draw_expr_heatmap: draw_expr_heatmap

In XinleiChen001/cytofexplorer: A data analysis package for cytof users

Description

生成cluster的Heatmap

Usage

draw_expr_heatmap(
  xdata,
  trans_method = "CytofAsinh",
  Rowv = T,
  Colv = T,
  dendrogram = "both",
  output_dir = paste0("Cluster_Expression_Heatmap"),
  color_style = 1,
  colorkeys = c("black", "yellow")
)

Arguments

xdata	data.frame,或者matrix，cluster expression matrix
trans_method	数据转化方式，有五种： "CytofAsinh"，CytofAsinh转换所有表达数据； "simpleAsinh",simpleAsinh转换所有表达数据,这是默认设置； "0_to_Max"，所有Marker的信号强度除以最大值，线性转换，通过除以各通道信号的最大值把数值scale到0~1； "Min_to_Max"，线性转换，最小值转换成0，最大值转换成1，最大限度展现population的表达差异； "simpleAsinh_0_to_Max" 先Arcsinh转换，然后除以各通道信号的最大值把数值scale到0~1范围内； "simpleAsinh_Min_to_Max" 先Arcsinh转换，然后最小值转换成0，最大值转换成1，最大限度展现population的表达差异；
Rowv, Colv	逻辑变量，分别设定行和列是否聚类
dendrogram	显示行或者列的树形图,"both","row","column","none"
color_style	heatmap颜色模式，1：黑-黄；2：白：红；3: jet; 其他数字：手动模式，使用colorkeys参数设置
colorkeys	手动设置heatmap颜色，默认c("black","yellow")

Value

none

XinleiChen001/cytofexplorer documentation built on Oct. 31, 2020, 5:59 p.m.