inst/doc/cellhts2.R

### R code from vignette source 'cellhts2.Rnw'

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### code chunk number 1: Ropts
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options(width=70)


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### code chunk number 2: install (eval = FALSE)
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## source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")
## biocLite("cellHTS2")


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### code chunk number 3: setup1
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library("cellHTS2")


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### code chunk number 4: dataPath
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experimentName <- "KcViab"
dataPath <- system.file(experimentName, package="cellHTS2") 


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### code chunk number 5: dirDataPath
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dataPath
rev(dir(dataPath))[1:12]


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### code chunk number 6: readPlateList
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x <- readPlateList("Platelist.txt", 
                   name=experimentName, 
                   path=dataPath)


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### code chunk number 7: showX
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x


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### code chunk number 8: plateFileTable
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cellHTS2:::tableOutput(file.path(dataPath, "Platelist.txt"), "plate list")
cellHTS2:::tableOutput(file.path(dataPath, names(intensityFiles(x))[1]), 
              "signal intensity", header=FALSE)


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### code chunk number 9: see object state
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state(x)


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### code chunk number 10: writeReport
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out <- writeReport(raw=x, force = TRUE, outdir = "report-raw")


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### code chunk number 11: printout
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out


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### code chunk number 12: browseReport1 (eval = FALSE)
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## if (interactive()) browseURL(out)


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### code chunk number 13: annotatePlateRes
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x <- configure(x,
               descripFile="Description.txt", 
               confFile="Plateconf.txt", 
               logFile="Screenlog.txt", 
               path=dataPath)


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### code chunk number 14: plateConfscreenLogTable
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cellHTS2:::tableOutputWithHeaderRows(file.path(dataPath, "Plateconf.txt"), 
  "plate configuration", selRows=NULL)
cellHTS2:::tableOutput(file.path(dataPath, "Screenlog.txt"), 
  "screen log", selRows=1:3)


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### code chunk number 15: cellhts2.Rnw:579-580
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table(wellAnno(x))


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### code chunk number 16: configurationplot
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configurationAsScreenPlot(x, legend=TRUE)


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### code chunk number 17: normalizePlateMedian
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xn <- normalizePlates(x, 
                      scale="multiplicative", 
                      log=FALSE, 
                      method="median", 
                      varianceAdjust="none")


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### code chunk number 18: compare cellHTs objects
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compare2cellHTS(x, xn)


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### code chunk number 19: score replicates
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xsc <- scoreReplicates(xn, sign="-", method="zscore") 


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### code chunk number 20: summarize replicates
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xsc <- summarizeReplicates(xsc, summary="mean") 


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### code chunk number 21: boxplotzscore
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scores <- Data(xsc)
ylim <- quantile(scores, c(0.001, 0.999), na.rm=TRUE)
boxplot(scores ~ wellAnno(x), 
        col="lightblue", outline=FALSE, ylim=ylim)


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### code chunk number 22: callvalues
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y <- scores2calls(xsc, z0=1.5, lambda=2)
png("cellhts2-callvalues.png")
plot(Data(xsc), Data(y), col="blue", pch=".",
     xlab="z-scores", ylab="calls", 
     main=expression(1/(1+e^{-lambda *(z-z[0])})))
dev.off()


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### code chunk number 23: callvaluesShow (eval = FALSE)
###################################################
## y <- scores2calls(xsc, z0=1.5, lambda=2)
## plot(Data(xsc), Data(y), col="blue", pch=".",
##      xlab="z-scores", ylab="calls", 
##      main=expression(1/(1+e^{-lambda *(z-z[0])})))


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### code chunk number 24: geneIDs
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xsc <- annotate(xsc, geneIDFile="GeneIDs_Dm_HFA_1.1.txt", 
                path=dataPath)


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### code chunk number 25: geneIDsTable
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cellHTS2:::tableOutput(file.path(dataPath, "GeneIDs_Dm_HFA_1.1.txt"), 
     "gene ID", selRows = 3:6)


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### code chunk number 26: printxagain
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xsc


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### code chunk number 27: savex
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save(xsc, file=paste(experimentName, ".rda", sep=""))


