| adhoc_table | Dispacher function for making table |
| apply_minor_ticks | サブ目盛りの追加 |
| apply_year_colum | 列が年である行列に対して、年を指定するとその年のあいだの平均値（等）を返す関数 |
| arrange_weight | モデルのAICから計算される重みに応じて、複数のモデルからシミュレーション結果を抜き出す |
| autocalc_ridgevpa | リッジVPAのλ探索の自動化 |
| autocor.plot | 再生産関係における残差の時系列の自己相関等についてのプロット |
| average_SR_mat | モデル平均的な再生産関係を与える |
| beta.simulation | 様々なベータやinput設定をもとに複数の将来予測を繰り返して結果をtibbleで返す関数 |
| boot.SR | 再生産関係のブートストラップ |
| bootSR.ggplot | 再生産関係のブートストラップの結果をggplotで生成する関数する関数 |
| bootSR.plot | 再生産関係の残差ブートストラップをプロットする関数 |
| boot_steepness | 再生産関係の推定結果からbootstrapを実行し、hの分布を計算する関数 |
| boo.vpa | bootstrapを実施する |
| bubble_plot | 半期VPA専用のバブルプロット作図の関数 |
| bubble_plot2 | VPAの結果を受けて，バブルプロット(横軸が年，縦軸が年齢，バブルの大きさと色で値を示す）を生成する |
| caa.est.mat | 年齢別生物パラメータとFと漁獲量を与えると与えた漁獲量と一致するFへの乗数を返す |
| caa.est.mat_wrong | 年齢別生物パラメータとFと漁獲量を与えると与えた漁獲量と一致するFへの乗数を返す... |
| calc_Fratio | calculate F/Ftarget based on F_%SPR multiplier |
| calc_future_perSPR | 将来予測の結果オブジェクトから生物パラメータを取り出して、その生物パラメータをベースに、Fvectorで与えたF... |
| calc_perspr | MSYを達成するときの%SPRを計算する(calc_future_perSPRのwrapper) |
| calc.rel.abund | 年齢別パラメータを与えて、１年分前進計算する |
| calc.residAR | 再生産関係の残差から事後的に1次の自己相関係数を推定する関数 |
| calc.StdResid | 再生産関係の推定における標準化残差を計算する関数 |
| calc_steepness | Steepness (h) と関連するパラメータ (SB0,R0,B0)を計算する関数 |
| calculate_all_pm | res_futureから考えられるほぼすべてのパフォーマンス指標をとりだし、2行のtibbleで返す |
| check_consistent_w | fit.SRとfit.SRregimeの重み付け（どのデータを使うか）の設定方法は、引数wで与える場合とSRdata$weightで与える場合の２パターンある。両者が矛盾なく設定されているかを確認するための関数 |
| check_fix_CVoption | 漁獲量の上限設定をしたときの設定がちゃんと生きているかどうかを確かめる |
| check_MSE_sd0 | MSEの計算が正しいかを確認するための関数 |
| check.SRdist | 再生産関係の残差の確率分布に関するチェック図を出力する関数 |
| check.SRfit | 再生産関係推定が収束しているかや最適解を得られているかを診断する関数 |
| colorize_table | 値の大小に応じて表の背景にグラデーションをつける |
| compare_eq_stat | F一定の場合で平衡状態になったときの統計量をx軸、y軸にプロットして比較する |
| compare_future_performance | 短期的将来予測における複数の管理方策のパフォーマンスを比較する表を出力する |
| compare_kobeII | 複数のKobe II tableの結果を重ね書きする |
| compare_MSY | 複数の管理基準値の推定結果を重ね書きする |
| compare_SRfit | 複数の再生産関係を比較する関数 |
| convert_faa_perSPR | vpaデータ, 選択率の参照年1,... |
| convert_future_list_table | future_vpaの結果オブジェクトのリストをtibble形式に変換する関数 |
| convert_future_table | future_vpaの結果オブジェクトをtibble形式に変換する関数 |
| convert_Fvector | F at ageをVPAの結果から%SPRで変換したりするための関数 |
| convert_hvpa_tibble | 半期VPAの結果オブジェクトをtibble形式に変換する関数 |
| convert_SR_tibble | fit.SRの結果をtibble形式に治す |
| convert_vpa_tibble | VPAの結果オブジェクトをtibble形式に変換する関数 |
| corSR | 再生産関係の推定パラメータの相関を出力する関数 |
