combined_stat: combined_stat 统计分析函数

Description Usage Arguments Value

View source: R/Cluster_Expr.R

Description

对进行单组或两组数据进行统计分析,并对结果进行adjust。也可以为数据进行正态分布和方差齐性测试,自动选择适合的统计方法,为正式分析过程中的统计方法选择提供依据。

Usage

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combined_stat(cond1_data, cond2_data, alternative = "two.sided",
  mu = 0, stat.paired = FALSE, conf.level = 0.95,
  stat.method = "t-test", set.equal.var = "FALSE",
  p.adjust.method = "BH", silent = F)

Arguments

cond1_data

一个包含数字的向量(vector),待统计分析数据

cond2_data

一个包含数字的向量(vector),待统计分析数据,如进行单组分析,cond2_data=NULL

alternative

一个字符串,反应假设检验的种类,有三种取值:"two.sided" (默认), "greater" or "less"

mu

一个数字,在单样本本统计时表示平均值的真实值,或者如果您正在进行两个样本测试,则表示均值差异(此时一般取值为0)

stat.paired

逻辑变量,TRUE或者FALSE,表示是否是成对检验

conf.level

显著性水平,默认0.95,(即p<0.05为显著)

stat.method

一个字符串,指定统计分析的方法,取值有三种:"auto",“t-test",“wilcox-test”,当取值为"auto"时,即为测试模式,会对数据进行正态分布和方差齐性测试,自动选择适合的统计方法,为正式分析过程中的统计方法选择提供依据。

set.equal.var

一个字符串,指定方差齐性,取值有三种:"TRUE","FALSE"(默认),"auto",选择"auto"时即可以进行方差齐性测试;

p.adjust.method

对p值进行校正的方法:"BH"(默认,推荐) "holm", "hochberg", "hommel", "bonferroni","BY","fdr", "none"

silent

逻辑变量,是否输出中间结果

Value

返回一个数据框(data.frame),包含p_value,p_adjust,统计方法(stat.method),方差齐性(set.equal.var)信息


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