cluster_significant_plot: cluster统计中细胞数量的质控（quality control）

In XinleiChen001/cytofexplorer: A data analysis package for cytof users

Usage

cluster_significant_plot(
  cluster_stat,
  count_threshold = 50,
  percent_threshold = 0.5,
  group_to_show = NULL,
  output_dir = "Aundance_significant_report",
  stat.paired = NULL,
  stat.method = NULL,
  set.equal.var = NULL,
  conf.level = NULL,
  p.adjust.method = NULL
)

Arguments

cluster_stat	stat_by_cluster()函数生成的list数据
count_threshold	数字，指定统计要求的细胞数，默认50
percent_threshold	数字，指定统计要求的细胞数，默认0.5，即0.5 \item group_to_show指定要统计的condition（major_cond中的一个或者多个），如不设置直接统计全部； \item output_dir输出数据文件夹名称 如使用统计默认参数，以下参数无需设置 \item stat.paired逻辑变量，TRUE或者FALSE，表示是否是成对检验 \item stat.method一个字符串，指定统计分析的方法，取值有三种："auto"，“t-test"，“wilcox-test”,当取值为"auto"时，即为测试模式，会对数据进行正态分布和方差齐性测试，自动选择适合的统计方法，为正式分析过程中的统计方法选择提供依据。 \item set.equal.var一个字符串，指定方差齐性，取值有三种："TRUE","FALSE"(默认),"auto",选择"auto"时即可以进行方差齐性测试； \item conf.level显著性水平，默认0.95,（即p<0.05为显著） \item p.adjust.method对p值进行校正的方法："BH"(默认，推荐) "holm", "hochberg", "hommel", "bonferroni","BY","fdr", "none"

none 对cluster进行统计分析时，过少的细胞数有可能造成统计结果的不准确，本函数统计分析方法分析每个cluster的绝对数量是否符合要求 结果采用了与SPADEvizR相近的风格，标注有“cite from SPADEVizR”或者“Adapted from SPADEVizR” ，使用时请注意在文章中引用原始文献。

XinleiChen001/cytofexplorer documentation built on Oct. 31, 2020, 5:59 p.m.