| create_dummy_vpa | VPAデータが1年分追加されたダミーデータを生成する |
| data.handler | csvデータを読み込んでvpa用のデータを作成する関数 |
| data.handler.hay | csvデータを読み込んでvpa.hay用のデータを作成する関数 |
| derive_biopar | 将来予測やVPAの結果から生物パラメータをとりだす |
| derive_future_summary | future_vpaの返り値に要約統計量を加えるための内部関数 |
| derive_RP_value | 管理基準値表から目的の管理基準値を取り出す関数 |
| detect_plus_group | 与えられた個体群動態でプラスグループが考慮されているかどうか |
| do_caaboot_vpa | 年齢別漁獲尾数の不確実性評価の関数 |
| do_estcheck_vpa | vpa結果の収束診断のための関数 |
| do_jackknife_vpa | ジャックナイフ法を行う関数 |
| do_retrospective_vpa | VPAのレトロスペクティブ解析結果を自動生成する関数 |
| do_sensitivity_vpa | VPAの感度分析のための関数 |
| draw_SRline | Draw fitted SR line(s) over observed stock-recruitment plots |
| est_MSYRP | future_vpaを使ってMSY管理基準値などを計算するwrapper関数 |
| export_formattable | 表を画像として保存 |
| export_kobeII_table | kobeIItableから任意の表を取得し画像として保存 |
| export_kobeII_tables | β調整による管理効果を比較する表を画像として一括保存 |
| export_tables | Export tables to csv |
| extract_x | Extract value at age from vpadata |
| fit_draw_SRline | Fit and draw SR line(s) over observed stock-recruitment plots |
| fit.SR | 再生産関係の推定 |
| fit.SRmig | ある系群から別の系群への移入が想定される場合の再生産関係の推定（マアジ用） |
| fit.SR_pen | fit.SRのwrapper関数でhに制約を置いたもの |
| fit.SRregime | レジーム分けを考慮した再生産関係の推定 |
| fit.SR_tol | 再生産関係のフィット（頑健版） |
| format_beta_table | kobeIItableから取り出した表を整形 |
| future_vpa | 将来予測の実施関数 |
| Generation.Time | VPAの結果に格納されている生物パラメータから世代時間を計算 |
| get.ab.bh | beverton-holtのh,R0とbioparsを与えるとa,bを返す関数 |
| get_performance | 将来予測の結果のリストを入れると、代表的なパフォーマンス指標をピックアップする |
| get.SPR | 毎年のFの%SPRやターゲットした%SPRに相当するFの相対的な大きさを計算する |
| get.SRdata | VPAの結果から再生産関係推定用のデータを作成する |
| ggsave_SH | 会議用の図の出力関数（大きさ・サイズの指定済）：通常サイズ |
| ggsave_SH_large | 会議用の図の出力関数（大きさ・サイズの指定済）：大きいサイズ |
| give_agename | Give age names starts from zero and ends with plus group |
| hmm_SR | 再生産関係のレジームシフトを隠れマルコフモデルで推定する |
| hretro_est | 半期VPAのレトロスペクティブ解析用の関数 |
| hretro_plot | 半期VPA専用のレトロスペクティブ解析の作図関数 |
| hvpa_plot | 半期VPAの作図関数 |
| hvpa_plot2 | 半期VPAの作図関数 |
| jackknife.SR | 再生産関係のジャックナイフ解析 |
| load_folder | 使うフォルダ名を与えると一連の結果の関数を読み込む関数 |
| make_abctable | Make summary table of ABC estimation |
| make_array | 将来予測用の三次元行列（年齢×年×シミュレーション）を与えられたら,... |
| make_future_data | future_vpaにインプットとして入れる将来予測の空のarrayを生成する関数 |
| make_kobeII_table | beta.simluationの結果などを読んで、kobeII talbeに整形する関数 |
| make_kobe_ratio | Make Kobe ratio (?) for frasyr_tool |
| make_msytable | Make summary table of MSY estimation |
| make_RP_table | 管理基準値の表を作成する |
| make_SR_dframe | Get fitted SR data with model names |
