inst/doc/phenoTest.R

In phenoTest: Tools to test association between gene expression and phenotype in a way that is efficient, structured, fast and scalable. We also provide tools to do GSEA (Gene set enrichment analysis) and copy number variation.

### R code from vignette source 'phenoTest.Rnw'

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### code chunk number 1: loadLibAndData
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options(width=100)
library(phenoTest)
data(eset)
eset


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### code chunk number 2: preprocess
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Tumor.size <- rnorm(ncol(eset),50,2)
pData(eset) <- cbind(pData(eset),Tumor.size)
pData(eset)[1:20,'lymph.node.status'] <- 'positive'


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### code chunk number 3: setVars2test
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head(pData(eset))
survival <- matrix(c("Relapse","Months2Relapse"),ncol=2,byrow=TRUE)
colnames(survival) <- c('event','time')
vars2test <- list(survival=survival,categorical='lymph.node.status',continuous='Tumor.size')
vars2test


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### code chunk number 4: runExpressionPhenoTest
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epheno <- ExpressionPhenoTest(eset,vars2test,p.adjust.method='none')
epheno


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### code chunk number 5: pValueAdjust
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p.adjust.method(epheno)
epheno <- pAdjust(epheno,method='BH')
p.adjust.method(epheno)


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### code chunk number 6: ephenoSubsetByName
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phenoNames(epheno)
epheno[,'Tumor.size']
epheno[,2]


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### code chunk number 7: ephenoSubsetByClass
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phenoClass(epheno)
epheno[,phenoClass(epheno)=='survival']


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### code chunk number 8: ephenoGetMeans
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head(getMeans(epheno))


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### code chunk number 9: ephenoGetSummaries
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head(getSummaryDif(epheno))
head(getFc(epheno))
head(getHr(epheno))


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### code chunk number 10: ephenoGetSignif
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head(getSignif(epheno))


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### code chunk number 11: ephenoGetVars2test
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getVars2test(epheno)


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### code chunk number 12: getSignatures
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set.seed(777)
sign1 <- sample(featureNames(eset))[1:20]
sign2 <- sample(featureNames(eset))[1:50]
mySignature <- list(sign1,sign2)
names(mySignature) <- c('My first signature','Another signature')
mySignature


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### code chunk number 13: makeGeneSets
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library(GSEABase)
myGeneSetA <- GeneSet(geneIds=sign1, setName='My first signature')
myGeneSetB <- GeneSet(geneIds=sign2, setName='Another signature')
mySignature <- GeneSetCollection(myGeneSetA,myGeneSetB)
mySignature


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### code chunk number 14: barplotSignifSignatures
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barplotSignifSignatures(epheno[,'lymph.node.status'],mySignature,alpha=0.99)


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### code chunk number 15: barplotSignifSignatures
###################################################
barplotSignifSignatures(epheno[,'lymph.node.status'],mySignature,alpha=0.99)


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### code chunk number 16: barplotSignatures
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barplotSignatures(epheno[,'Tumor.size'],mySignature, ylim=c(0,1))


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### code chunk number 17: barplotSignatures
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barplotSignatures(epheno[,'Tumor.size'],mySignature, ylim=c(0,1))


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### code chunk number 18: heatmapPhenoTestHeat
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pvals <- heatmapPhenoTest(eset,mySignature[[1]],vars2test=vars2test[1],heat.kaplan='heat')


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### code chunk number 19: heatmapPhenoTestHeatPvals
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pvals


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### code chunk number 20: heatmapPhenoTestHeat
###################################################
pvals <- heatmapPhenoTest(eset,mySignature[[1]],vars2test=vars2test[1],heat.kaplan='heat')


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### code chunk number 21: heatmapPhenoTestKaplan
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pvals <- heatmapPhenoTest(eset,mySignature[[1]],vars2test=vars2test[1],heat.kaplan='kaplan')


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### code chunk number 22: heatmapPhenoTestKaplanPvals
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pvals


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### code chunk number 23: heatmapPhenoTest2
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pvals <- heatmapPhenoTest(eset,mySignature[[1]],vars2test=vars2test[1],heat.kaplan='kaplan')


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### code chunk number 24: gsea
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my.gsea <- gsea(x=epheno,gsets=mySignature,B=1000,p.adjust='BH')
my.gsea
summary.gseaData(my.gsea)


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### code chunk number 25: gseaPlot
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plot.gseaData(my.gsea)


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### code chunk number 26: plotGseaPrepare
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my.gsea <- gsea(x=epheno[,'Relapse'],gsets=mySignature[1],B=100,p.adjust='BH')
summary.gseaData(my.gsea)


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### code chunk number 27: plotGseaEs
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plot.gseaData(my.gsea,es.nes='es',selGsets='My first signature')  


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### code chunk number 28: plotGsea
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plot.gseaData(my.gsea,es.nes='es',selGsets='My first signature')  


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### code chunk number 29: plotGseaWilcoxPrepare
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my.gsea <- gsea(x=epheno[,'Relapse'],gsets=mySignature,B=100,test='wilcox',p.adjust='BH')
summary.gseaData(my.gsea)


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### code chunk number 30: plotGseaWilcox
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plot.gseaData(my.gsea,selGsets='My first signature')


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### code chunk number 31: plotGseaWilcox
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plot.gseaData(my.gsea,selGsets='My first signature')