Description Usage Arguments Value
对cluster进行统计分析时,过少的细胞数有可能造成统计结果的不准确,本函数统计分析方法分析每个cluster的绝对数量是否符合要求
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cluster_stat,
cluster_id = NULL,
color_cond = NULL,
subgroup_cond = NULL,
group_colorset = brewer_color_sets,
output_dir = paste0("Abundance_Report"),
heatmap_ctrl,
heatmap1_color = colorRampPalette(c("black", "yellow")),
heatmap2_color = colorRampPalette(c("blue", "white", "red")),
Rowv = T,
Colv = F,
dendrogram = "row",
hide_ctrl = NULL,
boxplot_line_width = 1,
comparisons = NULL,
comparisons.stat.paired = NULL,
comparisons.stat.method = NULL,
show_pvalues = TRUE,
barplot_clustered = TRUE,
barplot_direction = "v",
barplot_annotation = TRUE,
cluster_colorset = dif_seq_rainbow,
group_seq = NULL,
groups_to_show = NULL,
stat.paired = NULL,
stat.method = NULL,
set.equal.var = NULL,
conf.level = NULL,
p.adjust.method = NULL,
use_shiny_para = FALSE,
outputfig = TRUE
)
|
cluster_stat |
stat_by_cluster()函数生成的list数据 |
cluster_id |
指定输出cluster的id,例如:如果要输出前五个cluster,cluster_id=c(1:5); 如果要输出全部cluster,保持其默认值NULL即可。 |
color_cond |
指定依据哪个条件进行着色 |
subgroup_cond |
heatmap_ctrl对应的组所在的列名 |
group_colorset |
组别的配色方案 |
output_dir |
输出数据文件夹名称,默认"Abundance_boxplot" |
heatmap_ctrl |
指定heatmap、boxplot的control组名称,例如“PBMC” |
heatmap1_color |
指定Cluster Percentage heatmap配色方案 |
heatmap2_color |
指定1.2_Change of Cluster Percentage和1.3_log2_Percentage ratio heatmap配色方案 |
Rowv, Colv |
逻辑变量,分别heatmap设定行和列是否聚类 |
dendrogram |
显示heatmap行或者列的树形图,"both","row","column","none" |
hide_ctrl |
在图片中隐藏对照组(仅用于多个ctrl的情况) |
boxplot_line_width |
boxplot线宽 |
comparisons |
list变量,用来指定需要显示p值的组别,例如list(c("PBMC","Biopsy"),c("PBMC","Tumor"))就是要分别显示PBMC与Biopsy和Tumor两组之间的p值;如果comparisons=NULL,则显示各组与对照组的p值 |
comparisons.stat.paired |
指定组别是否为成对样本 |
comparisons.stat.method |
指定组别的p值计算方法 |
show_pvalues |
逻辑变量,TRUE或者FALSE,决定是否在图上显示p Value |
barplot_clustered |
逻辑变量,决定丰度直方图是否依照各个cluster比例聚类,默认为TRUE |
barplot_direction |
取值为"v"或者"h",分别决定直方图的方向为竖直或者水平 |
barplot_annotation |
逻辑变量,是否注释组别,默认为TRUE |
cluster_colorset |
barplot中cluster的颜色方案 如使用统计默认参数,以下参数无需设置 |
group_seq |
设置各组顺序,格式实例: group_seq=c("PBMC","Biopsy"),注:括号内为各组名称;如不设置,默认与总体参数保持一致 |
groups_to_show |
想要展示部分组时,指定展示组的组名,默认为NULL,展示所有组 |
stat.paired |
逻辑变量,TRUE或者FALSE,表示是否是成对检验(如有多个control,则只subgroup之内是否是成对样本) |
stat.method |
一个字符串,指定统计分析的方法,取值有三种:"auto",“t-test",“wilcox-test”,当取值为"auto"时,即为测试模式,会对数据进行正态分布和方差齐性测试,自动选择适合的统计方法,为正式分析过程中的统计方法选择提供依据。 |
set.equal.var |
一个字符串,指定方差齐性,取值有三种:"TRUE","FALSE"(默认),"auto",选择"auto"时即可以进行方差齐性测试; |
conf.level |
显著性水平,默认0.95,(即p<0.05为显著) |
p.adjust.method |
对p值进行校正的方法:"BH"(默认,推荐) "holm", "hochberg", "hommel", "bonferroni","BY","fdr", "none" |
a list containing ggplot2 objects
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