| make_stock_table2 | Make table for stock assessment result 2 |
| make_table | Make table depending on the class of given object |
| out.SR | 再生産関係の推定結果をtxtファイルに出力する関数 |
| out.vpa | VPA結果をcsvファイルに出力する |
| out_vpa2 | 半期VPA専用のジャックナイフ法の作図関数 |
| plot_Fcurrent | F currentをプロットする |
| plot_Fref | ref.Fの出力をプロットするための関数 |
| plot_futures | 将来予測の複数の結果をggplotで重ね書きする |
| plot_future_simple | 一つの将来予測の結果をプロットする（ggplotは使わず） |
| plot_futures_simple | 複数の将来予測の結果をプロットする（ggplotは使わず） |
| plot_HCR | HCRを書く |
| plot_HCR_by_catch | 縦軸が漁獲量のHCRを書く（traceの結果が必要） |
| plot_kobe_gg | Kobe plotを書く |
| plot_resboot_vpa | ブートストラップ法による信頼区間の算出と作図を自動で行う関数 |
| plot_residual_vpa | 残差プロットの関数 |
| plot_sprypr | Plot SPR figure |
| plot_SR | 再生産関係をプロットする関数 |
| plot_SR_AReffect | ARの効果を差し引いて再生産関係をプロットする |
| plot_SRaverage | モデル平均の場合の再生産関係のプロット |
| plot_SRdata | SRdataをプロットする |
| plot_SRregime | fit.SRregimeの結果で得られた再生産関係をプロットするための関数 |
| plot_vpa | 複数のVPAの結果を重ね書きする |
| plot_yield | 漁獲量曲線(yield curve)を書く |
| profile_likelihood.vpa | VPAの推定値についてprofile likelihood (one... |
| prof.lik | profile likelihood |
| prof.likSR | プロファイル尤度を計算する関数 |
| pull_df_from_list | Util functions for select SRmodels Pull data frame from list |
| pull_var_from_kobeII_table | kobeIItable から任意の表を指名して取り出す |
| rank_HCR | リスクテーブルを作る |
| read.vpa | csvファイルとしてまとめられた資源計算結果を読み込んでRのオブジェクトにする |
| redo_future | re-calculate projection with different arguments |
| ref.F | 再生産関係を仮定しない管理基準値計算(SPR,YPR,F0.1,Fmax)のための関数 |
| residual_plot | 半期VPA専用の残差プロット作図の関数 |
| retrieve_input | Retrieve function argument settings to reuse |
| retro.est | レトロスペクティブ解析の実施 |
| safe_call | do.callのsafe版 |
| sample_backward | 過去にさかのぼってブロックサンプリングをおこなう |
| set_SR_mat | 将来予測用の再生産関係の設定を行う関数 |
| source_lines | Source specific lines in an R file |
| specify.Mesnil.gamma | 再生産関係推定でSR＝HSにおいて同一尤度を持つ複数のパラメータセットがえられたとき、SR＝Mesnilとしてcheck.SRfitを呼び出し、gammaを変えながら尤度が一意に定まる値を探す関数 |
| summary_kobe_table | kobe.tableをさらにsummaryする |
| table1 | Make table of latest SB and F |
| table2 | Make tables of %SPRs |
| table4 | Make tables of latest SB and F relative to MSY values |
| take_interval | @export |
| test_sd0_future | 将来予測においてFが非常に小さい場合には決定論的予測と確率論的予測の平均がほぼ一致するかを確認するための関数 |
| theme_SH | 会議用の図のフォーマット |
| to_vpa_data | tidy形式のVPAへのインプットデータをdata_dandlerへ渡す形式に変換する（暫定版） |
| tryall_SR | 再生産関係を網羅的にフィットする |
| use_rvpa_tmb | Ridge... |
| validate_sr | 再生産関係のパラメタが想定した形になっているかを確認 |
| vpa | VPAによる資源計算を実施する |
| vpa.hay | 半期VPAで資源量推定を行う関数 |
