动选择适合的统计方法,为正式分析过程中的统计方法选择提供依据。 |
set.equal.var |
一个字符串,指定方差齐性,取值有三种:"TRUE","FALSE"(默认),"auto",选择"auto"时即可以进行方差齐性测试; |
conf.level |
显著性水平,默认0.95,(即p<0.05为显著),调整该数值可以调整火山图上的横线位置 |
p.adjust.method |
对p值进行校正的方法:"BH"(默认,推荐) "holm", "hochberg", "hommel", "bonferroni","BY","fdr", "none" |
none
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