inst/testScripts/complete/VUMC/21.IlluminaFastqDataSet.R

In HenrikBengtsson/aroma.seq: High-Throughput Sequence Analysis using the Aroma Framework

#!/usr/bin/env Rscript

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library("aroma.seq");

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# Setup
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# Data set
dataSet <- "AlbertsonD_2012-SCC";
organism <- "Homo_sapiens";
path <- file.path("fastqData", dataSet, organism);
ds <- IlluminaFastqDataSet$byPath(path);
print(ds);


df <- ds[[1]];
print(df);

rg <- getSamReadGroup(df);
print(rg);


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# HISTORY:
# 2012-09-30
# o Created.
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