inveRsion.R
In inveRsion: Inversions in genotype data

### R code from vignette source 'inveRsion.Rnw'

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### code chunk number 1: inveRsion.Rnw:43-44
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library(inveRsion)


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### code chunk number 2: inveRsion.Rnw:50-51
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hap <- system.file("extdata", "haplotypesROI.txt", package = "inveRsion")


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### code chunk number 3: inveRsion.Rnw:57-59
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hapCode<-codeHaplo(blockSize=5,file=hap,
                                        minAllele=0.3,saveRes=TRUE)


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### code chunk number 4: inveRsion.Rnw:69-72
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window<-0.5
scanRes<-scanInv(hapCode,window=window,saveRes=TRUE)
scanRes


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### code chunk number 5: inveRsion.Rnw:77-78
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plot(scanRes,which="b",thBic=-Inf)


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### code chunk number 6: inveRsion.Rnw:86-88
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invList<-listInv(scanRes,hapCode=hapCode,geno=FALSE,all=FALSE,thBic=0)
invList


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### code chunk number 7: inveRsion.Rnw:92-94
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r<-getClassif(invList,thBic=0, wROI=1,bin=FALSE,geno=FALSE)
r[1:10]


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### code chunk number 8: inveRsion.Rnw:99-100
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plot(invList,wROI=1)


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### code chunk number 9: inveRsion.Rnw:107-109
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r<-getClassif(invList,thBic=0, wROI=1,geno=TRUE)
r[1:10,]


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### code chunk number 10: inveRsion.Rnw:113-116
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mem <- system.file("extdata", "mem.txt", package = "inveRsion")
ac<-accBic(invList,classFile=mem,nsub=1000,npoints=10)
ac


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### code chunk number 11: inveRsion.Rnw:119-121
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r<-getClassif(invList,thBic=2000, wROI=1,geno=TRUE)
r[1:10,]