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### code chunk number 28: writeReport2
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setSettings(list(plateList=list(reproducibility=list(include=TRUE, map=TRUE), 
                                intensities=list(include=TRUE, map=TRUE)),
                 screenSummary=list(scores=list(range=c(-4, 8), map=TRUE))))
out = writeReport(raw=x, normalized=xn, scored=xsc, 
                  force = TRUE, outdir = "report-normalized") 


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### code chunk number 29: browseReport2 (eval = FALSE)
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## if (interactive()) browseURL(out)


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### code chunk number 30: imageScreen (eval = FALSE)
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## imageScreen(xsc, ar=1, zrange=c(-3,4))


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### code chunk number 31: exportData (eval = FALSE)
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## writeTab(xsc, file="Scores.txt")


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### code chunk number 32: exportOtherData (eval = FALSE)
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## # determine the ratio between each well and the plate median
## y <- array(as.numeric(NA), dim=dim(Data(x)))
## nrWell <- prod(pdim(x))
## nrPlate <- max(plate(x))
## for(p in 1:nrPlate) 
## {
##     j <- (1:nrWell)+nrWell*(p-1)
##     samples <- wellAnno(x)[j]=="sample"
##     y[j, , ] <- apply(Data(x)[j, , , drop=FALSE], 2:3, 
##                       function(w) w/median(w[samples], 
##                                            na.rm=TRUE)) 
## }
## 
## y+signif(y, 3)
## out <- y[,,1]
## out <- cbind(fData(xsc), out)
## names(out) <- c(names(fData(xsc)), 
## sprintf("Well/Median_r%d_ch%d", rep(1:dim(y)[2], dim(y)[3]), 
## rep(1:dim(y)[3], each=dim(y)[2])))
## write.tabdel(out, file="WellMedianRatio.txt")


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### code chunk number 33: example for description file
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out <- templateDescriptionFile("template-Description.txt", 
                               force=TRUE)
out
readLines(out)


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### code chunk number 34: old plateConfscreenLogTable
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cellHTS2:::tableOutput(file.path(dataPath, "old-Plateconf.txt"), 
  "cellHTS package-specific plate configuration", selRows=1:28)
cellHTS2:::tableOutput(file.path(dataPath, "old-Screenlog.txt"), 
  "cellHTS package-specific screen log", selRows=1:3)


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### code chunk number 35: Z score method (eval = FALSE)
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##  xZ <- normalizePlates(x, scale="additive", log=FALSE, 
##          method="median", varianceAdjust="byPlate") 


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### code chunk number 36: transfplots
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library(vsn)
myPlots=function(z, main, plotCol) 
{
  z <- as.data.frame(z)
  colnames(z) <- paste0("Sample", seq_len(ncol(z)))
  gh <- ggplot2::ggplot(z, ggplot2::aes(x=Sample1))+
    ggplot2::geom_histogram(fill="darkblue")+
    ggplot2::ggtitle(main)
  gm <- vsn::meanSdPlot(as.matrix(z), plot=FALSE)$gg+
    ggplot2::ylim(c(0, quantile(abs(z[,2]-z[,1]), 0.95, na.rm=TRUE)))+
    ggplot2::theme(legend.key.size=unit(0.02, "npc"), legend.position="top")
  gq <- ggplot2::qplot(sample=z$Sample1)
  print(gh, vp=viewport(layout.pos.row=1, layout.pos.col=plotCol))
  print(gm, vp=viewport(layout.pos.row=2, layout.pos.col=plotCol))
  print(gq, vp=viewport(layout.pos.row=3, layout.pos.col=plotCol))
  return(NULL)
}
png("cellhts2-transfplots.png", width=400, height=600)
grid.newpage()
pushViewport(viewport(layout=grid.layout(3, 2)))
dv <- Data(xn)[,,1]
myPlots(dv, main="untransformed", plotCol=1)
xlog <- normalizePlates(x, scale="multiplicative", log=TRUE, 
                        method="median", varianceAdjust="byExperiment")
dvlog <- Data(xlog)[,,1]
myPlots(dvlog, main="log2", plotCol=2)
dev.off()


###################################################
### code chunk number 37: sessionInfo
###################################################
toLatex(sessionInfo())

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